Ops ! Forgot to commit the .h

  * FIX : a VC++ intended syntax modif broke the 12/12 Bytes expanding

2003-10-29 Jean-Pierre Roux
      * adding  gdcmHeader::GetLUTRGBA
               returns a 4 * 256 Bytes Reg/Green/Blue/Alpha vtk compliant LUT
       --> Mathieu, the modif u're waiting for is not yet committed
      * removal of now useless GetLUTRed,GetLUTGreen,GetLUTBlue,GetLUTRGB

*ENH: Can be used like this '$vtkgdcmViewer *.dcm' with *.dcm being coherents dicom files.

*FIX: only one function is being exported for now ! You should use GLOBAL(return type) see ljpg/jpeg.h for more info

*FIX: sorry !

*FIX: release compilation mode

*FIX: removed this files

*ENH: Add include dir to medcon lib

*FIX: more about medcon lib in DSP files

*FIX: DOH ! libgdcmijpg8 -> libgdcmljpeg

*ENH: Two steps is necessary to please VC++ compiler...

*ENH: Turn it into DOS file type to match libgdcmijpeg8.dsp file type

*FIX: DOH ! Forgot about windo$e users, they couldn't read lossless jpeg, from medcon lib !

To avoid pb with xmedcon-breaker CT McTwin Elscint images

removal of useless cout

ENH: For version prior to vtkImageViewer2 -r 1.19

*Removal of ido stuff

removal of now useless LibIDO Jpeg Lossless .h and .cxx

*ENH: Added CharEvent to browse throught a multiframe volume, press any key it will lopp over frames.

*ENH: vtkGdcmReader.cxx can now read multiframe dicom
*FIX: remove a call to ->Modified ... see comments
*FIX: vtkgdcmViewer.cxx was writting ASCII file...this is so slooooooow !

*ENH: Can read CT-MONO2-8-abdo.dcm now
*ENH: CT-MONO2-8-abdo.dcm is in color again, do not press 'r' or you'll loose the color

*FIX: More pragma disable fro VC++, I don't think I break something as it is also disable in VTK/ITK. But it fasten debug compilation time.

*FIX: gdcm/Makefile.am fix for generating ljpg medcon
*ENH: CMakeLists.txt now generate 'pygdcm.so' instead of 'libpygdcm.so'

*RMV: Remove some file from medcon lib that are not necesseray

doh

* FIX: Problem with path for libvtkgdcmPython
* ENH: Try adding a search script for python site-package

gdcm now deals with 16 Bits Run Length Encoded images

*FIX: When copying a Makefile.am to CMakeLists.txt one should remove the '\'

Makefile.am,CMakeLists.txt updated to deal with the new library

add the method
int gdcmHeader::GetBitsAllocated(void);

- garbage Siemens 'Leonardo' images dealt with
  (the patch is easy to remove)
- cosmetic changes to avoid warnings

- call of 'xmedcom' Jpeg Lossles libray (instead of the old LibIDO one)
- 'Compacted Files' (12 Bits Allocate, 12 Bits Stored) are now dealt with

add the files for 'xmedcon' Jpeg Lossless library

add the directory jpg, for 'xmedcon' Jpeg Lossless Library

* ENH: vtkgdcmViewer now autoscale color/window level on start-up, no need to press 'r' now.

gdcmHeader::gdcmHeader(const char *InFilename, bool exception_on_error)
no longer seg faults when file is not found

Emprovement of reading for Dicom encapsulated Jpeg LossLess MultiFrame images

Some more corrections

Missing elements added
(just to be affraid : have a look at
ftp://medical.nema.org/medical/dicom/2003/01v03dif/01v03_06.pdf
and do it again next year ;->

* TODO: *.in file to genereate a UseGDCM later

--> Some supposed-to-be Dicom Images have no preamble.
    OpenFile takes it into account

--> Jpeg LossLess 24 Bits images doesn-t break any longer gdcm

According to PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619, when each pixel of a PLATTE COLOR
is stored on 2 Bytes, theese 2 Bytes must be equal.
But there are NOT.
It's fixed !

* FIX: vtkgdcm was not being installed

* FIX: "jpeglib.h" was not found on VC++

ENH : OpenFile closes the file if it *really* doesn't look like
      an ACR-NEMA / DICOM one.

