Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Bug in clitkMedianTemporalDimension

- median taken was one position before or after the real median. results were actually unpredictable...
- also optimized the code a bit...

Limit uniformity test to first 3 dimensions (usually the spatial ones)
    to avoid problems when spacing was randomly assigned in 4th
    dimension

Allow unlinking of window/level of overlay, enable ctrl+w for local
windowing of fusion and overlay image

Added compression option to clitkImageConvert

[BUG] clitkImageInfo wasn't installed

- Replace clitkDicom2Image by clitkImageInfo CMakeLists

clitkTransformLandmarks

- can now transform using a matrix (file) and/or spacing (cmd line)

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itkv4 migration: Rename DifferenceImageFilter to ComparisonImageFilter

itkv4 migration: Rename itkBSplineDeformableTransform to itkBSplineTransform

bug in create_mid_masks-2.0.sh

- "source ./variables" was in the wrong place

registration script more robust to parallelization

- elastix's parameter file is now created with a suffix

more name conflicts

resolving script name conflicts

new midP related scripts

- they are also installed when make-installing

solved locale related bug

- problem appeared when opening dicom files in a "French" machine

renaming filetest name

test for binarizeImage FG, lower 0.1556

test --mode BG for binarizeImage

tmpnam_s for windows

definition of test_Tool_Path

remove toolsTest using google framework

remove vvTests because of google framework...

removing warnings: unused variable, tmpnam

Add RemoveTag

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Add SliceBySliceSetBackgroundFromPoints, GetMinMaxBoundary, FillRegionWithValue

Change 3 by ImageDimension

obsolete since the user manually update his repo

The data repository must be cloned and pulled by the user

corrections for RPATH in clitk's make install

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small changes in scripts

make install clitk (only what was built)

nightly start time is only needed when scripting.
No reasons to let it here

replaces round by itk:Math:Round (because round not found in Msvc2008)
replaces uint by clitk::uint because uint not available in windows
replaces typename outside template declaration (msvc compilation error)

create_mhd_4D

- avoid recusrive directory searches
+ find -maxdepth 1 ...

compilation of clitkPadImage

clitkExtractPatient's memory use...

...has been improved by releasing intermediate image data
- special cases may still use a lot of memory, but this is an ITK issue

fine tuning clitkPadImage

corrections in padding tool

add final opening

Add initial step: select BB supports.

Add clitkAnd, SliceBySliceSetBackgroundFromSingleLine, FillRegionWithValue

Add clitkAnd, SliceBySliceSetBackgroundFromSingleLine, FillRegionWithValue

Add post limits with VertebralBody and ant limits with Sternum.

add final opening

add final opening

Add final open

Add initialisation to avoid warning

Change default (bug): CCLSelection is off by default (we do not consider a single Connected Component Label in the object)

Correct bug: when crop is only performed along a single direction.

add initialisation to avoid warning

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Conflicts:
tests/tools/CMakeLists.txt

tests for clitkGet*

update of TOOLS_PATH in tests

tests for getSpacing and getInfo

getSpacing

Added FindGengetopt.cmake which compiles gengetopt if not installed.
Also upgraded cmake version required to 2.8 because was solving issues
regarding ADD_DEFINITION with quoted strings

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Padding tool

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optional opening after 1st step in ExtractPatient

- controlled by the radius given on the cmd line

macro for SET_IF_NOT_SET

Allow submit to other dashboard than vv's dashboard

clitkImageInfo tests

obsolete dartConfig file

renaming clitk_data_path in clitk_test_data_path
"factorizing" git repo in CTestConfig

publishing to vv's dashboard

testing with a simple executable

fetch data pull or clone

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scripts to pull data
todo : pull instead of clone if it already exists

Modification for nightly builds

Added mha next to mhd (similar but in one file)

Minor gui text corrections

transform_grid  option was not working for flips

Fix for bug Bug #670: closing and opening do the same as successive
erosion/dilation

Removed call to UpdateOrientation in SetFusion and SetOverlay to avoid
changing slice when reloading.

No need for typename outside template declarations (compiling error on
        msvc++)

Allowed arithmetic operations between 2 inputs even if they don't have the same spacing.

Added HaveSameSize

Portability issue

Added --transform_grid which uses input->GetDirection
(output->GetDirection is identity) and transform matrix
to determine the output grid.

Inverse transform matrix to be consistent witk ITK (see longer comment in vvImageReader.cxx)

Account for itk origin when using itk direction to build vv transform

Added ExtractBonesLower2 and FillingLevel options

Copy pasted common.sh code

simple tool to create an image with a sphere

- still to be improved

jacobian image filter

- calculate the jacobian of a vector field

moved $CLITK3/vv/scripts to $CLITK3/scripts

- added create_midP_masks.sh

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

use of find_xxx to find googleframework and data paths

Missing include

uint is not a type

Fix for bug #274: move ExtractSlices definition in .h

Oups, wrong exception message

Resample is not robust to i/o spacings with different signs => launch
exception

The order of the libraries seemed to cause problem. Changed it...