ENH: I am a moron. Fix compilation of gdcm in static mode, I had to add some new mangle names, thus update the process to find them. Also add some warning fixes for a very well known compiler

ENH: Finally modify gdcm source to adapt to new jpeg lib, this is not perfect but this avoid problems on some system where jpeg is already installed in standart path.

ENH: Apply remaining patch for the CMakeLists, and sublevel (8 & 12) ones

ENH: Remove old build process for libijg8, basically libijg8 can now be found in libijg with minor modifications

ENH: Remove old build process for libijg12 (meaning modified source files)

ENH: Created a new local dir libijg (from libijg8), then went on the server copy all files to preserver revision -as a side effect it creates stuff in previous revision-. Added the modification we made to the official ijg, help to keep track of them. And finally rework the CMakeLists.txt file... and removed tabs

  * CLEANUP_ROUND (6) for gdcmPixelConvert (man, I need a paddle bad)
    - src/gdcmRLE.cxx: is now much simpler and avoids code replication
      with the retired Parse7FE0().
    - src/gdcmRLEFrame.h: type fix for properly computing OffSet[]
    - src/gdcmDocument.cxx: segments offset are now correct + clean up.

  * CLEANUP_ROUND (5) for gdcmPixelConvert (Upshit creek without a paddle)
    - src/gdcmDocument.[cxx|h] Parse7Fe0 renamed to ComputeRLEInfo.
      This is because Parse7Fe0 used to parse the pixels to compute the
      length. This task was passed over to FindDocEntryLengthOB() a long
      time ago, EXCEPT I had forgotten the OW case...
      Hence Parse7Fe0 was no longer necessary. When renaming to ComputeRLEInfo
      we just recylce the code for parsing RLE fragments and computing
      offsets.

- src/gdcmDocument.[cxx|h] ::ParseDES and ::ParseSQ no longer bother
      to return an unused length.

  * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert (nightmare stage)
    - src/gdcmRLEFramesInfo.[cxx|h], gdcmRLEFrame.h added
    - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::Parse7FE0 now sets up the RLEInfo.
    - src/CMakeLists.txt: alphabetic order reodering + new entries.

ENH: some tweaks, getting toward a working version of double lib generation

ENH: Fix the remaining warnings using: diff -u --strip-trailing-cr  --ignore-space-change libijg8/ VTK/Utilities/vtkjpeg and -painfully- remove tabs

ENH: Fix warnings about 'main' being used as local var... and replace tabs with two spaces

ENH: Fix warnings about 'main' being used as local var... and replace tabs with two spaces

ENH: Adding BITS_TYPE_JPEG_MANGLE_NAME var that at config time will either bit gdcm_mangle8bits.h or gdcm_mangle_12bits.h

ENH: adding mangle names for 8bits and 12bits

ENH: Adding jconfig.h.in, which later be the central file to either generate the 8bits or 12bits jpeg library. Cmake will generate the proper .h file containing the redifinition of symbols

ENH: For legal reason, adding the copyright and related file from jpeg6b source

ENH: do not help people do in-source build

ENH: Reorganize cmakelists.txt file

ENH: Remove unecesseray file, were not in CMakeLists.txt. Also ease comparison with VTK. I did not do the same thing in 12bits dir since this directory is meant to desepear anyway

ENH: dos2unix CMakeLists.txt to allow diffing of directory with VTK + remove tabs

  * Added documentation of vtkgdcmReader on Website:
     - testvtkGdcmReader.cxx renamed to vtkGdcmDemo.cxx (to be compatible
       with it's binary name).
     - vtk/vtkGdcmDemo.cxx and vtkgdcmViewer.cxx: added comments for
       the Website to be more complete.
     - Doc/doxygen.config.in: vtk/vtkGdcmReader.cxx now appears on
       doxygenated documentation.
     - Doc/DoxyVtkGdcmReaderExamples.txt added
       (see http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/html.developper/
            DoxyVtkGdmReaderExamples.html )
  * src/win32, vtk/win32 manually maintained .dsp and .dsw removed.
  * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert
   - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw

