Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Add CMake entry to compile clitkMaskLandmarks

Remove manual RPATH settings

- RPATH are set in the main CMakeLists.txt by this line:
SET(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)

Add a nightly option to allow install of both vv and vv-nightly

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Add -no-glib to qt flags

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Rolled back to middle slice on first load

Rolled back default tab to images

Add a way to deactivate libstatgrab when installed.

Revert "new tool: clitkDicomRTDose2Image"

This reverts commit 9c1d9afdf7f7f89aecc989b0a159d22a3745cfe2.

corrected RTDOSE I/O with GDCM 2.x

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updated experimental fusion sequence visualization mode to enable temporal linking

new tool: clitkDicomRTDose2Image

- takes into account the scale factor not used by clitkDicom2Image

Patch ggo doc

Patch ggo doc

Add svl to supported image types

New tool to keep points in a mask

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Conflict GDCM / private feature

- Unregister GDCM and register it after clitk readers so it's called
after private features

Add setRadius option

In SliceBySliceSetBackgroundFromLineSeparation add keepIfEqual option

Remove debug message

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Portability issue: two files had the same names except for the case

allows negative values in VV's image/scalar arithm tool

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clitkDicomRTStruct2Image: small correction in help message

clitkDicomRTStruct2Image: new features

- support conversion given ROI name or substring

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addition of verbose messages

removing debug messages

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fixed root cmake lookup

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vvSlicer.cxx

Changes rounding to nearest slice with a comment to explain that the
slice might never be visible (bug #1883).

Rolled back to previous rounding to reslice overlay/fusion.

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VectorArithm: make Norm(0) = 0

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support different series in a single dicom folder in Dicom2Image

added clitkVectorArithm tool (correction in commit)

    - removed all vector support from clitkImageArithm

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added clitkVectorArithm tool

- removed all vector support from clitkImageArithm

Cosmetic (display station name)

Correct bug to compute 2NotIn1

Add option for newStep

Add findAndReplace

Fixes for bug #1883

Fix for bug 1882

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correct bugs related to new window/level option

- also refactored to avoid similar problems in the future

added tool to interpolate VFs

- support for float/double;Dim=3;Comp=3; vectors only

added window/level preset for head/brain

- same as Focal

Add nb of pixels in A and not in B (and reverse)

In CropImageAlong, correct small bug

Add verbose options

Add verbose optinos

Crop label image like input before stat

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circumventing apparent bug in BSplineTransform of ITK 4.x

- SetCoefficientImages doesn't seem to take all images of fields of the flat vector image
- Created the flat parameters-image myself and used SetParameters() instead

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vvMainWindow.cxx
vv/vvMainWindow.h

improved behavior when closing an image related to a fusion sequence (not fully finished)

Fix for bug #1881

Add K1 accessors

itk4.3 compatibility

- Use Update instead of StartRegistration

itk4.3 compatibility

- itkCompose3DVectorImageFilter is now itkComposeImageFilter

Remove itkAnalyzeImageIO

- itkAnalyzeImageIO was used to force identity matrix when reading
analyze images. itk now uses another reader that does not apply fancy
matrix when reading analyze file, previous code is not needed anymore.

Compatibility

Add border flag to auto crop

Display k1 and set k1 to relPosFilter

Add ushort pixel type

Add line break after display

Add warning

Add short type

Improve code clarity (hopefully)

Add another operation -ln(I/IO)

Remove comments

fixed the TSliders issues for FusionSequence, and prepared ground for temporal synchronization, which still needs to be implemented...

continued the fusion sequence visualization mode

trying to improve display and window behavior
and preparing ground for temporal synchronization
seems broken however... as loading an image causes a crash...

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Added GoToLandmark functionality

- like GoToCursor, but when we double-click a landmark in the landmark panel's table

add "Remove All" landmarks

(more) robust handling of landmarks in time-sequences

- --landmarks [--sequence] cmd line option (including help message!)
- landmark display follows time-frame
- landmark addition/removal also matches time-frame

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

added --landmarks to vv's help message

- we can generate a new release now...

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

added new cmd line option: --landmarks

- guess what it does...

added support to new landmark-file type

- .pts from Jef's studies

improved the FusionSequence visualization mode, by linking to the 2nd sequence (US).

todo: the positions of horizontal sliders are not properly updated, but the display is OK.
Still the display bug for the fused US image...

1/ some minor changes for compilation under windows / VC++ 2010 Express

2/ 1st prototype version of the sequence fusion visualization mode (not so clean, but it works)

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SliceBySlice filter for uchar

Try to precompile segmentation filter with uchar (faster compil)

Remove check on image information when loading merged image with time
from GUI to be consistent with command line. Since we are reslicing
anyway, there is no need to have similar info anymore.

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added ImagX file format from RTK