ITK4 compatibility

handling SYSTEM_GDCM from build and install trees

added support for more VF file types

Removed git tag on VV to compile HEAD

compilation issues

- simplification of RPATH assignment when make-installing
- handling the use of ITK with USE_SYSTEM_GDCM

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Add option to detect too small segmented structures

Add option to detect too small segmented structures

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

correctly reading contour colours for GDCM 2.x

adjusting dependencies

Sorry I push the wrong file

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vvMainWindow.cxx

Add nii.gz as file extension

Added svl file format (Clarity)

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Fixed slice error: check that it is in extent before updating extents

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

bug removal

- correcting iterator regions

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

bug removal

- was accessing pixel neighbours outside the image buffer...

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

updated the render window for the labeled landmarks

No typename outside template (MSVC sensitive)

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

added labels to landmarks

Clean-up while debugging

further changes to solve bug #1714

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix for Bug #1714: only check on sliders of the visible vvSlicer.

VV: added links to Read/Save state

Change comment for buggy part

Default opacity is now 0.5

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vv: corrected tree column updates when maximizing view

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VV panning: middlebutton = left button + shift

- a change made specially for mac owners and their mice-without-middle-button issues... ;-)

updated help message concerning window/level cmd line option

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Conflicts:
vv/vv.cxx
vv/vvSlicerManager.cxx
vv/vvSlicerManagerCommand.cxx

Add option to detect too small CCL (stomach)

window/level in read/save state

accepts multiple window/level in cmd-line

- window/level is applied to set of images (sequences too) appearing before the window/level
- useful when opening, eg, different modalities at the same time

preserve crosshair position when changing orientation

- it used to jump to the slice in the middle of the volume

maximizes the selected slicer

- before it was just the NW one.

gdcm 1.X compatibility

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Conflicts:
vv/vv.cxx

Fix for MSVC CPack

Various fixes

Updated version for new release

Fix for old versions of gcc

corrections post- "-h" addition in VV

added "-h" for help option VV

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Sync gengetopt cmake files with rtk

use of relative path for default study/series description

error in dicom key setting...

default values for study's/series' ID, time, date, number, description

GDCM 1.x compatibility

newStudyUID forces newSeriesUID

- also some bug corrections...

corrections...

GDCM 1.x compatibility

create new files for new dicom study/series

auto generate dicom file UIDs when new series/study is specified

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

gdcm 1.x compatibility

First version of the superbuild CMakeLists.txt.

new options to auto-generate dcm series UIDs

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Lungs window/level is now the same as in FOCAL

- (1700,-300)

small cout bug (cast bg to int instead of char)

Cosmetic

Cosmetic

Replace floor by rint to correct link error in vv

Add -h option

Correct bug when the user cancel the color selection

Set the contour to the same color than the overlay.
Correct bug when the user cancel the color selection.

Remove unused files

The merge of copy/pasted code did not account for the fact it had not
been copy pasted

Allow for overlay images with differing temporal length

Fixed reset after sequence reading bug and put copy/pasted code in
function

Open overlay sequence as sequence

Managed opening sequence of overlay images. Parser is ready for
fusion/vf/contour

Fix transform update in sequence of overlay/fusion

Account for reslicing transform in overlay and fusion (contours and vf
        have not been tested, TODO)

Fixed bug with linked temporal images

Merge /home/bpresles/Documents/US-IGRT/vv

us vox reader

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Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

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itk4 compatibility

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Add possibility to resize/resample mask like input image

Allow region from a different image type

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Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

VF supported (SR)

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