ENH: Tons of cleanup

ENH: Ok serioulsy nobody was updating this file - removed

ENH: Should fix installation of gdcm

Some never comitted before comments.

Initialize UserFunction pointer to 0, even for 'deprecated' form of constructor.

COMP: Fix compilation on gcc4

COMP: Get rid of: Function gdcm::GDCM_LEGACY must have a return type.

vtkgdcmSerieViewer shows an example for using user supplied function.
(it uses now the Argument Manager)
    vtkgdcmSerieViewer :
   Display a Serie within a Directory
   You can navigate through the stack by hitting any character key.
   usage: vtkgdcmSerieViewer filein=fileName [noshadowseq][noshadow][noseq]
                             [reverse] [{[mirror]|[topdown]|[rotate]}]
                             [check][debug]

vtkGdcmReader takes into account the user supplied function to reorder the
pixels

  User is now allowed to pass a Pointer to a function of his own
      to allow modification of pixel order (i.e. : Mirror, TopDown, )
      to gdcm::FileHeleper, using SetUserFunction(userSuppliedFunction)

      described as : void userSuppliedFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f);

      NB : the "uint8_t *" type of first param is just for prototyping.
        User will Cast it according what he founds with f->GetPixelType()
        See ctkgdcmSerieViewer for an example

ArgMgrDefined now returns a bool

Comments

Fix comments

Add SerieHelper::IsCoherent() method to allow checking that the files with same
Serie UID have the same sizes and pixel type.

COMP: Fix compilation on gcc296

Allow checking reverse order file sorting

Typo

User may now use
   SetSortOrderToDirect() or SetSortOrderToReverse()
to choose the ways the File* will be sorted.

ENH: If address is hexadecimal, also take into account a-f

BUG: Put back deprecated code since it makes the test pass. I believe the new approach is not working since the call are slightyl different wether you create a FileHelper with a filename or create a FileHelper and then set the filename it breaks everything...

COMP: Remove call to deprecated method

COMP: Fix compilation on Win32. All symbols MUST be resolved

BUG: Set proper cmake command. Thanks to Aris -again-

ENH: Install jasper and jpegls. Thanks to Aris Basic for report

BUG: Need to install the cmake files too otherwise third party library cannot use the full potential of gdcm

ENH: cvs access is NOT deprecated

COMP: Fix compilation sqrt need prototype

ENH: Minor tweek

ENH: Moving Orientation stuff into its own class. gdcm::File is already too complicated...

COMP: Try to get read of the float issues

COMP: Too bad gcc3.3 on APPLE does not supported deprecated attribute on ctor... This is fixed with g++4.0 (Tiger)

COMP: OK pow and powf are just to much pain for a simple square. Rewrote the code. Also trying to rewrote some 1st year student code...

COMP: Remove deprecated calls

COMP: Remove warning about unused var /type/

COMP: Fix some more deprecated forward

COMP: Remove deprecated call from cascade deprecated functions...

BUG: Fix ProductVectorial. Big thanks to Sean McInerney for very accurate review of CVS code!

COMP: Apparently bcc5.5 and bcc6 do not provide powf. Replacing by its double colleague. Thanks to Luca and Sean for report and patch (respectively).

COMP: Fix compilation

LEGACY warnings hunting

==> Add File::TypeOrientation( ) method
/**
 * \brief  THERALYS' Algorithm to determine the most similar basic orientation
   (Axial, Coronal, Sagital) of the image
 * \note Should be run on the first gdcm::File of a 'coherent' Serie
 * @return orientation code
 *   #   0 :   Not Applicable (neither 0020,0037 Image Orientation Patient
 *   #                         nor     0020,0032Image Position     found )
 *   #   1 :   Axial
 *   #  -1 :   Axial invert
 *   #   2 :   Coronal
 *   #  -2 :   Coronal invert
 *   #   3 :   Sagital
 *   #  -3 :   Sagital invert
 *   #   4 :   Heart Axial
 *   #  -4 :   Heart Axial invert
 *   #   5 :   Heart Coronal
 *   #  -5 :   Heart Coronal invert
 *   #   6 :   Heart Sagital
 *   #  -6 :   Heart Sagital invert
 */

==>  File::GetImageOrientationPatient returns now a bool (no longer a void)
     to allow user to check the 'not applicable case'.