  * CLEANUP_ROUND (2) for gdcmPixelConvert
   - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw

 * CLEANUP_ROUND for gdcmPixelConvert:
    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h, gdcmHeader.cxx, gdcmHeader.h clean up
    - src/gdcmPixelStuff[h|cxx] removed
    - src/gdcmPixelConvert[h|cxx] added. Preparatory work included.
    - src/CMakeLists.txt changed accordingly
  * GDCMHOME clean up:
    - MANIFEST.in, WrapSwig.py, WrapVTK.py, distutilsWrapping.py and
      gdcmVersion.py moved to newly created ATTIC related
      gdcmPython/SetupOldies/ directory.
  * Autotools clean up:
    - */*/Makefile.am removed AT EXCEPTION of gdcmPython/Makefile.am
    - autogen.sh configure.in acinclude.m4 python.m4 removed

ENH: Afterall a Dashboard on Win32 is usefull :)

  * Doc/Website/ConformanceSummary.html, minimal conformance statement added.

*** empty log message ***

  * src/*.cxx *.h Reference to License.htm fixed to License.html.
  * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: fix.

FIX: SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr was breaking on Mac, Linux and Win32. So I guess I'll have to blacklist it

coding style

*** empty log message ***

  * TODO updated with Mathieu suggestions. I proposed a template for
    describing TODO entries and used it for new entries.

*** empty log message ***

Fix of cvs wrong conflict fixing. My fault. Sorry

'd' option (Implicit Dicom VR) removed from usage, because the (unused)
           write method is knowed to be bugged for 'difficult' images

 * DEVELOPPER spread out in Doc/Website/Developpers.html, CodingStyle.html,
    DeveloppersPython.html
  * INSTALL nows refers to Doc/Website/Installation.html

Cosmetic modifs to be more Coding style compliant

See 2004-09-24 entry.

Print() displays old key instead of new in order to make PrintHeader human readable
again

  * Added Doc/Website/CodingStyle.html, Developpers.html,
    DeveloppersPython.html, GdcmDataCvs.html and
    DownloadVersion0_1.html, DownloadVersion0_3.html.
  * Some Doc/*.txt Doxygen files (which do not really concern the
    documentation itself, but the website) moved to html and
    placed in directory Doc/Website:
    - Doc/DoxyDevelInstal.txt moved to Doc/Website/Developpers.html
    - Doc/DoxyInstallation.txt moved to Doc/Website/Installation.html
    - Doc/DoxyIntroduction.txt included in Doc/Website/Main.html
  * Doc/DoxyfileDeveloppers, DoxyfileUsers, Makefile.am oldies removed.
  * CMakeLists.txt changed accordingly.

FIX: Revert back to previous version, I don't believe this was a really safe code anyway. Plus this solve my issue on the Mac using gcc version 3.3 20030304 (Apple Computer, Inc. build 1666). The code should also more readable.

ENH: Remove function instead of putting stoopid comment

ENH: Could not compile using g++ -pedantic

ENH: update dvpt version

ENH: What the hell! There is no way it compiles on Win32

FIX: Python wrapping was broken due to renaming

ENH: Initial pass at playing with regex in cmake, to parse dicomV3.dic to stick in gdcm

ENH: license issue

ENH: Solve some licensing issue

ENH: Minor tweak so that user find documentation easily

STYLE: No DOS file, please

ENH: Fix some compilation warnings

 * Added Doc/Website directory, that contains a first raw version
    of gdcm Web site.

  * class gdcmObject is now called gdcmDicomDirObject (less confusing name)

  * VoidArea is now called BinArea (less confusing name),
    and all the methods called ...VoidArea... are now ... BinArea...

2004-09-23 Jean-Pierre Roux
  * FIX In order not to be poluted any longer by casting problems,
    the member VoidArea of gdcmBinEntry is now uint8_t* (instead of void *)
 we can now delete[] it safely

 Reverting to previous version temporarily. Sorry !  Frog

  * src/gdcmDocument.cxx: gdcmDocument::~gdcmDocument() doesn't clear (nor
    clear) TagHT, which is an inherited member of gdcmElementSet. It is
    up to the destructor of gdcmElementSet to clean up TagHt and it's
    pointed content.

