Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

circumventing apparent bug in BSplineTransform of ITK 4.x

- SetCoefficientImages doesn't seem to take all images of fields of the flat vector image
- Created the flat parameters-image myself and used SetParameters() instead

Fix for bug #1881

itk4.3 compatibility

- Use Update instead of StartRegistration

itk4.3 compatibility

- itkCompose3DVectorImageFilter is now itkComposeImageFilter

Remove itkAnalyzeImageIO

- itkAnalyzeImageIO was used to force identity matrix when reading
analyze images. itk now uses another reader that does not apply fancy
matrix when reading analyze file, previous code is not needed anymore.

Added GoToLandmark functionality

- like GoToCursor, but when we double-click a landmark in the landmark panel's table

add "Remove All" landmarks

(more) robust handling of landmarks in time-sequences

- --landmarks [--sequence] cmd line option (including help message!)
- landmark display follows time-frame
- landmark addition/removal also matches time-frame

added --landmarks to vv's help message

- we can generate a new release now...

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

added new cmd line option: --landmarks

- guess what it does...

added support to new landmark-file type

- .pts from Jef's studies

Remove check on image information when loading merged image with time
from GUI to be consistent with command line. Since we are reslicing
anyway, there is no need to have similar info anymore.

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added ImagX file format from RTK

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Handling SYSTEM GDCM build and install trees (correction)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

ITK4 compatibility

handling SYSTEM_GDCM from build and install trees

Added support for ESRF reconstructions

Copied ESRF Edf processing from rtk and use rtk file names to emphasize that they are comming from rtk.

Copied His processing from rtk and use rtk file names to emphasize that they are comming from rtk.

Copied Hnd processing from rtk and use rtk file names to emphasize that they are comming from rtk.

added support for more VF file types

Removed git tag on VV to compile HEAD

compilation issues

- simplification of RPATH assignment when make-installing
- handling the use of ITK with USE_SYSTEM_GDCM

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Add option to detect too small segmented structures

Add option to detect too small segmented structures

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

correctly reading contour colours for GDCM 2.x

adjusting dependencies

Sorry I push the wrong file

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vvMainWindow.cxx

Add nii.gz as file extension

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added svl file format (Clarity)

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Fixed slice error: check that it is in extent before updating extents

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

bug removal

- correcting iterator regions

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

bug removal

- was accessing pixel neighbours outside the image buffer...

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

updated the render window for the labeled landmarks

No typename outside template (MSVC sensitive)

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

added labels to landmarks

Clean-up while debugging

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

further changes to solve bug #1714

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

BUG: Problem with absolute paths

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix for Bug #1714: only check on sliders of the visible vvSlicer.

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

VV: added links to Read/Save state

Change comment for buggy part

Default opacity is now 0.5

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

vv: corrected tree column updates when maximizing view

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

VV panning: middlebutton = left button + shift

- a change made specially for mac owners and their mice-without-middle-button issues... ;-)

updated help message concerning window/level cmd line option

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vv.cxx
vv/vvSlicerManager.cxx
vv/vvSlicerManagerCommand.cxx

Add option to detect too small CCL (stomach)

window/level in read/save state

accepts multiple window/level in cmd-line

- window/level is applied to set of images (sequences too) appearing before the window/level
- useful when opening, eg, different modalities at the same time

preserve crosshair position when changing orientation

- it used to jump to the slice in the middle of the volume

maximizes the selected slicer

- before it was just the NW one.

gdcm 1.X compatibility

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vv.cxx

Remove warning.

Missing a return true.

Fix for MSVC CPack

Various fixes

Updated version for new release

Fix for old versions of gcc

corrections post- "-h" addition in VV

added "-h" for help option VV

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Sync gengetopt cmake files with rtk

use of relative path for default study/series description

error in dicom key setting...

default values for study's/series' ID, time, date, number, description

GDCM 1.x compatibility

newStudyUID forces newSeriesUID

- also some bug corrections...

corrections...

GDCM 1.x compatibility

create new files for new dicom study/series

auto generate dicom file UIDs when new series/study is specified

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

gdcm 1.x compatibility

First version of the superbuild CMakeLists.txt.

new options to auto-generate dcm series UIDs

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Lungs window/level is now the same as in FOCAL

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