Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix for default parameter (with Simon)

Correct 'else'

Correct DDS

Protect the FATAL macro

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix for parameters passed to Gate

Modified --dvhistogram option.

Correct display of label number even if image of char

Small change in error message.

Remove clitkDVH tool and add --dvhistogram option to clitkImageStatistics.

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

STYLE: Move CMake commands to match new conventions

The next step in removing end-of-lines is to run through all the
CMakeLists.txt files and clean them up.

This also changes all the key words to lower
case. The primary reason for changing key words is that all documentation for
CMakeLists.txt now shows the key words as lower case. Even the printed
“Mastering CMake v5” uses lower case. I’ve come across this several
times in my class where students stumble over the fact that the
documentation about Cmake does not match the implementation in ITK.

I have a script (a wrapper around a vim macro) written that can make
these substituions reliably (Tested on the BRAINS tree, the Slicer3
tree, and the ITK tree without causing any errors).  more complete
documentaiton can be found attached to

COMP: First Mac 10.9 build fixes.

This patch probably includes a few items that are
not strictly necessary, but during the fumbling
around to find a working solution, these
were the identified failures.

Updating VTK and ITK were key components to
make this process work.

COMP: Update ITK and VTK

ITK and VTK updates allow building with c++11 on
mavericks with the latest apple clang compiler.

COMP: C++11 identified type missmatches

rtkHisImageIO.cxx:149:53: error: constant
expression evaluates to 134 which cannot be narrowed to type 'char'
[-Wc++11-narrowing]

Agata - why did you delete these tools ?

First version of new tool clitkDVH - possibility to compute dose volume histogram %/cc/voxels.

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Fix clitkMergeRootFiles, proper but nonobvious init for TFileMerger was missing.

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for compatibility reasons I deleted the case insensitive search in OSX

Allow to correct for dicom with negative spacing (dcm to mhd)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Do not remove afs files and job log files at the end of the submission,
   only the other files

Fix merge with the copy of mac folder and copy the mac folder in the
results directory

Enabled cluster script for CC IN2P3 (based on Pierre's dev)

Fixed displayed slice number. Now 0-based and accurate...

Enable clitk IO

Fix for one slice only

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clitkPointRigidRegistration comment unnecessary header file

Replace "itk::NumericTraits<PixelType>::Zero" with explicit initialisation (for macos)

Now calculate FRE

Moved back accidentally deleted tools

Removing polish comments

First version of PointRigidRegistration

Add explicit origin when resample

Take input/output spacing for origin

Do not remove G4 data files

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

new tool = gaussian blur filtering + improved gradient magnitude tool + added help to clitkImageLaplacian

Back to the correct version... I think I am right...

Trailing spaces

Add dcm extension

Add display matrix option

Remove warning sprintf

Copy macro files for log

Now work for single thread simulation

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Back to the correct version... Benoit you will be hanged !

new tool to normalize an image

Detect ITK_USE_SYSTEM_GDCM with target

Remove setmode definition since it was not used and it prevents
compilation on MacOS

Fixed issues with --like option

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Updated help of vv command line

Robust detection of GDCM compilation by ITK: made it robust to ITK installation

inverted IO reader order to solve a bug with vox files

deleted an extra space in order to be able to grep the results of clitkImageInfo

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

new tool to normalize image intensity

When clicking on the all button, also propagate fusion and overlay W/L

Added missing init for IO factories

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Tool to multiply 4x4 matrices

Option to save VV transform (mhd + .mat) in the new mhd

Merge several run results in one

Allow symbolic links

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

added the possibility to compute the Laplacian of Gaussian (LoG) of an image

Remove itkSetMacro

In debug this Macro need the operator << (std::cout) which is not
defined for std::vector. Could be an idea to add a
clitkSetMacroWithoutDebug.

There is a discussion about this on the ITK developper ML :
http://www.itk.org/pipermail/insight-developers/2011-April/018174.html
But with no conclusion ...

Remove useless include and trailing whitespaces

Do not compile clitkDice with ITK < 4

clitkDice needs an itkLabelOverlapMeasuresImageFilter.h that was present
in clitk but has been removed (by David Sarrut !!) in
f4854864b1e9dacf51ffee720eeb4c72edb59e4f
The class is now part of ITK > 4.

new tool to compute the laplacian of an image

deleted an extra quote

added an optional mask + the possibility to get a normalized output image

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

gradient magnitude tool

Refactor cluster_tools CMakeLists

- Remove add_subdiretory in tools/CMakeLists.txt
- Add add_subdiretory in CMakeLists.txt
- Add test to install cluster_tools if CLITK_BUILD_TOOLS is ON

Removed warning introcued by commit 19f3573f7b12d29bb33c80311ee1e8ff7bcb01f3

Add mha in uncertainty files and error message if unhandled file format

Allow for uncertainties which name does not start with output

Remove warning with .mha files

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Improved Elastix conversion

revert the local CLITK_USE_SYSTEM_GDCM path - not wanted to commit it

Median Filter + some bug corrections in Resample Image Filter

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Use IsNormal instead of std::isnormal (C++11)

std::isnormal is a C++11 function not available in VS 2012
use IsNormal defined in clitkPortability instead

Revert "Remove C++11 call to isnormal"

This reverts commit a845c6a04ecfeedc8eced5f4051e06ee88c59e90.

Remove C++11 call to isnormal

- std::isnormal is not available under windows VS12. Implement it using
numeric_limits functions

Remove build clitk options in superbuild, add gdcm 2.2.4.

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Remove warning on mac (vtk)

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Superbuild : Change version gdcm - 2.2.4, itk 4.4.0 and add make install to VV.

Add cluster_tool scripts in install

First version of gate_make_merge_release (for gatelab)