GetImageData is now done *before* copying the docEntries

add a v(ideo inv) option to TestWrite -Special Hector Duque-

Code identation

Code indentation

string "gdcm::Loaded (BinEntry)" replaced by GDCM_BINLOADED

ENH: Sorry OT-PAL-8-face.dcm is still seg faulting on gcc3.3 and gcc3.4

ENH: Unused var

ENH: Some unused vars

FIX: Some unused var, just (void)'ing them

* src/gdcmCommon.h, gdcmDocument.cxx: doxygen typos

  * Test/CMakeLists.txt: update to follow gdcmData renamings.

Example/TestReadWriteReadCompare may now be called with command line parameters
(I said : EXAMPLE/Test... )

uncomment no longer ctest breaker images

Last modif before gdcmPixelData class introduction :
   High Bit and Bits Allocated are now save and restored
Color Palettes are now droped out the H Table (and no longer destroyed)

  * ENH: added some utility method that builds a flat dictionnary
    holding all the Dicom entries contained in the recursive structure
    of a gdcmElementSet. Refer to add FlatHashTablePrint.cxx for
    an example of usage.
    - src/gdcmDocument.[h|cxx] added BuildFlatHashTableRecurse() and
      BuildFlatHashTable() that build a flat dictionary.
    - src/gdcmElementSet.h: added a new private GetTag() accessor.
      gdcmDocument is now a friend of gdcmElementSet.
    - src/gdcmElementSet.cxx: clean up.
    - Example/FlatHashTablePrint.cxx added.
    - Example/CmakeLists.txt changed accordingly

uncomment ShowDicom

inclusion of code for jpeg compression
(user intended methods not yet commited)

  * gdcmDocEntrySet::SQDepthLevel and gdcmDocEntrySet::BaseTagKey attributes
    moved away from gdcmDocEntrySet (since this class is an abstract class
    acting like an interface). SQDepthLevel and BaseTagKey are now
    in class
    - src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx] removal of SQDepthLevel and BaseTagKey
      and associated accessors. Doxygenation of the class.
    - src/gdcmSQItem.[h|cxx] SQDepthLevel and BaseTagKey and associated
      accessors added.
    - src/gdcmSeqEntry.[h|cxx]: constructor doesn't handle depth anymore.
      Use SQDepthLevel accessor instead. ::Print() adapted.
    - src/gdcmElementSet.cxx changed according to changes in gdcmSeqEntry.
    - src/gdcmDocument.cxx changed accordingly.

gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber has now an extra parameter,
 std::string VR (default value : "unkn"), that makes
 TestCopyDicom code much lighter .

Very cautiously put gdcmDocentry destr as virtual, to prevent mem leak...well in theory since I had to comment inherited destructor. Sorry this was necessary

ENH: Warnings about shadow vars, + unused var

# As of 14/09 this image creates a crash:
#Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
#0x4032bc4b in gdcmHeader::GetLUTRGBA (this=0x8149228) at /home/malaterre/Creatis/gdcm/src/gdcmHeader.cxx:1170
#1170          *a = lutR[i*mult+1];

