derived from ImageToImageGenericFilter for integrating it into vv

Derived from ImageToImageGenericFilter for integrating into vv

used vtkSmartPointer

use of another vtkSmartPointer

Added metric presets, interp GUIs

Added Presets, GUI for metric, interp, etc.for AutoReg.

added presets and GUI's for AutoReg

used vtksmartpointer for vtkimagedata

updated AutoRegister Overlay

AutoRegister output overlayed

apparently this was too ambitious as well :-/

fix previous commit, sorry

attempt to fix some leaks. Note that vv still leaks: memory is never given back to the OS when an image is closed

a few improvements to the struct library, flush for better debug with DD,
  and fix warning in plastimatch tool

Removed ggo template for affine registration

reads from a config file and performs the registration

Setoverlay function modified

Config File for AffineRegistration Filter

corrected some ReadFile functionality

fix string comparison

Added AutoRegister..........

remove unwanted struct

Modified to use SetNextOutput function.

fix dependency problems

fix composition order bug; add panel position. Panel position settings are still widely untested

bugfix: can't assume clitkImageArithm has two inputs

cleanup

minor changes

clean binarize up in order to use it as a template

cosmetic

Seg Fault dealth with

resolve registration dependencies for VeVe!

resolve registration dependencies for vv

*** empty log message ***

*** empty log message ***

fix duplicate wrap_ggo

oops!

vv now builds even with all options turned off

move the last files to tools

remove the old filters directory

improvements to the build process:

* vv should build whether or CLITK_BUILD_TOOLS is activated
* _ggo.c files used by vv are put into a lib by directory
* big generic filters are compiled into a lib per generic filter, to avoid recompilation

Adapted ggo include dir to new structure

fix instantiation problem

fix vtk mesh opening

Used GetInput method for reading input images

minor changes

Include directories: segmentation and registration

add

*** empty log message ***

*** empty log message ***

filterbase initialization

small GUI update

add extract patient tool

cosmetic

cosmetic

add set filter base

check upper/lower threshold validity

change 'Package' to 'package' (do not compile on certain gengetopt)

update folder

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

comment binarizeimage because already exist in tools

correct 'Package' to 'package'

*** empty log message ***

Added comment

initial entry

*** empty log message ***

*** empty log message ***

build segmentation by default as it is needed for vv

*** empty log message ***

move resampleimage into tools

move into tools

add tool: convert a DicomStruct into a binary image

remove argsinfo template

convert a DicomStruct into a binary image

add wait icon to mouse pointer

add cancel button

image unique filename bug correction

put a filter in a thread. Can be canceled.

future possibility to choose the tool menu

now threaded segmentation (can be canceled)

cosmetic

correct currentIndex bug

add draft bronchus decomposition

Implementation of a 3D thinning algorithm
http://www.insight-journal.org/browse/publication/181

replace "RegionOfInterest" filter with "ExtractImage" (keep origin and so on)

cosmetic

add MustStop function (for interrupting a filter)

Inherits from ImageToImageGenericFilter

exported pieces of code to clitkAffineRegistrationGenericFilter.txx file

inherits from ImageToImageGenericFilter class

Templatized...

qt_ui/vvToolSimpleInputSelectorWidget.ui is required to compile

Replaced round function with portable rint function

Changes template name to accomodate VC++10

Fixed ambiguous overloading

Removed nasty and useless hard coded include directory for gdcm. Use Cmake!

Corrected bugs regarding the rigid case and the initialization.

Removed default template implementation of GetBackwardAffineMatrix