Normalization

exXCoherentFileSet has one more parameter "write" that allows user to
write a directories tree.
(Helpfull when *all* the images are held in a single directory!)

I don't like warnings!

Remove return-as-error
(I get the information I wanted : inline doesn't have any effect !)

Allow user to give a 'lexicographical compliant' name to the files

missing space

This one should be usefull in order not to 'read' to many headers, in
post-processings

Avoid warning at runtime

Avoid wrong warning messages at run time.

mistyping

Fix writting VR = OL

Deal with new "OL" VR

Conform ftp://medical.nema.org/medical/dicom/Supps/sup119_pc.pdf :
add OL

Always generate an error (temporaryly),
just to allow us to see the full log in the dashboard

Just to see, on the Dashbord (Linux+Windows) whether inline has an effect or
not.
(not any, on by PC ...)

Re-activate TestInLine

UserDefinedFileIdentifier is now more human readable

Easyly reusable code
b

Avoid warnings

Allow using Python2.5

Update

Stop panic users with useless 'error' messages

} missing?
Do I need to change my text editor ?!?

To help human reader of PrintFile, hexadecimal value of integers (UL,US,SL,SS)
is now displayed (usefull when the data value is, say, a dicom tag)

avoid Doxygen Warnings

Forgot to update this one

Fix the still ifdef-disabled code

Avoid warning

Avoid warning

Avoid compile time warning

ENH: do not run valgrind on dcmdump/reWrite test

ENH: strstream were deprecated around 1998. Need to use stringstream instead. Add dcmdump+reWrite to check consistency

COMP: Fix picky compiler

COMP: Please dont add code that do not even compile

Fix comments

fix gdcm -> GDCM_NAME_SPACE

Doxygen : forget to commit theese ones

Doxygen  (1.5.2) doen't want \\ref option.
Avoid tons of warnings

COMP: Fix painfully picky compiler

BUG: how did that hqppen...

COMP: Fix comp on picky compiler

COMP: Fix comp on picky compiler

BUG: Fix long standing bug that was introduce by jpr at rev 1.51, 2006/07/10. I have absolutely no clue what the code is supposed to do. I do not even understand why in the first place the code was changed from the very simple initial (working) implementation

ENH: sometime you need to hold your compiler hand to guide him...

Unify exExtractOverlaysACR an exExtractOverlaysDCM codes

Print

ENH: add copyright

ENH: Should work now for VTK 4.5

remove spurious ;

ENH: Found a file with 15 Overlays

ENH: should be backward compatible

ENH: use the new color image viewer

ENH: add ouw own version of color window level

Add :
'rec' option (User wants recursive parsing of the directory)
'noex' option (User doesn't want 'use friendly' info at end of Printing)

Fix misstyping

Remove old stuff

Update

Some cleaning in examples for extracting Overlays

ENH: those dicts had been seating on my disk for a while...

COMP: minor comp fix

ENH: add another version of Extract CSA Tag

ENH: add new types for CSA siemens stuff

Temporay commenting out of Test JPEG2000 to avoid time out everywhere!

  Since gdcm1.3.1 wrote wrongly some images :

 .Uncorrect reading/writting of JPEG/JPE2000 images when BitsAllocated=16/BitsStored=8
 .Uncorrect writing of JPEG/JPE2000 image with an 'Icon' Sequence
 .Uncorrect writting of JPE2000 multiframe images
 .Uncorrect writting of images with a DataElement belonging to group 0002, inside a Sequence

I change the minor version number, to make easier a bug tracking.
If somebody expriences some troubles with a gdcm-written image, he (we!) can check the gdcm version,
using PrintFile filein=fileName.dcm

Add some more info on User Guide

New gdcm.tar.bz2

Update

Update

Refine testing

JPEG2000 reader deals with multiframes.
Thx to Ma

Oversimple stuff to load/not load the overlays (group 60xx) :
add "o" to the file list.
ex
vtkgdcmViewer2 gdcmData/XA_GE_JPEG_02_with_Overlays.dcm
--> usual way of viewing the image

vtkgdcmViewer2 gdcmData/XA_GE_JPEG_02_with_Overlays.dcm o
--> overlays are displayed.

The default mode is, of course, NOT TO LOAD the overlays

Clean code

Refine testing

Autogenerated misstyping after system crash ?!???

Solve (hope so!) the JPEG troubles when BitsStored == 8 && BitsAllocated==16

Add 'keepoverlays' parameter (just a test)

Add disclaimer

Refine testing

Check more oddities

Fix to be able to read Jpeg images 16/8.
Warning : overlays are lost!
(a method is missing, to say gdcm we want to keep them!)

Add overlays groups (what will be the max number ?!?)
Thx to Mathieu for telling the lack.

Forget to commit this one.
Thx to Mathieu for reporting bug.

Now, we compress properly images (BitsAllocated 16, BitsStored 12).
Thx to Mathieu for providing fix.

Pending problem :images (BitsAllocated 16, BitsStored 8)
-Not so common !-

Typo

Solves the problem of +/-1 on some images.
Thx to Mathieu for sending the patch.
(Pb of BitsStored=12 still pending)

(try to) help debugger

Add some verbosity (usefull at debugging time)

Add a JPEG200-writter test
Right now, it fails on 12 images (amongst 150)

Show images whose pixels differ +/-1 after compression/decompression

Add example

Compile exMakeIcon, as well

Load *all* the fields

Typo

Jpeg writter is no longer confused by DataElements 7fe0|0010 inside a Sequence
(e.g. : an icon inside Icom Image Sequence)
Hope there is no compressed icons !

- Don't covert grey level pixels+LUT to RGB pixels before compression
- Check pixels on the right legth (for odd length data)
- Allow a difference of +/-1 between native image and decompressed image for
each pixel
- Display the warnings at the right place
- Count successes and failures

Warning :

-> It seems that *all* the failures 'pixels differ as expanded in memory'
   shouldn't appear (resulting image looks perfect ?!?)

-> For some images :
gdcmData/05115014-mr-siemens-avanto-syngo-with-palette-icone.dcm
gdcmData/05119865-mr-siemens-avanto-syngo.dcm
gdcmData/05148044-mr-siemens-avanto-syngo.dcm
gdcmData/CT-SIEMENS-Icone-With-PaletteColor.dcm
gdcmData/GE_CT_With_Private_compressed-icon.dcm
gdcmData/MR_GE_with_Private_Compressed_Icon_0009_1110.dcm
gdcmData/SiemensMagnetomPhoenixWithCSAinfo.dcm
gdcmData/MR-sonata-3D-as-Tile.dcm
gdcmData/CT_Phillips_UNvsSQ_fixed.dcm
gdcmData/MR-SIEMENS-DICOM-WithOverlays.dcm
gdcmData/MR-SIEMENS-DICOM-WithOverlays-extracted-overlays.dcm
gdcmData/PICKER-16-MONO2-Nested_icon.dcm
gdcmData/PrivateGEImplicitVRBigEndianTransferSyntax16Bits.dcm

compression leads to non gdcm-parsable result.
:-(

 Don't convert gray pixels+LUT to RBG pixels before compression
 Replace tested->GetImageData() by tested->GetImageDataRaw()

Avoid ctest to abort on 32 bits per pxel image RTDOSE.dcm

Still trying to make a full JPEG Writer test.
(A lot of oddities to be fixed!)

Avoid JPEG2000 writting to be confused by odd lengthes

Avoid JPEG writting to be confused by odd lengthes!