ENH: A few minor cosmetic cleanups, mostly some const correctness on gdcmDict* classes, also remove a printf in jpeg parsing

ENH: Remove GDCM_EXPORT keyword from gdcm::DirList

COMP: ijg compiles now with '-pedantic -Werror' this way this is more VC6 compliant

ENH: Remove debug

ENH: as frog mention there were images that could be read, but still blacklisted

  * src/gdcmDebug.cxx last ditch attempt to get warning/error messages
    displayed on Win32 when a brutal abort() occurs (because of uncatched
    exception). See TODO new entry of this commit for more on this.
  * TODO added new entry.
  * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (nicotine is my friend stage)
    src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
    - HandleColor is no longer called from gdcmFile.cxx
    - gdcmPixelConvert.cxx clean up on method arguments and internal
      variable names for semantical coherence.

ENH: * Finished lossless transition, not only do we now read all lossless jpeg
  images, without the need of the Cornwell lib, but we do read them properly now
  * To reduce code (well to avoid code duplication), I defined a common place
  for jpeg read/write: gdcmJpeg.cxx. Now gdcmJpeg[8,12 16] include this file and
  redefine symbols. This is not prefect but this the best solution I found for a
  compilation time jpeg option.

ENH: Afterall change my mind we need a common place: gdcmJpeg to define the reading of jpeg file, then gdcmJpeg[8,12,16] are just a kludge because of this compile time option in ijg

COMP: Fix compilation

COMP: Fix Win32 compilation

ENH: update

ENH: update gdcm to have the dcmtk copyright since we use their bugfixes

ENH: update comments for ijg patching

ENH: ok making too many mistakes time to go to bed

ENH: ooops forgot the cmakelists file

ENH: update cmakelist for 16bits + some tweaks

:ENH: Adding the 16bits ijg jpeg lib. This is only the lossless part since there is no 16bits DCT algorithm

COMP: Painfully (re)fix all the warnings when compiled with -W -Wall

ENH: update jpeg lib with ls patch and 2 bugfix patch

ENH: Doh! I made a mistake when commiting only one single file, what should you expect when I commit 87 files...

ENH: update cmakelists accordingly to new ijg architecture

ENH: Update the jpeg library. This patch is the result of the ijg lib + ls-patch freely available on the web under a BSD like license (aka Standford implementation) + 2 home-made patchs (one based on dcmtk bug-fixes and one from previous ijg bug-fixes in gdcm)
- Also removed all tabs using sed -i 's/\t/  /g' *.c *.h

Let's be clearly/cleanly dirty ;)

  * Doc/Website/MailingList.html added (Sidebar.html changed accordingly).
  * gdcmPython/gdcm.i: fix for compilation of wrappers (Note: %include order
    matters, as stated in warning note at begining of %include section).
  * src/gdcmDicomDir*.[cxx|h]: coding style
  * src/gdcmDocument.h: doxygen \ref seems uncompatible with \todo.
  * src/gdcmJpeg8.cxx: doxygen fix.
  * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (seing the ligth stage)
    src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: color handling moved
    from File:: to PixelConvert::.

COMP: Fix some compilations warnings

COMP: Fix compilation on cygwin

COMP: warning C4390: ';' : empty controlled statement found; is this the intent?

ENH: update my recent changes, sorry for troubles

  * CLEANUP_ROUND (11) for gdcmPixelConvert (cafeine is my friend stage)
    src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
     - more code moved away from File:: to PixelConvert::
     - fat setup of PixelConverter set in place in File::Initialise.

ENH: Adding 'gdcm' namespace. Be nice with me this was a ~13000 lines patch. Also commit consequent modifications

ENH: Fix compilation on Win32

  * CLEANUP_ROUND (10) for gdcmPixelConvert (Xanax is my friend stage)
    The JPEG fragments are now parsed at the same stage than the RLE
    information. All code related to JPEG is now in gdcmPixelConvert:
    - src/gdcmJPEGFragment.h and gdcmJPEGFragmentsInfo.[h|cxx] added
    - src/gdcmJpeg12.cxx, gdcmJpeg2000.cxx and gdcmJpeg8.cxx no longer
      export a gdcmFile:: method. Those are simply global functions
      (for the time being this is better than having them attach to
       either gdcmFile:: or gdcmPixelConvert::).
    - src/gdcmDocument.[cxx|h], gdcmDocument:: now parser the JPEG fragments
      and stores the result in a gdcmJPEGFragmentsInfo.
    - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: all JPEG related
      code (among other stuff) moved away from gdcmFile:; to
      gdcmPixelConvert::