* FIX: PATH to dictionary was wrong (missing /)
* ENH: OpenFile, return true if the file looks like an ACR or DICOM file

* FIX: make install should be ok now on ùnix plateform

* ENH: Generate both user and dev documentation
* ENH: Should work on windows too
* ENH: Only one doxygen config.in file is needed

* FIX: CMake generate now documentation
* ENH: out of source doc build !

* FIX: force jpeg dir to the local one (gdcm/src/jpeg)

* doh, forgot the most important :)

* FIX: cygwin build failed

* FIX: http://www.cmake.org/pipermail/cmake/2003-October/004369.html
* FIX: http://www.cmake.org/pipermail/cmake/2003-October/004373.html

FIX: on cygwin Wsock32 doesn't exist

* doh, ADD_DEFINITIONS needed for now

* FIX: jpr !!!

* CMake-ification of gdcm, we have now two build system

Odd length strings are padded with '\0' (not with spaces, to remain compliant
with already defined strings, like Transfert Syntax UID and others)

FIX: VC++ warning about return type in main

FIX: CV++

* SpuriousFile.raw removed...

FIX : compilation process wad broken.
Changed gdcmViewer_sources to vtkgdcmViewer_sources

* removed these files, they were "Generated automatically from configure.in by autoheader."

* change GetXSpacing and GetYSpacing "%f\\%" is parsed backward.

* change gdcmViewer -> vtkgdcmViewer
See: http://www.creatis.insa-lyon.fr/pipermail/dcmlib/2003-October/000192.html

A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
      : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
--> still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images

One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" is now decoded.

* beware of trailing white space !

* added a gdcmViewer to vtk test, use mouse to control window level & window width

* vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
* src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()

gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)

gdcmFile::GetImageDataIntoVector now
 - deals with MultiFrames MultiFragments Run Length Encoded files
 - deals with YcBcR (YBR_FULL) files
 - deals with YBR_YBR_FULL_422 files (they work as RBG files ?!?)

WARNING : nothing was checked for YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, YBR_RCT files.
          (no sample found :-(

src/*.cxx removed pragma thingies to src/gdcmCommon.h
Two reasons: - clear things
             - third parties access gdcm through header files, so won't
             suffer anymore VC++ complains

* add argv[1]
* removed leaks

Now gdcmParse.cxx is 80 characters line long.

-->File gdcmParse.cxx added
gdcmFile::ParsePixelData(void); display the result
of Dicom-encapsulated JPEG or RLE files 'Pixels Element' parsing.
For checking purpose only.

-->modif to improve the processing of multi-Frames multi-Segments compressed files.

The lines are now eigthy characters long...
... and it works under RedHat 7.3 (mistyping removed)

Remove spurious tests

Remaining etc... replaced by ...
Now it compiles under RehHat 9

ostream replaced by std::ostream

mistyping corrected

warning added in doxygen part

Remaining ... and so on

cout replaced by std::cout

Remaining hex replaced by std::hex
          dec             std::hex

(printf never messed us up as much, or is it just me?)

Remaining vector        replaced by std::vector
          ostringstream             std::ostringstream

Remaining ...

mistyping corrected

remaining and so on ...
(Sorry, I'm under RedHat 7.3, and gcc agrees with *everything"
gcc disagrees with a lot of stuff under RedHat 9 :-(

istream replaced by std::istream

Remaining ostream replaced by std::ostream

Remaining \n in std::cout and std::cerr replaced by std::endl

Remaining cerr replaced by std::cerr
          endl replaced by std::endl

Mistyping in doxygen header corrected

Remove using namespace std;

Replace string by std::string
        map    by std::map
        vector by std:vector

Warning "RLE part" is not yet fully checked.
        Remaining a lot of pb with 'color' (RGB or Palette) images

  * src/gdcmUtil.[cxx|h] : change the _CreateCleanString return value from
        char* to std::string. Thus, the use of strdup becoomes useless. (see
        previous commis of Malaterre)
      * src/gdcmElValSet.cxx : reuse commented call to _CreateCleanString like
        before the last Malaterre's commit.
     -- BeNours

* doh I had commited unix file for Win workspace !

* oops forgot to commit Changelog :)

* This commit should fix the Debug building under VC++, the problem was mainly a mixture of debug and release lib being loaded at startup.
* I also remove a depency to a specific C function: strdup. Because I had to force the link to msvcrtd (whereas strdup is in libc).