Coding style

Try to make a more kosher Dicom Header (improve various UID consistebcy)

In order to get UID without padding to even-length string, add a '.' before
random number.

Fix 'delimitors' Print()

ENH: Tons of change now support creation of basic table offset to please dicom reader like dicomworks.

STYLE: Imager Pixel Spacing

ENH: Still cleaning up stuff

ENH: properly return 0 when everything was ok, 1 otherwise

STYLE: Fix comment

COMP: That was simply a typo

COMP: remove suspend comp warn

ENH: Reorganize the code to prepare multiple fragments

COMP: Please VS6

   * Remove the Key information in Entry
   * Create a DicomEntry parent of DictEntry
   * Remap correctly the TagKey
   -- BeNours

   * Remove memory leaks
   -- BeNours

   * Fix compilation errors for the Python part
   * Fix errors in the Python tests
   -- BeNours

   * Amelioration of error messages
   -- BeNours

   * Error message amelioration
   -- BeNours

*** empty log message ***

   * Fix some bugs
   -- BeNours

STYLE: A Debug statement is not a warning, a warning is not an error.. you get the picture...

ENH: Hoorray the first gdcm-jpeg image written from scratch :)

ENH: Getting real close to having JPEG support in gdcm... jpeg offset table still missing

ENH: Several change, fix compilation warnings, and update to newer API...no comment

COMP: Fix other people warnings

ENH: Adding *very* experimental support for writting DICOM file as JPEG

ENH: Adding example on how to write a dicom file as jpeg

   * Remove bad print - sorry
   -- BeNours

   * Fix compilation error for python due to my commit on DataEntry changes
   -- BeNours

   * Correctly use the VRKey for all vr variables... instead of TagName
     or std::string
   * Replace the definition of VRKey from std::string to a class
     containing a char[2]. All methods are inline to have no speed low
   * Create the GDCM_VRUNKNOWN = "  " for the VR values
   -- BeNours

Force a  default 'Recognition Code' when ACR-NEMA writting is required.

Coding style : no more than 80 char per line!

Fix cleanly (hope so) the mess in gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm header
(a fffe|0000 impossible tag + a spurious item starter!)
--> Probabely we shouls propagate this fix to yesterday branch)

Fix internal name for :
1.2.840.113619.5.2 : Implicit VR Big Endian DLX (G.E Private)
as ImplicitVRBigEndianPrivateGE

Avoid warnings : NULL is a 'pointer';
Don't assign it to a 'char'

   * Remove useless constructor of gdcm::Document
   * Remove useless parameter in the constructor of gdcm::ElementSet
   * Split gdcmCommon to separate the System specifications to the gdcm
     specifications
   -- BeNours

   * Minor coding-style clean up
   * Replace the ContentEntry and its derived classes (BinEntry and ValEntry)
     by the DataEntry. This unique entry considers all datas like binary datas.
     Some methods are added to interpret - at fly - the binary datas.
     Due to this important change, some methods of the DocEntrySet, concerning
     the BinEntry and ValEntry classes, are erased ; and new methods for the
     DataEntry class are created.
     Some methods to set the ValEntry or the BinEntry are renamed to
     correspond to the new DataEntry, like for example :
      - SetValEntry -> SetEntryString
      - SetBinEntry -> SetEntryBinArea
     This change will remove all useless creation of the string when working
     directly on values.
   -- BeNours

   * Prepare the modifications for a new DocEntry structuration
   * Update the version and do a CVS branch
   -- BeNours

To avoid warning about shadowed variables.

COMP: Fix compilation for gdcmPython... hopefully

COMP: Fix comp on bcc55

"UN" is an actual VR!
Thx to NA-MIC for providing data to fix the bug.

Fix bug in computing XSpacing.
(Fortunalely, manufacturers *don't* follow the norm, and
ImagerPixelSpacing (0x0018,0x1164) never exists !)

Thx to Benoit for reviewing code and reporting possible trouble.

Update News

Remove useless Example/TestFromScratch.cxx (Example/TestCopyDicom does the same jpb)

Remove TestWrite

Remove now useless Example/TestWrite.cxx

Merge Example/ReWrite.cxx and Example/TestWrite.cxx

Don't use any longer deprecated method names

SerieHelper Normalization : stage 1
-------------------------
- Put as 'deprecated' the confusing method names GetFirstCoherentFileList(),
                                                 GetNextCoherentFileList()
      (the only 'cohenrence' they have is that they all have the same "Series
      Instance UID")
- Add less confusing method names GetFirstSingleSerieUIDFileSet,
                                  GetNextSingleSerieUIDFileSet().
The 3 following are not seen by end user :
- Replace the private attribute CoherentFileListHT by SingleSerieUIDFileSetHT
- Replace private typedef CoherentFileListmap by SingleSerieUIDFileSetmap.
- Replace iterator ItListHt by iterator ItFileSetHt

- Keep the public 'FileList' typedef, in order not to break the API
  (this -little bit- confusing name should be changed to FileSet : it's not a
   std::list, it's a std::vector; user don't care about it, but it's better to
   use meaningfull names)

SerieHelper Extention : stage 1
---------------------
 In the following stuff,  'XCoherent' stands for 'Extra Coherent',
  (The name 'Coherent' would be enough but it was used before;
  I don't want to put a bomb in the code)
  Any 'better name' is welcome !