ENH: Fix a warning with gcc4: TestHash.cxx:20: warning: deprecated conversion from string constant to char*

ENH: Fix various warnings

ENH: Move the old setup.py to its new home

ENH: Finally fix setup.py.in. both binary and install mode are working again

ENH: minor cleanup to use siwg's outdir instead of manually copying gdcm.py

ENH: Encapsulate global functions within gdcmUtil class as static functions. No difference at all, just slightly cleaner

ENH: Some fixes for gdcm installation

ENH: Remove three more sprintf, the last ones

ENH: Remove three more sprintf ... well actually one is still duplicated for no reason ...

ENH: Remove one more sprintf

ENH: remove three more sprintf, but this is really ugly now

ENH: Still remove some sprintf and rework internals

:ENH: carefully one at a time modify gdcm src. For now rewrite gdcmDictEntry. Modify gdcmUtil to have a sprintf like method called Format. We should really do a gdcmUtil class to encapsulate all those globals fonctions.

ENH: minor style issue
- gdcmFile: Move 12bits into separate ifelse to be able to fail properly

  * CLEANUP_ROUND (9) for gdcmPixelConvert
    - src/gdcmFile.[cxx|h} gdcmPixelConvert.[cxx|h], SwapZone(),
      ConvertReorderEndianity(), ConvertDecmpres12BitsTo16Bits() moved
      away from gdcmFile:: to gdcmPixelConvert::.

  * CLEANUP_ROUND (8) for gdcmPixelConvert (end of RLE nigthmare)
    - src/gdcmRLE.cxx removed
    - src/gdcmPixelConvert.cxx all RLE code is now in PixelConvert::
    - src/CMakeLists.txt gdcmFile.[cxx|h] changed accordingly
    - src/gdcmRLEFrame*.h gdcmPixelConvert is now a friend class.

Add error handling in jpeg code

ENH: properly template TODO list and add some tweaks

ENH: update my tasks

todo : kwsys

  * CLEANUP_ROUND (7) for gdcmPixelConvert (lost at sea)
    - src/gdcmFile.h gdcmPixelConvert.cxx gdcmPixelConvert.h gdcmRLE.cxx:
      clean up of RLE related code.

Typos on refs to docs.

   src/gdcmCommon.h now declares int8_t for non stdint.h plateforms.

Typos on references.

Dash board entry point added.

note on stl header .

ENH:  Minor cleanup, still removing stdio.h and co ...

ENH: If possible move the stl include after the gdcm ones, to avoid vc warnings
deprecated eatwhite I wasn't able to find the ref in any c++ refs, only microsoft implement it, thus fallback to a more standart c++ approach. This is mainly to get rid of any 'c' like include header
- and some minor cleanups

ENH: Hopefully these were the last remaining warnings

ENH: Seriously removed warnings

ENH: slowly removing warnings

ENH: Please include stl header AFTER gdcm ones, otherwise pragma warnings won't work

BUG: doh, remove empty file

ENH: TestHash.cxx add gdcm header to shut up stoopid warnings
- gdcmCommon.h some typoes
- gdcmDirList some style

ENH: rename gdcmJpeg into gdcmJpeg8 for consistencY

ENH: Allow compilation with a not so famous compiler (gdcmDocument.cxx). Also put the prepro definition since they ar now needed

ENH: I am a moron. Fix compilation of gdcm in static mode, I had to add some new mangle names, thus update the process to find them. Also add some warning fixes for a very well known compiler

ENH: Finally modify gdcm source to adapt to new jpeg lib, this is not perfect but this avoid problems on some system where jpeg is already installed in standart path.

ENH: Apply remaining patch for the CMakeLists, and sublevel (8 & 12) ones

ENH: Remove old build process for libijg8, basically libijg8 can now be found in libijg with minor modifications

ENH: Remove old build process for libijg12 (meaning modified source files)

ENH: Created a new local dir libijg (from libijg8), then went on the server copy all files to preserver revision -as a side effect it creates stuff in previous revision-. Added the modification we made to the official ijg, help to keep track of them. And finally rework the CMakeLists.txt file... and removed tabs

  * CLEANUP_ROUND (6) for gdcmPixelConvert (man, I need a paddle bad)
    - src/gdcmRLE.cxx: is now much simpler and avoids code replication
      with the retired Parse7FE0().
    - src/gdcmRLEFrame.h: type fix for properly computing OffSet[]
    - src/gdcmDocument.cxx: segments offset are now correct + clean up.

