Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

installation of more scripts

morphoMath tests

test for lung3d.mhd

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support for mha images

- another patch by Joël

comparing raw files automatically. refFile can end with .mhd or not

add tests for imageArithm

undoing StructureSet-related patch

- the one sent by Joël

Bug/issue 704

- Made clitkPadImage generic (no support for 4D images for the moment).

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

replacing \r\n by \n in generated mhd files when running toolTestRunner

No .gitignore file Joël! Put .gitignore in your .gitignore file.

finer control over fusion transparency

- addition of a spin box to set the values

applying another patch from Joel

patches sent from Joel Schaerer

itkv4 migration

- Add call to SetDirectionCollapseToSubmatrix needed by the
  ExtractImageFilter.

itk4 Remove ITK_USE_OPTIMIZED_REGISTRATION_METHODS

- Bypass all ITK_USE_OPTIMIZED_REGISTRATION_METHODS with ITK 4. All
optimized version are now the normal version in itk4.
- Include itkImageToImageMetric.h instead of itkOptImageToImageMetric.h
- Rename GetJacobian to ComputeJacobianWithRespectToParameters.

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error in the install of segmentation tools

itk4 Rename DeformationField to DisplacementField

Revert "[BUG] Use POSIX local before call to GDCM"

This reverts commit a1dbb1f955409410f9402f9f257482a03bb5d5d6.
Corrected by 98eb0c23b8066792d7a77e571fb7d48c9fe02db6.

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locale bug in vv with French

- An error when resetting the locale to its original value caused the previous setting to be undone...

[BUG] Use POSIX local before call to GDCM

- Force the use of POSIX local to read dicom headers with gdcm

Revert "itkv4 migration: Rename itkBSplineDeformableTransform to itkBSplineTransform"

This reverts commit ba207d8b674671e4e3e1ce6d4171e84474c4cfd9.

itkv4 propagate Transform<*>::NumberOfParametersType

- Propagate itk::Transform<*>::NumberOfParametersType typedef into our
homemade transforms.

itkv4 Replace ITK_TYPENAME by typename

- ITK_TYPENAME disappeared in itkv4. It was in itkv3 to remove some warning
with MS VC++ 6.0 which is not supported by itk anymore.

VTK 5.8.0 introduced a bug with overlay and fusion: default values for
output origin and spacing of vtkImageReslice had changed and the proper
functions were not used for their initialization. Fixed.

Compatibility with itk4, dont check image physical space (VerifyInputInformation)

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Removed unused files

Remove clitkBSplineDeformableRegistration from CMakeLists also...

Removed clitkBSplineDeformableRegistration which was not supported
anymore. Prefer using clitkBLUTDIR --itkbspline.

Added option itkbspline to use itk::BSpline instead of multilabels BLUTs

Added Get function for the vector of transforms

uint compilation error on Windows

Remove /lib from INSTALL_RPATH properties

- only needed on my computer with itkv4

Merge commit '488f24aa984ae24adc9458bf5fbf3b2351415742'

Conflicts:
registration/clitkBSplineDeformableRegistrationGenericFilter.txx

merge master

Attempt to make clitkBSplineDeformableRegistration work

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

itk4 Renaming

- Rename GetJacobian to ComputeJacobianWithRespectToParameters
- Call Transform constructor without OutputDimension parameter
- Rename m_Jacobian to m_SharedDataBSplineJacobian and declare it

itk4 Rename DeformationField to DisplacementField when necessary

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Bug in clitkMedianTemporalDimension

- median taken was one position before or after the real median. results were actually unpredictable...
- also optimized the code a bit...

Limit uniformity test to first 3 dimensions (usually the spatial ones)
    to avoid problems when spacing was randomly assigned in 4th
    dimension

Allow unlinking of window/level of overlay, enable ctrl+w for local
windowing of fusion and overlay image

Added compression option to clitkImageConvert

[BUG] clitkImageInfo wasn't installed

- Replace clitkDicom2Image by clitkImageInfo CMakeLists

clitkTransformLandmarks

- can now transform using a matrix (file) and/or spacing (cmd line)

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

itkv4 migration: Rename DifferenceImageFilter to ComparisonImageFilter

itkv4 migration: Rename itkBSplineDeformableTransform to itkBSplineTransform

bug in create_mid_masks-2.0.sh

- "source ./variables" was in the wrong place

registration script more robust to parallelization

- elastix's parameter file is now created with a suffix

more name conflicts

resolving script name conflicts

new midP related scripts

- they are also installed when make-installing

solved locale related bug

- problem appeared when opening dicom files in a "French" machine

Put in this file all commands related to S2RL

Add options for S3A

Add options for threshold

Add option for threshold

Add options for S3A

Finish first step of S3A.

renaming filetest name

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

test for binarizeImage FG, lower 0.1556

test --mode BG for binarizeImage

Remove unused variable

correct merge

first trial

 first version of Image2DicomRT (dos not work)

first version of UpdateDicomItem

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Use clitk version of the itkPasteImageFilter

I dont want to verify inputs information, override VerifyInputInformation

I dont want to verify inputs information, override VerifyInputInformation

Add a clitk version of itkPasteImageFilter because, with itkv4, there is a new VerifyInputInformation function that prevent filter to be used with images having different physical space, while I want to do that.

Change reading. Add possibility to update dicom info (before writing dicom)

Simplify (!) DicomRT reading. Store Reader to be able to write later.

Replace ListOfROI (vector) by MapOfROI to avoid ambiguity between the ROI number and the index.
Remplace GetROI with GetROIFromROINumber

Replace ListOfROI (vector) by MapOfROI to avoid ambiguity between the ROI number and the index

Change GetROI by GetROIFromROINumber

Indicate that --radius option is multiple. User can set one radius by dimension

Remove fucking windows ^M

tmpnam_s for windows

definition of test_Tool_Path

remove toolsTest using google framework

remove vvTests because of google framework...

removing warnings: unused variable, tmpnam

Update supports & stations 3A,3P

Add clitkDicomRTStruct2Image and clitkImage2DicomRTStruct

Add clitkImage2DicomRTStruct executable to convert a binary image into a dicom-rt struct

Add clitkImage2DicomRTStructFilter to convert an image into a dicom-rt-struct

Rename clitkDicomRT_ROI_ConvertToImageFilter into clitkDicomRTStruct2ImageFilter