Merge branch 'VTK6_Qt5_Registration' into VTK6_Qt5

Debug Rigid Registration
With & Without Overlay/Fusion/VF

Redo the Rigid Registration
Without the calculation of the transformation matrix
Works without overlay only, but the crop, ROI, ... still work

Remove cout and add a restriction with Qt and VTK Versions
Pre-release version

Debug segmentation fault when apply the Crop tool

Debug try with ImageReslice update and autoCrop

Merge branch 'master' into VTK6_Qt5

Debug segmentation fault when cancelling

Debug VF/Landmarks + Crop

Merge branch 'VTK6_Qt5_VF' into VTK6_Qt5_Crop

Remove cout

Landmark display debug

Added clitkSum to take the sum in one direction, corrected clitkFooImage
and removed it from compilation

Debug VF Display

Merge branch 'VTK6_Qt5' into VTK6_Qt5_Crop

Merge branch 'VTK6_Qt5_Overlay4D' into VTK6_Qt5_Binarize

Merge branch 'VTK6_Qt5' into VTK6_Qt5_Binarize

Merge branch 'VTK6_Qt5' into VTK6_Qt5_Overlay4D

Change some SetInputData into SetInputConnection to be consistent with algorithm pipeplines

Fix the slice modification bug with overlay & fusion

The animation with a 4D Overlay works
Add the connection between the Overlay Mapper and the Overlay Reslice in the SetOverlay function

Real-time cropping works

Merge branch 'VTK6_Qt5' into VTK6_Qt5_Binarize

The binarization result is automatically displayed after apply
Change the order of Initialization of Slicers

Remove duplicate header include

ROI Debug
Add AllVisibleContourROIToggled(true) to avoid contour freezing after initialization

ROI Debug
Real-time Display Delay Debug
Add test tool (display a sphere in front of the image)

Real-time Display Debug
Add SetOpacity(0.995)

Correct Bounds in Input Contour Mapper
Change SetInputData to SetInputConnection
The real-time display doesn't work yet

Calculation of Rotation & Translation
Good ?
The slice Number is wrong

ROI & Contour Debug Try

Crop Debug Try

Rigid Registration & Overlay Debug try

First Modification for Qt5 & VTK6
Change GetExtent() into DATA_EXTENT or WHOLE_EXTENT according context
Open File Debug
Corner Information Display Debug
Cross Cursor Display Debug
Overlay Debug
Fusion Debug
Rigid Registration Debug (without overlay)

Change in headers order

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Modified gate_job_cluster.job to request 3GB by default.

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Changed qt git url

Sync RTK files with the RTK public repo

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Added PixelTypeDownCast specialization for double to double 'conversion'.

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fixes for ITK v4.8rc02

Fixed MatrixTransformToVF's option "--like" with ITK > 4.6

Fix enum define that conflicts with system macro on mac os

Fix for MacOS

More tolerant stat file merging

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

changed #!/usr/bin/env bash to #! /usr/local/bin/bash -lx

changed #!/usr/bin/env bash to #! /usr/local/bin/bash -lx

changed /usr/bin/env to /bin/env and added date before and after the data transfer

changed /usr/bin/env to /bin/env
added date before and after the job data transfer

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

the barycenter tool is the same as the image moment tool - so we delete it

new tool to calculate the barycenter of a binary image

Improved robustness of ImagX xml file reader

Add dosenormafactor parameter

Correct else position

correct : with ;

protect FATAL macro

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added direction to --like option

Remove unusable code.

Modification cumulative dvh.

Added --force option to gate_power_merge.sh

Added more options to clitkImageUncertainty, default should be identical

Fixed typo

COMP: ITK v4.6

Fix missing breaks + handle default in enum

Fix for default parameter (with Simon)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix for parameters passed to Gate

Modified --dvhistogram option.

Remove clitkDVH tool and add --dvhistogram option to clitkImageStatistics.

STYLE: Move CMake commands to match new conventions

The next step in removing end-of-lines is to run through all the
CMakeLists.txt files and clean them up.

This also changes all the key words to lower
case. The primary reason for changing key words is that all documentation for
CMakeLists.txt now shows the key words as lower case. Even the printed
“Mastering CMake v5” uses lower case. I’ve come across this several
times in my class where students stumble over the fact that the
documentation about Cmake does not match the implementation in ITK.

I have a script (a wrapper around a vim macro) written that can make
these substituions reliably (Tested on the BRAINS tree, the Slicer3
tree, and the ITK tree without causing any errors).  more complete
documentaiton can be found attached to

COMP: First Mac 10.9 build fixes.

This patch probably includes a few items that are
not strictly necessary, but during the fumbling
around to find a working solution, these
were the identified failures.

Updating VTK and ITK were key components to
make this process work.

COMP: Update ITK and VTK

ITK and VTK updates allow building with c++11 on
mavericks with the latest apple clang compiler.

COMP: C++11 identified type missmatches

rtkHisImageIO.cxx:149:53: error: constant
expression evaluates to 134 which cannot be narrowed to type 'char'
[-Wc++11-narrowing]

Agata - why did you delete these tools ?

First version of new tool clitkDVH - possibility to compute dose volume histogram %/cc/voxels.

Fix clitkMergeRootFiles, proper but nonobvious init for TFileMerger was missing.

for compatibility reasons I deleted the case insensitive search in OSX

Do not remove afs files and job log files at the end of the submission,
   only the other files

Fix merge with the copy of mac folder and copy the mac folder in the
results directory

Enabled cluster script for CC IN2P3 (based on Pierre's dev)

Fixed displayed slice number. Now 0-based and accurate...

Enable clitk IO

Fix for one slice only

clitkPointRigidRegistration comment unnecessary header file

Now calculate FRE

Moved back accidentally deleted tools

Removing polish comments

First version of PointRigidRegistration

Add explicit origin when resample

Take input/output spacing for origin

Do not remove G4 data files

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

new tool = gaussian blur filtering + improved gradient magnitude tool + added help to clitkImageLaplacian

Back to the correct version... I think I am right...