  * CLEANUP_ROUND (5) for gdcmPixelConvert (Upshit creek without a paddle)
    - src/gdcmDocument.[cxx|h] Parse7Fe0 renamed to ComputeRLEInfo.
      This is because Parse7Fe0 used to parse the pixels to compute the
      length. This task was passed over to FindDocEntryLengthOB() a long
      time ago, EXCEPT I had forgotten the OW case...
      Hence Parse7Fe0 was no longer necessary. When renaming to ComputeRLEInfo
      we just recylce the code for parsing RLE fragments and computing
      offsets.

- src/gdcmDocument.[cxx|h] ::ParseDES and ::ParseSQ no longer bother
      to return an unused length.

  * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert (nightmare stage)
    - src/gdcmRLEFramesInfo.[cxx|h], gdcmRLEFrame.h added
    - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::Parse7FE0 now sets up the RLEInfo.
    - src/CMakeLists.txt: alphabetic order reodering + new entries.

ENH: some tweaks, getting toward a working version of double lib generation

ENH: Fix the remaining warnings using: diff -u --strip-trailing-cr  --ignore-space-change libijg8/ VTK/Utilities/vtkjpeg and -painfully- remove tabs

ENH: Fix warnings about 'main' being used as local var... and replace tabs with two spaces

ENH: Fix warnings about 'main' being used as local var... and replace tabs with two spaces

ENH: Adding BITS_TYPE_JPEG_MANGLE_NAME var that at config time will either bit gdcm_mangle8bits.h or gdcm_mangle_12bits.h

ENH: adding mangle names for 8bits and 12bits

ENH: Adding jconfig.h.in, which later be the central file to either generate the 8bits or 12bits jpeg library. Cmake will generate the proper .h file containing the redifinition of symbols

ENH: For legal reason, adding the copyright and related file from jpeg6b source

ENH: do not help people do in-source build

ENH: Reorganize cmakelists.txt file

ENH: Remove unecesseray file, were not in CMakeLists.txt. Also ease comparison with VTK. I did not do the same thing in 12bits dir since this directory is meant to desepear anyway

ENH: dos2unix CMakeLists.txt to allow diffing of directory with VTK + remove tabs

  * Added documentation of vtkgdcmReader on Website:
     - testvtkGdcmReader.cxx renamed to vtkGdcmDemo.cxx (to be compatible
       with it's binary name).
     - vtk/vtkGdcmDemo.cxx and vtkgdcmViewer.cxx: added comments for
       the Website to be more complete.
     - Doc/doxygen.config.in: vtk/vtkGdcmReader.cxx now appears on
       doxygenated documentation.
     - Doc/DoxyVtkGdcmReaderExamples.txt added
       (see http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/html.developper/
            DoxyVtkGdmReaderExamples.html )
  * src/win32, vtk/win32 manually maintained .dsp and .dsw removed.
  * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert
   - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw

  * CLEANUP_ROUND (2) for gdcmPixelConvert
   - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw

 * CLEANUP_ROUND for gdcmPixelConvert:
    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h, gdcmHeader.cxx, gdcmHeader.h clean up
    - src/gdcmPixelStuff[h|cxx] removed
    - src/gdcmPixelConvert[h|cxx] added. Preparatory work included.
    - src/CMakeLists.txt changed accordingly
  * GDCMHOME clean up:
    - MANIFEST.in, WrapSwig.py, WrapVTK.py, distutilsWrapping.py and
      gdcmVersion.py moved to newly created ATTIC related
      gdcmPython/SetupOldies/ directory.
  * Autotools clean up:
    - */*/Makefile.am removed AT EXCEPTION of gdcmPython/Makefile.am
    - autogen.sh configure.in acinclude.m4 python.m4 removed

ENH: Afterall a Dashboard on Win32 is usefull :)

  * Doc/Website/ConformanceSummary.html, minimal conformance statement added.

*** empty log message ***

  * src/*.cxx *.h Reference to License.htm fixed to License.html.
  * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: fix.

FIX: SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr was breaking on Mac, Linux and Win32. So I guess I'll have to blacklist it

coding style

*** empty log message ***