bug in Z origin in clitkDicom2Image

- bug happened when using --std_input

small bug with landmark indices after deletion

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

possibility to delete selected landmarks in VV

cmake libstatgrab issue back to normal

compatibility with old Qt

Prompt transform backup when saving image in vv.

Added animated GIF video snapshot (CLITK_EXPERIMENTAL yet)

Added Windows avi possibility

Simplified video capture code

Simplified image snapshot code

Added CMakeFile with minimum set of cpp files for creating animated gifs

Change configuration for portability issues and only activate gif format

CxImage sources taken from
http://www.codeproject.com/KB/graphics/cximage/cximage600_full.zip

Remove gtest reference

add support for Nifti and Nrrd

Signed-off-by: Romulo Pinho <romulo.pinho@lyon.unicancer.fr>

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

option to output the distance map in motion mask

midp scripts with mask_type option

- either mm, lungs, or patient for the moment

small correction for BitRateTolerance

Frame rate selection window added for ffmpeg and BitRateTolerance
forced to a non-zero value

LINK_DIRECTORIES(${LIBSTATGRAB}/../lib) and
LINK_DIRECTORIES(${LIBSTATGRAB}/../lib64) added

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

INCLUDE_DIRECTORIES(${LIBSTATGRAB}/../include) added to find statgrab.h
after make install of libstatgrab

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

corrected make install issue for Mac

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Replace tabulations with space in pts_to_landmarks script

--centre added to BLUTDIR call in midP

initial image centralization (BLUT) is optional

- with --centre flag

added initial image centralization to BLUTDIR

small bug when opening .mat files in VV

replaced deprecated clitk tools in midP creation

added support to new vector type arithmetics

added support to new vector pixel types

correction in QVTK dependency

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

corrected error when opening 4D VFs

new vector cast filter

- contrary to ITK's equivalent, supports fields with different number components per pixel

Revert "corrected error when opening 4D vector fields"

This reverts commit 832f2cee39cf5f9c4eab850124dff5c96ea0b15c.

corrected error when opening 4D vector fields

itk4 compatibility

Removed typename outside template which prevents MSVC compilation

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Add vtkQVTK to VTK_LIBRARIES for old VTK.

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added support to vector field arithmetics

Use real image center as default rotation center

Gui bug fix: x and z val were inverted

clitkSetBackground accepts vector fields

new SetBackground filter

- Accepts inputs and masks with different origins/spacings/dimensions. Only matching pixels are then processed. Non-mathcing pixels are directly copied from the input to the output.
- Inhreits from new filter: itk::FlexibleBinaryFunctorImageFilter

Added --help option for vv

Keep displayed angles in [-360,360] instead of [-180,180]

Removed typename outside template which prevents MSVC compilation

ITK v4 compatibility

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

itk4 compatibility

Removed unnecessary includes and dependencies

Put back and refactored manual rigid registration

Change font of matrix to typewriter type

Really hide input selector

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
common/clitkCoeffsToDVF.h
tools/clitkCoeffsToDVF.cxx

This is a combination of 3 commits.
new filter to convert from BLUT coeffs to DVF

- refactoring of clitkConvertBSplineDeformableTransformToVFGenericFilter

corrections in last commit

removal of redundant coeffs to dvf tool

- updates in original coeffs to dvf tool
+ new clitk class/filter
- related toos use the new clitk filter

BUG wrong tool name added to TOOLS_INSTALL

- clitkAffineTransform and clitkImageMoment were not added to
  TOOLS_INSTALL. clitkDicom2Image was added multiple time instead.

Modified the string output of 4x4 matrix, now public for use in other
parts of the code

Remove warning for rtplan 2 gate tool

small WRAP_GGO issue fixed

clitkDicomRTPlan2Gate tool added

Convert coeffs to VF with itk bspline

- conversion with BLUT has bugs (grid appears in VF's jacobian with anisotropic spacing)
- disabled 4D convertion (spatio temporal)
- conversion with BLUT still possible (type = 1, not default)
- input coefficient image is always in BLUT style
- input is converted to is converted to ITK style (one image per component) if type = 0

Fixed cmake version problem

Missing typenames, MSVC is less strict than gcc on that

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fixed MSVC issues

Fixed issue when the package is called from another directory

Correct bug when opening non 3D vector field

- vvImageReader was opening vector field of nD vectors with the itk 3D
  reader. Now we open the vector field with the appropriate itk reader
  and then convert it to 3D vectors which are the only one supported by
  vv.

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

remove tools (now in tests_dav)

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

 remove clitkExtractLymphStations

 add clitkExtractLymphStations

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Moved from repository clitk to clitk.private/deprecated

correct fuzzyMapOnlyFlag

Previous warning fix introduced a bug. Fixed

remove tools (now in tests_dav)

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Add ROI tab

First version of new ROI tool (the goal is to put it into the main tab and allow dcm-rt-struct to be loaded)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Update CMakeLists after moving tools to deprecated

Moved from repository clitk to clitk.private/deprecated

Stop rebuilding vv.o everytime cmake is executed. Only do it when
vv/CMakeLists.txt is newer than vvToolsList.h

fusion and image colormaps are now equivalent

- changed value range to (1, 1)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

corrected bug in fusion opacity with double values