Merge remote-tracking branch 'origin/changestoITK3and4' into vtk7itk4wx3

#3123creaImageIO Bug New Normal  -  branch changestoITK3and4

#3123creaImageIO Bug New Normal  -  branch changestoITK3and4

Merge branch 'master' into changestoITK3and4

#3111 creaImageIO Bug New Normal  -  branch vtk7itk4 compilation with vtk7

#3102 creaImageIO Feature New Normal  -  Code style

#3048 creaImageIO Bug New Normal  -  Fedora 26 gcc 6 conflict with std::cout / std:endl

#2854 creaImageIO Feature New Normal creaImageIO  -  WxSimpleDlg add infoImageSource , modification of infoImages parameter

#2842 creaImageIO Bug New Normal  -  Read images from directory

#2854 creaImageIO Feature New Normal  -  creaImageIOWxSimpleDlg add infoImageSource , modification of infoImages parameter

#2842 creaImageIO Bug New Normal  -  Read images from directory

#2500 creaImageIO Bug New Normal  -  Boost signals deprecated -> signals2 (cleanning warnings)

#2471 creaImageIO Bug New Normal UnMosaic compilation conflict in Windows

#2458 creaImageIO Feature New Normal  -  UnMosaic Images SimpleView Gimick

#2458 creaImageIO Feature New Normal  -  UnMosaic Images SimpleView Gimick

#2451 creaImageIO Bug New Normal  -  not complete the Map with all DicomTags

2414 creaImageIO Bug New Normal ImagesChooserDialog Box return the name of the file

Merge branch 'master' of ssh://git.creatis.insa-lyon.fr/creaImageIO

Added CMake configuration to enable CDash tests.

2188 creaImageIO Feature New Normal ImagesChooserDialog Box return DICOM tags maps

2188 creaImageIO Feature New Normal ImagesChooserDialog Box return DICOM tags maps

2084 creaImageIO Bug New Normal ChooseerDialogBox First button is not working for reading miltiple images 3D

2026 Bug Reading a group of images, Reading a directory with images

2018  Bug  Take out the SQLite(dll lib h) from source and put it in creaThirdPartyLibrary mechanism

2018  Bug Take out the SQLite(dll lib h) from source and put it in creaThirdPartyLibrary mechanism

2018  BUG  Take out the SQLite(dll lib h) from source and put it in creaThirdPartyLibrary mechanism

By Leonardo Florez

Bonjour à tous,

Aujourd'hui je me suis plongé dans la compilation des creaTools avec ITK 4.3 et VTK 5.10. La chose marque plutôt pas mal, mais il m'a fallu introduire des changements dans le code. J'ai fait ces ajouts avec du code "différentiel" (en utilisant le preprocesseur de C++ pour détecter la version d'ITK et donc laisser le code utilisable depuis itk 3 ou itk 4). Je vous joins un "patch" avec les changements (je n'ai pas accès git pour faire un "commit" depuis ici...). Pour appliquer le patch, il faut aller au repertoire avec les sources de creatools (là où il y a un repertoire par projet), copier ici le patch ci-joint et executer la commande: "patch -p1 < patch_creatools". L'explication des changements est:

- Il faut compiler ITK 4 avec l'option "ITK_USE_CONCEPT_CHECKING" en "OFF". La cause c'est le système de "demangling" des pointeurs vers des objets "itk::Image" utilisé dans bbitk, qui est peu trop générique. J'ai une idée pour le faire marcher d'une façon plus propre, mais il me faudrait quelques jours de plus.
- bbtk, bbfy: j'ai rajouté un "tag" xml: verbosePreprocessor. Cela pour permettre au programmeur de jouer avec le preprocesseur (#if et cie.) de C++ et avoir du code "différentiel" (par exemple, pour utiliser des filtres itk 3 qui n'existent plus dans itk 4).
- bbtk, BBTKConfigurePackage_src.cmake: la variable d'environnement LD_LIBRARY_PATH était effacée au moment d'invoquer bbfy, donc bbfy ne marchait plus.
- bbtk, bbitkDICOMSeriesFileNames.xml: le nouveau "tag" xml est utilisé ici (itkDICOMSeriesFileNames n'existe plus dans itk 3, dans itk 4 s'appelle itkGDCMSeriesFileNames).
- crea: CDMUtilities.*: un template n'était pas bien utilisé (une instantiation explicite était nécessaire).
- crea: modelCDMProjectsTreeNode.h: une méthode manquait.
- creaBruker/testBruker2Dicom: les librairies de BOOST doivent être enchaînées en dernier... Magique!
- creaImageIO/TestWxGimmickReaderDialog/CMakeLists.txt: il y manquait l'enchaînement vers les librairies ITK.
- creaImageIO/src/creaImageIOWxAnySimpleDlg.cpp: des classes itk 3 qui n'existent plus dans itk 4.

Voilà! J'espère que ça peut vous être utile.

Amicalement,

Leo

Bug #1963
+ cleanup

Bug #1840
Compilation error due to boost upgrade.

Bug 1805:
modifications for boost filesystem

Bug #1796
Compilation error solved by removing an extra " in xml. (reverse-merged from commit c90d64402d0c6f88c286ba82520e78d9b1313018)

Bug #1796
Compilation error solved by removing an extra " in xml.

Feature #1790
Change of version v1_0_0

Bug #1776 Compilation error (continued)

Bug #1776 Compilation error src/creaImageIOSimpleView.h

fix linux compilation

Feature #1764

- new version
- flip

allow data anonymization

to resolve Lisa-Eduardo issue

bug on spacing

some more unused variables

(some of the) unused variables

warning: passing NULL to non-pointer

reindent

warning: comparison with string literal results in unspecified behaviour

std:string vs std::string

no message

modifications for bbtkItkImageChooserDialogBox

clear files and directory

*** empty log message ***

acces to DICOM infos from GIMMICK

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

add  typename

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

Now it compiles in Linux...

*** empty log message ***

reindent

add missing typename

*** empty log message ***

boxes to read vector of itkImage

no message

bbpackage for creaImageIO + itk

Add Analyze Reader to creaImageIO
Add black box to read analyze files

Fix messages

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

corrections

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

convert Analyze files to vtkImageData

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

correction of minor bugs: quotes and last slice in first place

Select Gimmick -> Select thru Dicom browser

Don't create empty MakeFileLists.txt when NewPackage

'local install' issues

Avoid boost 1.46 troubles

prepare (?) boost 1.46, V3

thread bug correction

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

correction bug Fedora 64 bits

minor bugs correction

correct bug?

Upgrade Doxyfile

*** empty log message ***

Replace deprecated SUBDIRS by ADD_SUBDIRECTORY

Don't include libraries twice.

revert to GDCM as default

change default GDCM to GDCM2

change SUBDIRS (deprecate functionality) to ADD_SUBDIRECTORY