 Add some methods, to split a 'SingleSerieUID' Fileset into 'Extra Coherent'
   FileSets.
   They return a std::map of Filesets (actually : std::vector of gdcm::File*)
   The key is the 'Orientation', the 'Position' or the 'Tag value'

   XCoherentFileSetmap SplitOnOrientation(FileList *fileSet);
   XCoherentFileSetmap SplitOnPosition(FileList *fileSet);
   XCoherentFileSetmap SplitOnTagValue(FileList *fileSet,
                                            uint16_t group, uint16_t element);

 Theese methods must be called by user, depending on what he wants to do, at
 application time.
 - *he* only  knows what his Series contain !-

COMP: Fix problem with partly bracket

STYLE: Cleanup

Display some more usefull Orientation/Position info

Add, as a  'Note to developpers' a very detailled post from David Clunie,
 on the troubles caused 'non standard' LUT and LUT description
 We shall have to take it into accound in our code.
Some day ...

COMP: I am not joking gdcm wont compile otherwise on newest mingw32, for a trailing slash in the path...

COMP: I am not joking gdcm wont compile otherwise on newest mingw32, for a trailing slash in the path...

ENH: Remove duplicate file

* gdcmPython/CMakeList.txt : the previous patch was unix-specific

ENH: Update j2k status and openjpeg

Revert to initial code : TestWriteSimple hangs on Darwin
*extra* clever stuff is necessary !

Comment out strangr code nad replace by simpler one.
Does anybody remember its genesis?

BUG: How in the world did it never show up before... Thanks to Benoit Regrain for report

Comment out DebugOn(), in order not to trouble Benoit with too many messages ;-)

ENH: Add description from previous revision

* Builder/gdcm.spec.in : this spec file works on Fedora Core 4.

* CMakeLists.txt : install the pth file in the right place.

   * Fix cmakelists bug when the GDCM_DATA_ROOT isn't specified
   -- BeNours

  The way we dealt with 16 bits 'Pixel Data' on Big Endian processors
  *looked* us very clever.
  but it does exactly the opposite of what we expected.
  (i.e. we get the the result we were affraid to obtain
  *without* our clever stuff :-( )
  Since I've no access for the moment to a big endian proc
  I comment it out, to see the result on the dash board

Add GDCM_PIXELDATA const

Within Print method, change the 'warning value' for Pixel Data,
       to avoid reader to be confused by 'gdcm::NotLoaded'

BUG: When reading 32bits data on BigEndian system you have to swap...

ENH: Adding it to the list

ENH: Adding a small ex to quickly extract a binary field

ENH: Adding a conversion from acronym data type to the full desc

STYLE: Typo

ENH: Adding the ex to the list

ENH: Adding an example for reading and playing with Curve Data (500x,3000)

   * fix GDCM_NOASCII bug... please report your modif in the python part !!!
   -- BeNours

Doxygenation

Default Pixel Spacing to 1.0\1.0 when writing an image ex nihilo

ENH: Using http://www.gehealthcare.com/usen/xr/dicom/docs/2153427_100r02.pdf, I could find all missing tags for GE_DLX-8-MONO2-PrivateSyntax.dcm

BUG: Have to remove assert since 00191113.dcm is off by one byte... also remove cerr

ENH: ReadAndSkip became ReadAndNotSkip, the basic offset from the table are now stored and compared when reading individual fragments/frames

STYLE: Remove old comments

Some more precisions in the comments

Add some verbosity, to help tracking the trouble, when bugged header image...

COMP: Try to fix compilation on VS7

ENH: Refactorize code, from PrintFile into the class, to allow user to reuse the code.

DOC: Adding comment by JPR, for non-medical user (=me)

Add the commented out XMedcon-like code.

Dont print Orientations when they're empty ...

Add the printing od 'Orientaion' information
(Read in the header, or 'user friendly' computed values)

Fix bug in Orientation::VerfCriterion
Thx to Eduardo Davila.

Add a small example on how to extract Dicom tags
(as requiered by people of DataGrid)
May be usefull as an example for others (hope so)

Add verbosity

Avoid Warning

Comments

Add TestLoadAllDocumentsNoPrivNoSeq, to improve test coverage

STYLE: Minor typo

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