Merge branch 'master' into vectorImage

Debug clitkImageConvert tool
Now the tool can write an image

Debug cross hair with 1D image
Change look: VTK_VERSION conditions are just written around the problematic part

With Qt4, debug the screenshot

Debut the creatio of the output in clitkNVectorImageTo4DImage tool

Finalize the creation of clitkNVectorImageTo4DImage tool

Add tool: clitkNVectorImageTo4DImage

Debug nrrd and hdr IO with static compilation

Conflicts:
vv/vv.pro
It Exists in static-Qt5 branhc but not in master branch

Debug nii files IO

Modifications for Windows compilation

Debug VF display

Ensure compatibility with VTK5

Add --mha tag in clitkDicomRTStruct2Image to allow structure with special characters in the name

Remove a render
Speed up the contour display for ROI

Remove Render for ROI and Contours
Seems to speed up the display process when you change of slice or move the pointer

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Remove Update for ROI and Contours Actors
Seems to slow down the process after clicking on Set All ROI visible and Set All Contours Visible

disconnect a signal/slot for ROI
Avoid to call the function twice

disconnect a signal/slot for ROI contours
Avoid to call the function twice

COMP: itk v4.10 and c++11

Removed generated files from master branch

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Ensure compatibility with VTK6 for Image2DicomRTStruct tool

Merge branch 'static'

Ensure the static compilation with Qt4

Find the correct version of Qt based on the VTK link in CMake

Allow to open mhd/jpeg/... images with a static compilation with a .pro file

Add clitkConfiguration.h for static compilation with .pro file

Add _ggo files for static compilation with .pro file

Add vvConfiguration for static compilation with .pro file

Add .pro file for static compilation

Add VTK_MODULE_INIT

Ensure headers compatibility for static compilation

Ensure CLITK_EXPERIMENTAL is defined
(needed for static compilation)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

ADDED: a version of the job submission script that does not copy the data-dir. Useful for large data-dirs

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix profile tool with image with a negative spacing

Debug ROI display
if contour display was checked and ROI unchecked, the ROI was displayed
Now just contours are displayed

Ensure compatibility with ITK < v4.7

Add volume to clitkImageStatistics

Ensure compatibility with VTK < v5.10

Ensure compatibility with VTK6 in vvSlicer

Debug fusion/overlay display with VTK5

Add a tag to preserve UID and private DICOM tags for clitkWriteDicomSeries (see previous commit)

Ensure to have the same series UID while writing a Dicom serie

Add a tolerance when calculate euler angle with rigid transformation

With the resample tool, ensure to have the same transformation after the resampling in vv

Ensure compatibility between Qt5.5 and Qt5.x or less

Debug Resample tool

Avoid to open more than one overlay/fusion/vf per image with command line

Debug 4D ROI

Debug signal/slot in vvToolBinarize

Debug vf display

Undo the current transformation before cropping and Redo after it

Avoid crash with non-orthogonal matrices

Ensure to have the correct value with transformed image in the sliders

Change the origin of registered cropped image in clitkCropImage

Fix the profile line display with transformation

The profile points follow the current transform

Fix the coordinates of new landmarks
when images are already registered

Updare the Window & Level spin boxes in the main window
when the Window/Level are set up with --window and --level tags

Landmarks move with the image during registration

Consistency of information between Info Pannel and Cursor Position Overlay
Now the position is correct (in voxel) event with an anistropic image

Debug LandmarkPanel
> Display the correct intensity value (after a transformation in the panel)
> With 2 images, the panel doesn't move anymore while the mouse move to another image

Consistency of information between Info Pannel and Cursor Position Overlay
> Now the position in voxel is the same and change with transformation (as the value and not the position in mm)

Add Ctrl+O shortcut to open an image

Debug for MacOSX Retina

Debug the use of transformation matrix .mat

Ensure the compilation with Qt4

Ensure compatibility between VTK5 & VTK6

Improve code reading in the CMakeLists.txt
To distinguish Qt4 and Qt5

Remove ITK3 and ITK4.2 tests and dependencies
Now, minimum required version is ITK4.3

Ensure to have the same Direction for input and label images for clitkImageStatistics

Debug MacOSX Display with Profile Tool

Merge branch 'VTK6_Qt5' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk into VTK6_Qt5

Debug --contour while opening

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk into VTK6_Qt5

Both the lower and the upper extent of the roi for the w feature should be in the maximum extent

Merge branch 'VTK6_Qt5' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk into VTK6_Qt5

Debug wrong extent with local windowing (w) outside of the image

Fix for retina display
http://public.kitware.com/pipermail/vtkusers/2015-February/090117.html

Mark all unusual cmake options as advanced

Can open Dicom RTStruct without an external gdcm

Change the origin of selected point for Profile to the center of the voxel

Ensure compatibility with VTK7

Change voxel position into double

Ensure compatibility with VTK6

Compute the distance from the first point in the Profile Tool and display it in the X-axis of the profile chart

Merge branch 'VTK6_Qt5' into VTK6_Qt5_LineProfile

Conflicts:
vv/vvToolProfile.cxx

Change the name of the axis in the profile tool
Add comments for the SetOpacity(0.995)
Try to debug the focus problem with Mac and with the F1 shortcut

Change the computation of the Extent for Overlay, Fusion and VF
Add an updateDisplayExtent after loadind Overlay, Fusion and VF

Merge branch 'VTK6_Qt5' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk into VTK6_Qt5

Avoid Warnings with QtDesigner include and Qt5
In vvSlicerManager.cxx: Debug: when opening a second image, all slicer were updated, not only the first

Removed trailing semi-colon

Removed copy paste

Removed mat file from experimental

Merge branch 'VTK6_Qt5' into VTK6_Qt5_LineProfile

Ensure the compilation with Qt4 and Qt5

Display a line between the 2 profile points.
Debug problem of extent
+ Try to debug the line display with landmark