Update web pages

Add PatchHeader

// ------------------------------------------------------------------------
// gdcm mechanisms don't allow user to read an image
// whose header contains wrong physical info (say : wrong Row Number ...)
// and re-write with a right value.
// This program does the job by brutally overwritting the wrong values.
// It may be usefull to save a set of images ...
// (It dosn't allow to *add* a missing field)
// ------------------------------------------------------------------------

   "\n PatchHeader :\n                                                        ",
   " Allows aware user to patch an image header, without loading image.       ",
   "         Warning : the image(s) is/are overwritten                        ",
   "                   to preserve image(s) integrity, use a copy.            ",
   "         WARNING : *NO CHECK* is performed on the new values.             ",
   "                   Use only if you are sure the original values are wrong ",
   "                   *and* your values are right...                         ",
   "usage: PatchHeader {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}        ",
   "               [ { [size=] | [rows=][columns=] } ] [planes=]              ",
   "               [bitsallocated=] [bitsstored=]                             ",
   "               [highbit=] [samplesperpixel=]                              ",
   "               [pixelrepresentation=] [samplesperpixel=]                  ",
   "               [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]          ",
   "                                                                          ",
   "       inputFileName : Name of the (single) file user wants to modify     ",
   "       inputDirectoryName : user wants to modify *all* the files          ",
   "                            within the directory                          ",
   "       size            : new (square) size, to owerwrite old (wrong) one  ",
   "         or                                                               ",
   "       rows            : new Rows number,    to owerwrite old (wrong) one ",
   "       columns         : new Columns number, to owerwrite old (wrong) one ",
   "       planes          : new Planes number,  ...                          ",
   "       bitsallocated   : new Bits Allocated number,  ...                  ",
   "       bitsstored      : new Bits Stored number,  ...                     ",
   "       highbit         : new High Bit number,  ...                        ",
   "       samplesperpixel : new Samples Per Pixel, ...                       ",
   "       pixelrepresentation : new Pixel Representation, ...                ",
   "                                                                          ",
   "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
   "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
   "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
   "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",

PrintFile can now print *all* the file within a given directory.
(usefull to grep the result, when looking for an oddity)

modif in DocEntry::Print() method (for 'long' values)

Bug fix in command line argument manager

ENH: Remove some complain from bcc32

Update ChangeLog

Now Print displays the BinEntry Content (if it's printable, and loaded)
Usefull for a lot od Implicit VR 'Bin'Entry (if we knew there VR, they wouldn't
be Bin ...)
Appreciate the difference having a look at PrintFile result for
gdcmData/SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq0.dcm.

Add methods to check the 'printability' of a bin area

According to Mathieu's suggestion, Print now display FL BinEntries in a human
readable form

According to Mathieu's suggestion, *all* the elements 0x000
are now named 'Group Length' (even if they belong to a Shadow Group')

ENH: Adding Group Length

ENH: Adding group length and the e0* dicom tags

Remove printf
:-(

Removal of QD patch for Private Sequence + Immplicit VR.
Add a clean solution (Backtracking if an Item Starter is found
    out of any SQItem)

COMP: Fix compilation for VS6

ENH: Ok if there is one more time a Warning(504): Function gdcm::GDCM_LEGACY must have a return type...

ENH: Adding proper dependencies so that gdcm rebuild when needed

ENH: Adding some more tag from Philips Intera Achieva DICOM conformance doc

ENH: Update dict to make Peter's image more readable

To avoid spuroius warning messages when debug is ON

Improve 'Print' methods

 Brutal patch, waiting till we find a clever way to guess
       if a doc entry is a Sequence,
        - when it's odd number
  - and the file is Implicit VR Transfert Syntax

It solves temporarily some Philips Medical Systems image problems

COMP: Fix compilation with SWIG, GDCM_LEGACY* options do not affect SWIG generated interface

Save a *few* microseconds at run time : inline method Util::GetVersion()
;-)

COMP: Remove problem with static being define in a common header file

Temporarlily ask not to swig for Python SetUserFunction and SetCoherentFileList

Replace
   void SetLoadMode (int mode)
by
   vtkSetMacro(LoadMode, int);
   vtkGetMacro(LoadMode, int);
   vtkBooleanMacro(LoadMode, int);
to be vtk compilant

Replace
void SetCheckFileCoherenceLight();
by
vtkSetMacro(AllowLightChecking, int);
vtkGetMacro(AllowLightChecking, int);
vtkBooleanMacro(AllowLightChecking, int);
to be vtk compliant

Comments

update usage

gdcm::File::File() and gdcm::DicomDir::DicomDir() are no longer ignored

Update CMakeLists.txt

Remove exBuildUpDicomDir.cxx (TestBuildUpDicomDir.cxx already in Testing)

Comment

Remove useless exAnonymize.cxx (use Anonymize.cxx)

Remove useless exAnonymizeNoLoad (use AnonymizeNoload)

Update usage

Use new style for File constructor

Use new style for DicomDir constructor

Update web pages

COMP: Ok quickly fix comp problem on golgot with -pain in the neck- gcc 4.x

Use new style FileHelper contructor

FileHelper::Initialize() doesn't call GrabInformationFromFile(),
in order not to do the job twice when using new style FileHelper Constructor.

ENH: Provide a GetVersion function, apparently need for python

ENH: Tons of cleanup

ENH: Ok serioulsy nobody was updating this file - removed

ENH: Should fix installation of gdcm

Some never comitted before comments.

