Merge branch 'master' of https://github.com/dsarrut/VV

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Modified gate_job_cluster.job to request 3GB by default.

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Changed qt git url

Sync RTK files with the RTK public repo

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Added PixelTypeDownCast specialization for double to double 'conversion'.

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fixes for ITK v4.8rc02

Fixed MatrixTransformToVF's option "--like" with ITK > 4.6

Fix enum define that conflicts with system macro on mac os

Fix for MacOS

More tolerant stat file merging

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

changed #!/usr/bin/env bash to #! /usr/local/bin/bash -lx

changed #!/usr/bin/env bash to #! /usr/local/bin/bash -lx

changed /usr/bin/env to /bin/env and added date before and after the data transfer

changed /usr/bin/env to /bin/env
added date before and after the job data transfer

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

the barycenter tool is the same as the image moment tool - so we delete it

new tool to calculate the barycenter of a binary image

Improved robustness of ImagX xml file reader

Add dosenormafactor parameter

Correct else position

correct : with ;

protect FATAL macro

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added direction to --like option

Remove unusable code.

Modification cumulative dvh.

Added --force option to gate_power_merge.sh

Added more options to clitkImageUncertainty, default should be identical

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fixed typo

COMP: ITK v4.6

Fix missing breaks + handle default in enum

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Fix for default parameter (with Simon)

Correct 'else'

Correct DDS

Protect the FATAL macro

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Fix for parameters passed to Gate

Modified --dvhistogram option.

Correct display of label number even if image of char

Small change in error message.

Remove clitkDVH tool and add --dvhistogram option to clitkImageStatistics.

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STYLE: Move CMake commands to match new conventions

The next step in removing end-of-lines is to run through all the
CMakeLists.txt files and clean them up.

This also changes all the key words to lower
case. The primary reason for changing key words is that all documentation for
CMakeLists.txt now shows the key words as lower case. Even the printed
“Mastering CMake v5” uses lower case. I’ve come across this several
times in my class where students stumble over the fact that the
documentation about Cmake does not match the implementation in ITK.

I have a script (a wrapper around a vim macro) written that can make
these substituions reliably (Tested on the BRAINS tree, the Slicer3
tree, and the ITK tree without causing any errors).  more complete
documentaiton can be found attached to

COMP: First Mac 10.9 build fixes.

This patch probably includes a few items that are
not strictly necessary, but during the fumbling
around to find a working solution, these
were the identified failures.

Updating VTK and ITK were key components to
make this process work.

COMP: Update ITK and VTK

ITK and VTK updates allow building with c++11 on
mavericks with the latest apple clang compiler.

COMP: C++11 identified type missmatches

rtkHisImageIO.cxx:149:53: error: constant
expression evaluates to 134 which cannot be narrowed to type 'char'
[-Wc++11-narrowing]

Agata - why did you delete these tools ?

First version of new tool clitkDVH - possibility to compute dose volume histogram %/cc/voxels.

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Fix clitkMergeRootFiles, proper but nonobvious init for TFileMerger was missing.

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

for compatibility reasons I deleted the case insensitive search in OSX

Allow to correct for dicom with negative spacing (dcm to mhd)

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Do not remove afs files and job log files at the end of the submission,
   only the other files

Fix merge with the copy of mac folder and copy the mac folder in the
results directory

Enabled cluster script for CC IN2P3 (based on Pierre's dev)

Fixed displayed slice number. Now 0-based and accurate...

Enable clitk IO

Fix for one slice only

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clitkPointRigidRegistration comment unnecessary header file

Replace "itk::NumericTraits<PixelType>::Zero" with explicit initialisation (for macos)

Now calculate FRE

Moved back accidentally deleted tools

Removing polish comments

First version of PointRigidRegistration

Add explicit origin when resample

Take input/output spacing for origin

Do not remove G4 data files

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new tool = gaussian blur filtering + improved gradient magnitude tool + added help to clitkImageLaplacian

Back to the correct version... I think I am right...

Trailing spaces

Add dcm extension

Add display matrix option

Remove warning sprintf

Copy macro files for log

Now work for single thread simulation

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Back to the correct version... Benoit you will be hanged !

new tool to normalize an image

Detect ITK_USE_SYSTEM_GDCM with target

Remove setmode definition since it was not used and it prevents
compilation on MacOS

Fixed issues with --like option

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Updated help of vv command line

Robust detection of GDCM compilation by ITK: made it robust to ITK installation

inverted IO reader order to solve a bug with vox files

deleted an extra space in order to be able to grep the results of clitkImageInfo

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

new tool to normalize image intensity

When clicking on the all button, also propagate fusion and overlay W/L