Now, TestCopyDicom deals with private Entries

  * Preparation of writing a gdcmHeader iterator: generalisation of gdcmTagKey
    - The following is the doxygen comment of the typedef declaration
      of gdcmagKey in src/gdcmCommon.h:
           gdcmTagKey is made to old an "universal" (as in URL, Universal
           Ressource Locator)  key to a gdcmDocEntry i.e. a dicom tag.
           A dicom tag allways has a group and an element, but a set of tags
           embeded in various (optionally nested) sequences and sharing
           the same group and element all share the same (group, element)
           "identifier". Hence the (group, element) cannot be used as an
           identifier (in gdcm we shall refer to a "TagKey") of a tag.
           In order to construct a proper tag identifier (i.e. a key) we
           consider the following definition of a TagKey:
           - let Group, Element be the string representation of the
             group and element dicom tag members,
           - let ItemNumber be the string representation of the integer
             index of the considered item number of a sequence,
           Let the key of a tag embeded in a sequence, noted SeqTag, be
           the form:
              /ItemNumber#Group|Element
           where "/", "#" and "|" are characters acting as separators.
           Then the general form of a gdcmTagKey is given by:
              Group|Element<SeqTag>
           where <SeqTag> means NO or many instances of SeqTag.
           Hence the gdcmTagKey of a tag not "leaving" in a sequence is the
           string e.g.
               0028|1201
           but the gdcmTagKey of a tag "embeded" is the first item of
           a sequence, itself nested in the third item of a sequence is the
           string e.g.
               0004|1220/2#0008|0082/0#0008|0090
    - src/gdcmDocEntry.h: added a new Key (of type gdcmTagKey) member, in
      order to hold the new sequence compatible key. Previously, the
      GetKey() method would look in the underlying gdcmDictEntry.
    - src/gdcmDocEntry.cxx:
      -- constructor now copies the underlying DictEntry key, in the local
         Key member.
      -- ::Print: displays the member Key, instead of the (group, element).
    - src/gdcmCommon.h: added some comments on typedef gdcmTagKey.
    - src/gdcmDocEntrySet.h:xi
      -- ::ParseDES() now setups the gdcmTagKey of the sequence it is parsing.
      -- now has a new BaseTagKey member.
      -- STYLE.
  * src/gdcmValEntry.[h|cxx], src/gdcmBinEntry.[h|cxx]: the member VoidArea,
    previously a member of gdcmValEntry, moved to gdcmBinEntry were is
    truly belongs.
    This poses the problem with the semantics of the following lines
       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
    in gdcmDocument::gdcmDocument(std::string const & ). Please refer
    to the long FIXME note for what the problem is. Nevertheless in
    order to get things working the dicom dictionary was altered !
    Please fix things urgently...
  * Dicts/dicomV3.dic WRONGLY altered (this means we introduced a uncorrect
    information), see above note on moving the member VoidArea. Nevertheless
    the following entries previously correctly set as US are now inproperly
    set to OW:
      0028 1201 OW IMG Red Palette Color Lookup Table Data
      0028 1202 OW IMG Green Palette Color Lookup Table Data
      0028 1203 OW IMG Blue Palette Color Lookup Table Data
  * src/gdcmDocEntry.[h|cxx], src/gdcmSeqEntry.h: SQDepthLevel member
    of gdcmDocEntry moved to gdcmSeqEntry.
  * src/gdcmSeqEntry.cxx: STYLE.

new version of TestCopyDicom

dealing with 'zero length' integers

Update of Dicom Dictionary

Disabls TestChangeHeader, this is not a test right now

FIX: put back everything since I broke tests, warnings should be discarded -apparently-

FIX: Some warnings

FIX: icc could not build otherwise

Cosmetic modif
(Still don't solve Mathieu's pb on TestCopyDicom :-(

Doxygenation

zilch.

Adding some warning messages

 WARNING :  This was not designed as a 'Test' program, but as a utility
            provided to 'transform' an image 'Siemens MRI New version'
            into an image 'Siemens MRI old version'
            If user tries to 'merge' two mismatching images
            e.g. a LUT image and a RGB image
            or a compressed and an uncompressed one
            or a single frame and a multiframe,
            or a '12 Bits Allocated' image and anything else, etc,
            Probabely TestChangeHeader will fail !

Some fixes to help dealing with UnLoaded values
(ForceLoad no yet commited)

ENH: Adding a test I know that segfault

ENH: Applied JPR comments, but still doesn't work on 012345.002.050.dcm

FIX: warning

ADD : gdcmGlobal::CountSubstring method
ADD  : Example/TestChangeHeader.cxx (Mathieu's one)
FIX : now gdcmDocument::SetEntryByNumber deals properly with 'multivaluated'
integer entries (US, SS, etc )
(e.g. : Aquisition Matrix)