Account for transform when updating display extent of vf, fusion and overlay

Fix for bug #274: move JoinSlices definition in .h

do not need clitkSegmentationUtils

Last errors

Errors in previous commit

Temp fix (see http://kingkong.grid.creatis.insa-lyon.fr:9002/issues/274)

Another lrint

Removed warning (same name used twice for layout widgets)

Replace rint with portable function

Correct last commit

MSVC++ seems a bit more strict than gcc with c++...

Put mMesh in smart pointer

More vtkSmartPointer

Delete widget first, the image data after

Romulo:
Add --output (-o) option. stdout is now used for verbose mode only.

Attempt to remove some leaks. DicomRT_Contour, DicomRT_ROI and DicomRT_StructureSet are now itk::LightObjects with private constructors

Romulo:
A couple of corrections and more debug info...

Romulo:
- new tool: clitkTransformLandmarks
Trasnform a set of landmarks with the given 4x4 matrix. Output to stdout.

Removed old file from compilation list

Removed old files, now in common

clitkGammaIndex uses vtkCellLocator

*** empty log message ***

Improvement of clitkGammaIndex.cxx by changing distance computation class.

Put mDefaultLUTColor in smart pointer to avoid memory leak

Correct VFResample (now should work)

h now hides corner annotations as well

h now hides corner annotations as well

[BUG] Change to signed distance.

Add S3A, correct minors for S7

Add reference count for list of loaded image in the afdb

Add object uniqueCCL flag for SliceBySliceRelativePosition

Add "NotLeftTo" relative position and other

pgueth:
  + Add clitkGammaIndex computation.

Romulo:
- Corrected bug when the size of the dicom template should be used as the reference for the resampling, instead of the spacing
- Added a command line option to for the size as the reference (--useSizeAsReference - default=off)

Romulo:
- Corrected bug when the size of the dicom template should be used as the reference for the resampling, instead of the spacing
- Added a command line option to for the size as the reference (--useSizeAsReference - default=off)

New icon for the MIP tool

Put this tool in the tools menu (remove from experimental)
Display an error message for 2D images

Correct bug in the filename when the same filename is used

*** empty log message ***

Remove old MaximumIntensityProjection (menu and callback)

Remove old MaximumIntensityProjection

Adapt vv RPATH to remove useless building path.
Install vv in bin subdirectory.

Remove vtkHybrid from clitkCommon and add it only when it is needed
(clitkRTStruct).

Fixed bugs in libstatgrab

Romulo:
- set Link/Link All functionality
  + when linking two images: take the one in the first combo box (left) as the reference for viewing adjustments
  + when linking all images: take the last manipulated image as the reference. The last manipulated image is the one with which the user last interacted using the mouse (mouseclick, mousewheel, but NOT mousemove)

Removed cmake memory option

MSVC++ complains that the exception is not used, put debugging message back

Fixed compiling error by MSVC++

Corrected bug when opening unexisting file (introduced by myself in version 1.52)

Update panel height

Check image size before performing operation

Resample tool now use new resampleImage class (use the right number of thread)

Add new resampleImageLib

Correct tool name

Remove debug verbose

Add ResampleImage library for vv

Add HaveSameSizeAndSpacingThan function

slight changes to use nex clitkVFResample.ggo

remove olf clitkImageResample (keep clitkResampleImage)

first version (copy of old clitkImageResample.ggo)

remove unused code for imageresample. The "true" one is clitkResampleImage and not clitkImageResample

Display values of two images and their difference in the same way instead of rounding to the second decimal

Romulo:
1) Perform image resampling if the spacing of the MHD file doesn't match the slice thickness found in the reference dicom series. Use the dicom spacing as the output.
2) Remove files from the dicom series if the number of slices in the MHD doesn't match the number of files in the image (it may be smaller due to rounding of image resampling). An error is still generated if there are more slices than files, though.
- issue: VV somehow still detects all images (Open Dicom), but the number of files and the series itself are correctly read.
3) Warnings are printed in both cases above if "verbose" is enabled.

Romulo: changed rounding of image resampling to floor() because, from a clinical point of view, it seems to be better to miss a slice than to add information that didn't exist in the original image.

Attempted to fix the mess of the resample fucker wrt to setting spacing and dims

Added reference to bug report for previous commit

Force update of display extents to fix linked navigation bug + move propagation out of loop

Romulo: invert matrix in .mat to be consistent with mhd matrices handled by itk

Return nan when quering scalar value outside whole extent

Romulo: fixed crash on display transform for vf, overlay and fusion images

Romulo: fixed log file, AppendOn was missing

Corrected log option for portability

Added VF color option and corresponding button

Disabled NKI transform function

small gui update

Set the correct window/level in the spinbox when preset is enabled

Do not compile those tests by default

MOST IMPORTANT CHANGE IN VV SINCE YEARS !! Now MemoryUsage is displayed in blue.

Remove "Panel" textlabel

Display 'NA' if memory usage is not available

Romulo:
- Add command-line option to set a log file for VTK and ITK messages
  + option is --log
  + file is stored as date_time.log in /tmp/vv-log for the moment
    * still to find a better location, so that it works in Windows and Linux

Romulo:
- Included visualization of the image's transformation interface on the main
window
- Removed panel information that preivously existed

Romulo:
- Corrected bug in --noAutoCrop function, both in ggo file and source code

Romulo:
- Added functionality to transform points based on the BSpline coefficients
  instead of the vector field
- Added new command-line option --coeff (mutual exclusive wrt --vf)

Romulo:
- Added functionality to generate the BSpline coefficients during the
registration.
- Added new command-line option --CoeffEveryN (requires --coeff and --verbose)
  - see ggo file
- Created new observer class (as specified by ITK) to catch iteration events
triggered by the optmizer

Return 0.0 if libstatgrab is not used

Replace vvImage::Pointer with raw pointer for function

Add a list of open images to correctly release memory when the tool is closed

Cosmetic

Correct destructor

Add smartpointer for vtk objects

*** empty log message ***

Make the tool work for all image pixel types

Removed direct modification of matrix elements which triggered vtk warnings.

Undo previous commit: itk MemoryUsageObserver slows down vv

Remove statgrab stuff, prefer portable ITK functions

MSVC++ was complaining of shadowed default parameters.

Don't feel the buffer in GenerateOutputInformation which can be called again after update...

Consistent GetScalarComponentAsDouble with the one in vvSlicer

Put GetScalarComponentAsDouble with required update in static function for use by other objects.