Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

gradient magnitude tool

Refactor cluster_tools CMakeLists

- Remove add_subdiretory in tools/CMakeLists.txt
- Add add_subdiretory in CMakeLists.txt
- Add test to install cluster_tools if CLITK_BUILD_TOOLS is ON

Removed warning introcued by commit 19f3573f7b12d29bb33c80311ee1e8ff7bcb01f3

Add mha in uncertainty files and error message if unhandled file format

Allow for uncertainties which name does not start with output

Remove warning with .mha files

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Improved Elastix conversion

revert the local CLITK_USE_SYSTEM_GDCM path - not wanted to commit it

Median Filter + some bug corrections in Resample Image Filter

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Use IsNormal instead of std::isnormal (C++11)

std::isnormal is a C++11 function not available in VS 2012
use IsNormal defined in clitkPortability instead

Revert "Remove C++11 call to isnormal"

This reverts commit a845c6a04ecfeedc8eced5f4051e06ee88c59e90.

Remove C++11 call to isnormal

- std::isnormal is not available under windows VS12. Implement it using
numeric_limits functions

Remove build clitk options in superbuild, add gdcm 2.2.4.

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Remove warning on mac (vtk)

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Superbuild : Change version gdcm - 2.2.4, itk 4.4.0 and add make install to VV.

Add cluster_tool scripts in install

First version of gate_make_merge_release (for gatelab)

Add clitkImageUncertainty (for gate dose uncertainty)

Moved from repository clitk.private to tools

uncertainty=100% when no dose in voxel (as in Gate)

compatibility with the newest gengetopt

- make compatible with new signal folder - add common.cmake (to generate ggo files)

tests_dav

Add computation of statistical uncertainty

indent

Add tool_install for clitkMergeRootFiles & clitkMergeAsciiDoseActor

Add clitkMergeRootFiles

Moved from repository clitk.private to tools

merger works when files are ordered

switched to gjm merger for pet

copied gatemergemanager from gate-creatis

mv file

remove files

Moved from repository clitk.private to tools

pet merger seams to work

merger works when files are ordered

switched to gjm merger for pet

more root merger

variable name set

pet output detection

fixed clitkMergeRootFiles build

TVirtualPlugin fix for non x system

- merger for gate

Add clitkMergeAsciiDoseActor

Moved from repository clitk.private to tools

- merger for gate

Fix compile issue (add include <iterator>)

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Add to superbuild gdcm and  option clitk registration, segmentation and tools.

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Tool to inverse a matrix

Move matrix to string conversion to common library

Add to VV superbuild gdcm option.

Allow reading .elx file for rigid transformations, i.e. the result of
Elastix' registration.

Used euler3DTransform instead of CenteredEulerTransform. Similar result
but more consistent with Elastix.

Add define to avoir vtk warning on mac

Add define to avoid vtk warning on mac

Go from matrix to elastix file

When resampling, keeping the same origin seems wrong because the origin
is not the corner of the image but the center of the first pixel

Moved Elastix stuff to a separate file

Support for mha

Add clitkDice tool

Set clitkDice tool into public repo

Updated dice tool

Compatibility

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Updated version with new itk filter

Remove itk filter which is now inside itk

Add missing clitkElastixTransformToMatrix

Add missing clitkElastixTransformToMatrix

First version to submit jobs on a single multithread machine (if no qsub command exist)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Change the default fgate name to gate

Add needed merger for stat file (python)

set bc scale by default to 30 decimals in mergeDosePerEnergy

Update README.md

Create README.md

Add tool to convert Elastix param into matrix file

Rolled back to Pierre's version of stat merger

merge details

added hdr image to power_merge

merging

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

new script for merging dose per energy files

added DosePerEnergy merger and modified filename for mergeStats

Made .mat reading robust to non matrix files (e.g., Gate material files)

Corrected cluster job to move current output before deleting the rest of
the macro files

Seeds are now given in mm (not in pixels ; bug)

Add option to display series and filename

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Added trap as suggested by Fabrice

Force 1 thread only

Modified to use .bashrc settings as default