Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

test for binarizeImage FG, lower 0.1556

test --mode BG for binarizeImage

Remove unused variable

correct merge

first trial

 first version of Image2DicomRT (dos not work)

first version of UpdateDicomItem

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Use clitk version of the itkPasteImageFilter

I dont want to verify inputs information, override VerifyInputInformation

I dont want to verify inputs information, override VerifyInputInformation

Add a clitk version of itkPasteImageFilter because, with itkv4, there is a new VerifyInputInformation function that prevent filter to be used with images having different physical space, while I want to do that.

Change reading. Add possibility to update dicom info (before writing dicom)

Simplify (!) DicomRT reading. Store Reader to be able to write later.

Replace ListOfROI (vector) by MapOfROI to avoid ambiguity between the ROI number and the index.
Remplace GetROI with GetROIFromROINumber

Replace ListOfROI (vector) by MapOfROI to avoid ambiguity between the ROI number and the index

Change GetROI by GetROIFromROINumber

Indicate that --radius option is multiple. User can set one radius by dimension

Remove fucking windows ^M

tmpnam_s for windows

definition of test_Tool_Path

remove toolsTest using google framework

remove vvTests because of google framework...

removing warnings: unused variable, tmpnam

Update supports & stations 3A,3P

Add clitkDicomRTStruct2Image and clitkImage2DicomRTStruct

Add clitkImage2DicomRTStruct executable to convert a binary image into a dicom-rt struct

Add clitkImage2DicomRTStructFilter to convert an image into a dicom-rt-struct

Rename clitkDicomRT_ROI_ConvertToImageFilter into clitkDicomRTStruct2ImageFilter

Add Write function (still to be defined)

Rename clitkDicomRTStruct2BinaryImage in clitkDicomRTStruct2Image

Rename clitkDicomRT_ROI_ConvertToImageFilter into clitkDicomRTStruct2ImageFilter

Add RemoveTag

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Add SliceBySliceSetBackgroundFromPoints, GetMinMaxBoundary, FillRegionWithValue

Change 3 by ImageDimension

obsolete since the user manually update his repo

The data repository must be cloned and pulled by the user

corrections for RPATH in clitk's make install

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small changes in scripts

make install clitk (only what was built)

nightly start time is only needed when scripting.
No reasons to let it here

replaces round by itk:Math:Round (because round not found in Msvc2008)
replaces uint by clitk::uint because uint not available in windows
replaces typename outside template declaration (msvc compilation error)

create_mhd_4D

- avoid recusrive directory searches
+ find -maxdepth 1 ...

compilation of clitkPadImage

clitkExtractPatient's memory use...

...has been improved by releasing intermediate image data
- special cases may still use a lot of memory, but this is an ITK issue

fine tuning clitkPadImage

corrections in padding tool

add final opening

Add initial step: select BB supports.

Add clitkAnd, SliceBySliceSetBackgroundFromSingleLine, FillRegionWithValue

Add clitkAnd, SliceBySliceSetBackgroundFromSingleLine, FillRegionWithValue

Add post limits with VertebralBody and ant limits with Sternum.

add final opening

add final opening

Add final open

Add initialisation to avoid warning

Change default (bug): CCLSelection is off by default (we do not consider a single Connected Component Label in the object)

Correct bug: when crop is only performed along a single direction.

add initialisation to avoid warning

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Conflicts:
tests/tools/CMakeLists.txt

tests for clitkGet*

update of TOOLS_PATH in tests

tests for getSpacing and getInfo

getSpacing

Added FindGengetopt.cmake which compiles gengetopt if not installed.
Also upgraded cmake version required to 2.8 because was solving issues
regarding ADD_DEFINITION with quoted strings

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Padding tool

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optional opening after 1st step in ExtractPatient

- controlled by the radius given on the cmd line

macro for SET_IF_NOT_SET

Allow submit to other dashboard than vv's dashboard

clitkImageInfo tests

obsolete dartConfig file

renaming clitk_data_path in clitk_test_data_path
"factorizing" git repo in CTestConfig

publishing to vv's dashboard

testing with a simple executable

fetch data pull or clone

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scripts to pull data
todo : pull instead of clone if it already exists

Modification for nightly builds

Added mha next to mhd (similar but in one file)

Minor gui text corrections

transform_grid  option was not working for flips

Fix for bug Bug #670: closing and opening do the same as successive
erosion/dilation

Removed call to UpdateOrientation in SetFusion and SetOverlay to avoid
changing slice when reloading.

No need for typename outside template declarations (compiling error on
        msvc++)

Allowed arithmetic operations between 2 inputs even if they don't have the same spacing.

Added HaveSameSize

Portability issue

Added --transform_grid which uses input->GetDirection
(output->GetDirection is identity) and transform matrix
to determine the output grid.

Inverse transform matrix to be consistent witk ITK (see longer comment in vvImageReader.cxx)

Account for itk origin when using itk direction to build vv transform

Added ExtractBonesLower2 and FillingLevel options

Copy pasted common.sh code

simple tool to create an image with a sphere

- still to be improved

jacobian image filter

- calculate the jacobian of a vector field