Initialize UserFunction pointer to 0, even for 'deprecated' form of constructor.

COMP: Fix compilation on gcc4

COMP: Get rid of: Function gdcm::GDCM_LEGACY must have a return type.

vtkgdcmSerieViewer shows an example for using user supplied function.
(it uses now the Argument Manager)
    vtkgdcmSerieViewer :
   Display a Serie within a Directory
   You can navigate through the stack by hitting any character key.
   usage: vtkgdcmSerieViewer filein=fileName [noshadowseq][noshadow][noseq]
                             [reverse] [{[mirror]|[topdown]|[rotate]}]
                             [check][debug]

vtkGdcmReader takes into account the user supplied function to reorder the
pixels

  User is now allowed to pass a Pointer to a function of his own
      to allow modification of pixel order (i.e. : Mirror, TopDown, )
      to gdcm::FileHeleper, using SetUserFunction(userSuppliedFunction)

      described as : void userSuppliedFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f);

      NB : the "uint8_t *" type of first param is just for prototyping.
        User will Cast it according what he founds with f->GetPixelType()
        See ctkgdcmSerieViewer for an example

ArgMgrDefined now returns a bool

Comments

Fix comments

Add SerieHelper::IsCoherent() method to allow checking that the files with same
Serie UID have the same sizes and pixel type.

COMP: Fix compilation on gcc296

Allow checking reverse order file sorting

Typo

User may now use
   SetSortOrderToDirect() or SetSortOrderToReverse()
to choose the ways the File* will be sorted.

ENH: If address is hexadecimal, also take into account a-f

BUG: Put back deprecated code since it makes the test pass. I believe the new approach is not working since the call are slightyl different wether you create a FileHelper with a filename or create a FileHelper and then set the filename it breaks everything...

COMP: Remove call to deprecated method

COMP: Fix compilation on Win32. All symbols MUST be resolved

BUG: Set proper cmake command. Thanks to Aris -again-

ENH: Install jasper and jpegls. Thanks to Aris Basic for report

BUG: Need to install the cmake files too otherwise third party library cannot use the full potential of gdcm

ENH: cvs access is NOT deprecated

COMP: Fix compilation sqrt need prototype

ENH: Minor tweek

ENH: Moving Orientation stuff into its own class. gdcm::File is already too complicated...

COMP: Try to get read of the float issues

COMP: Too bad gcc3.3 on APPLE does not supported deprecated attribute on ctor... This is fixed with g++4.0 (Tiger)

COMP: OK pow and powf are just to much pain for a simple square. Rewrote the code. Also trying to rewrote some 1st year student code...

COMP: Remove deprecated calls

COMP: Remove warning about unused var /type/

COMP: Fix some more deprecated forward

COMP: Remove deprecated call from cascade deprecated functions...

BUG: Fix ProductVectorial. Big thanks to Sean McInerney for very accurate review of CVS code!

COMP: Apparently bcc5.5 and bcc6 do not provide powf. Replacing by its double colleague. Thanks to Luca and Sean for report and patch (respectively).

COMP: Fix compilation

LEGACY warnings hunting

==> Add File::TypeOrientation( ) method
/**
 * \brief  THERALYS' Algorithm to determine the most similar basic orientation
   (Axial, Coronal, Sagital) of the image
 * \note Should be run on the first gdcm::File of a 'coherent' Serie
 * @return orientation code
 *   #   0 :   Not Applicable (neither 0020,0037 Image Orientation Patient
 *   #                         nor     0020,0032Image Position     found )
 *   #   1 :   Axial
 *   #  -1 :   Axial invert
 *   #   2 :   Coronal
 *   #  -2 :   Coronal invert
 *   #   3 :   Sagital
 *   #  -3 :   Sagital invert
 *   #   4 :   Heart Axial
 *   #  -4 :   Heart Axial invert
 *   #   5 :   Heart Coronal
 *   #  -5 :   Heart Coronal invert
 *   #   6 :   Heart Sagital
 *   #  -6 :   Heart Sagital invert
 */

==>  File::GetImageOrientationPatient returns now a bool (no longer a void)
     to allow user to check the 'not applicable case'.

Updtae ChangeLog

Doxygenation

LEGACY purpose

Extend 'Restriction' syntax :
void SerieHelper::AddRestriction(uint16_t group, uint16_t elem,
                                 std::string const &value, int op)
op belongs to :

/// \brief comparaison operators
enum CompOperators {
   GDCM_EQUAL = 0,
   GDCM_DIFFERENT,
   GDCM_GREATER,
   GDCM_GREATEROREQUAL,
   GDCM_LESS,
   GDCM_LESSOREQUAL
};

Unify user interface

Add an example of use for SerieHelper

Remove LEGACY warnings

Use GDCM_LEGACY for DicomDir, as well

Fix mistyping

Warn user when something wrong happens

AnonymizeNoLoad user can now ask for anonymization of 'BinEntries'
(e.g. Private entries when the TS is Implict VR)
AnonymizeNoLoad filein=... rubout=0x0009-0x0001,0x0013-0x1100

Thx to Luca Picello for reporting pb and supplying data to fix the bug.

We can now anonymize 'BinEntries' as well

Add ArgMgrGetXInt16Enum to decode from the command line pairs of unsigned int
16, written in hexadecimal.
(usefull to allow terminal user to pass the (private) elements he wants to
anonymize)