Updtae ChangeLog

Doxygenation

LEGACY purpose

Extend 'Restriction' syntax :
void SerieHelper::AddRestriction(uint16_t group, uint16_t elem,
                                 std::string const &value, int op)
op belongs to :

/// \brief comparaison operators
enum CompOperators {
   GDCM_EQUAL = 0,
   GDCM_DIFFERENT,
   GDCM_GREATER,
   GDCM_GREATEROREQUAL,
   GDCM_LESS,
   GDCM_LESSOREQUAL
};

Unify user interface

Add an example of use for SerieHelper

Remove LEGACY warnings

Use GDCM_LEGACY for DicomDir, as well

Fix mistyping

Warn user when something wrong happens

AnonymizeNoLoad user can now ask for anonymization of 'BinEntries'
(e.g. Private entries when the TS is Implict VR)
AnonymizeNoLoad filein=... rubout=0x0009-0x0001,0x0013-0x1100

Thx to Luca Picello for reporting pb and supplying data to fix the bug.

We can now anonymize 'BinEntries' as well

Add ArgMgrGetXInt16Enum to decode from the command line pairs of unsigned int
16, written in hexadecimal.
(usefull to allow terminal user to pass the (private) elements he wants to
anonymize)

Fix comments

Add some comments on the 'Patient Position'

ENH: gdcm now almost compile with GDCM_LEGACY_REMOVE on

Add (0018,1060) Trigger Time to the imageElem (of the DicomDir part),
to solve sone M.D. problems

ENH: Adding a deprecation mechanism to gdcm via two MACRO and two config options

Update News

Add SerieHelper::AddGdcmFile(File *header) method.
 * \brief add a gdcm::File to the first (and supposed to be unique) list
 *        of the gdcm::SerieHelper.
 * \warning : this method should be used by aware users only!
 *            User is supposed to know the files he want to deal with
 *           and consider them they belong to the same Serie
 *           (even if their Serie UID is different)
 *           user will probabely OrderFileList() this list (actually, ordering
 *           user choosen gdm::File is the sole interest of this method)
 *           Moreover, using vtkGdcmReader::SetCoherentFileList() will avoid
 *           vtkGdcmReader parsing twice the same files.
 *           *no* coherence check is performed, but those specified
 *           by SerieHelper::AddRestriction()

In order to prepare the future extension of SerieHelper::AddRestriction (key,
string, operator)
operator = { EQUAL, DIFFERENT, LESS, LESSOREQUAL, GREATER, GREATEROOREQUAL}
add method
bool Util::CompareDicomString(const std::string &s1, const char *s2, int op)

Update News

Fix misstypings

Add vtkgdcmSerieViewer to check new SetCoherentFileList ability of vtkGdcmRedaer

Add SetCoherentFileList() method, to use the 'file ordering' of
    gdcm::SerieHelper (and save some CPU time, avoding parsing twice all the file
 headers)

Comments

Use new style for Loading files

Doxygenation

Check some more usages

COMP: Fix compile warning

set FASTTAGKEY to 0 again, waiting for the complete solution of the pb

To speed up DicomDir, instead of copying -and removing the source afterwards-
 each entry of the SQItem (found after gdcm::Document parsing) towards
 the gdcm::Object  belonging to the gdcm::DicomDir, we just copy
 the chained list itself.

Comments

Typo

AnonymizeNoLoad has now one more option :
dirin=
to give the (single Patient) directory name whose content we want to anonymize.

Bug fix

ENH: Remove stupid debug code...

ENH: Ok all tests are now passing even using FASTKEY

BUG: Rahhhh std::right and std::ios::right are two completely different thing. Since std::right is not support on gcc295, I need to use setf instead

COMP: Add support for gcc295

ENH: Ok PrintFile should be working with FASTKEY 1

ENH: On win32 std::binary is necessary

DictEntry::TranslateToKey was used a wrong way in gdcm::DocEntry::Print()

BUG: grrrr not now

BUG: Fix PrintFile + minor cleanup

COMP: Forgot to change string to TagKey...

ENH: NEW FEATURE: TagKey is now a union of two uint16_t instead of string this greatly improve speed

COMP: ooops forgot about feature from VS6 (does not support ostream+string) #2

COMP: ooops forgot about feature from VS6 (does not support ostream+string)

ENH: A TagKey is a TagKey and not a string or TagName... #2

ENH: Minor cleanup

ENH: A TagKey is a TagKey and not a string or TagName...

BUG: Trying to debug jasper...

COMP: looks like a patch from Luca...

ENH: Redo the SIEMENS dictionary

Fix mistyping

Doxygenation

improve PrintDicomDir

Use new gdcm2 style for Load