Do pad before connecting components

There were some f***** differences between clitk2 and clitk3 in the BLUT. Tried to take clitk2 version which is more recent according to cvs. They don't look big but they have an effect. Please check!

Removed unrequired library linking

a hopefully better option parser for vv

Try to adapt the filter to Jef's clitk2 solution.

support for the precise flexmap

Implemented like option, only the origin is missing

Do not propose an option that you have removed!

add thread verbose

take image start index into account

change ROIFilter to extractImageFilter

update buffered region

Add float input to extract bones

extract trachea skeleton

Added image info and meta-info

Hard code iamge information for Synergy since it's the only known source of his image (so far).

add smooth option to extract bones

Account for window/level of fusion image

Add dicom RT dose to list of IO factories handled by clitk

Converted plastimatch dicom RT dose reader in ITK IO format.

improvements to the Dicom struct handling code, including better computation of extruding
depth based on actual contour spacing and not image spacing

correct ggo (no upper case)

add SCAN files

minor fixes

new gengetopt versions don't seem to like capital letters

Removed writing of temp file

Removed Jef's tmp files

Formatting + hack for the empire challenge: remove lungs from air thresholding when computing air feature image.

Rolled back to version without smart pointers for vtkImageData.

Commented out hard coded temp file

Removed memory leak

Rolled back to version 1.7 because it was crashing with transforms. I couldn't figure out a better solution.

Wrong naming of the ggo libraries.

workaround for bug in itk/gdcmDict.h : gdcm headers seem to need to be included
before the itk ones, otherwise there is a conflict between stdint.h and itkIntTypes.h

workaround for bug in itk/gdcmDict.h : gdcm headers seem to need to be included
before the itk ones, otherwise there is a conflict between stdint.h and itkIntTypes.h

with options for selecting outputs

 with matrix arg option

Functionality to Delete Last Image

Functionality to delete last image

derived from ImageToImageGenericFilter for integrating it into vv

Derived from ImageToImageGenericFilter for integrating into vv

used vtkSmartPointer

use of another vtkSmartPointer

Added metric presets, interp GUIs

Added Presets, GUI for metric, interp, etc.for AutoReg.

added presets and GUI's for AutoReg

used vtksmartpointer for vtkimagedata

updated AutoRegister Overlay

AutoRegister output overlayed

apparently this was too ambitious as well :-/

fix previous commit, sorry

attempt to fix some leaks. Note that vv still leaks: memory is never given back to the OS when an image is closed

a few improvements to the struct library, flush for better debug with DD,
  and fix warning in plastimatch tool

Removed ggo template for affine registration

reads from a config file and performs the registration

Setoverlay function modified

Config File for AffineRegistration Filter

corrected some ReadFile functionality

fix string comparison

Added AutoRegister..........

remove unwanted struct

Modified to use SetNextOutput function.

fix dependency problems

fix composition order bug; add panel position. Panel position settings are still widely untested

bugfix: can't assume clitkImageArithm has two inputs

cleanup

minor changes

clean binarize up in order to use it as a template

cosmetic

Seg Fault dealth with

resolve registration dependencies for VeVe!

resolve registration dependencies for vv

*** empty log message ***

*** empty log message ***

fix duplicate wrap_ggo

oops!

vv now builds even with all options turned off

move the last files to tools

remove the old filters directory

improvements to the build process:

* vv should build whether or CLITK_BUILD_TOOLS is activated
* _ggo.c files used by vv are put into a lib by directory
* big generic filters are compiled into a lib per generic filter, to avoid recompilation

Adapted ggo include dir to new structure

fix instantiation problem

fix vtk mesh opening

Used GetInput method for reading input images

minor changes

Include directories: segmentation and registration

add

*** empty log message ***

*** empty log message ***

filterbase initialization

small GUI update

add extract patient tool

cosmetic

cosmetic

add set filter base

check upper/lower threshold validity

change 'Package' to 'package' (do not compile on certain gengetopt)

update folder

*** empty log message ***

*** empty log message ***