* FIX: src/* fix the doxygen warnings.

update

ENH:
1. Finish merging JMR patch for writting DICOM from scratch
2. Fix -hopefully- bug with MONOCHROME and space vs null character
3. Use const ref when possible
4. Add a new function InitializeDefaultHeader, which create a template DICOM header (CT image for now)
5. A few more comments
6. CreateUniqueUID can now be called without parameter

ENH: Add license to tests since they belong to gdcm

ENH: Add license to examples since they belong to gdcm

ENH: Slightly bigger patch:
1. Getting toward full integration of JMR patch for writting dicom from scratch
2. Update Test to test part of this patch: CreateUniqueUID
3. File was not close properly in gdcmDict
4. Use of typedef is to be prefered when possible (gdcmDict.cxx)
5. Use of const ref instead of copy (speed issue)
6. Remove temporary (duplicate) string in TranslateToKey
7. Mark extremely dangerous code as such (gdcmDocument.cxx and AddEntry fallback case)
8. Do not repeat virtual in subclasses
9. Implemented in gdcm::Util two new function: GetIPAddress, and CreateUniqueUID

update

ENH: Apply first patch toward better string comparison when dealing with broken DICOM file. Essentially the string could be padded with a space instead of a null character as defined by standard

  * src/gdcmDocument.[cxx|h] : fix memory leaks. The return is suppressed
    because never used... and in the same time, that's remove some memory leaks
  -- BeNours

  * src/gdcmFile.cxx : now delete the PixelConvert instance.
  * In examples and tests : change the type of image data variables from void*
    to uint8_t*. Remmove all delete on image data variables
  -- BeNours

BUG: Fix mem leak

STYLE: Remove VTK'ism, gdcm does not prepend vars by this->

BUG: All va_start should be close by a va_end in the same function. Thanks to Dennis Hudr (sina.com) for reporting bug.

BUG: Apply patch proposed by Peter Cech (ITK user), to handle some Philips NTSCAN where some private tag were being flip to Big endian for no reason (the rest of the file is in little endian).

ENH: Commiting 1/2 patch from Jean Michel Rouet, for better DICOM writting support

  * Add comments to explain the problem in the code (concerning my last commit)
  -- BeNours

  * src/gdcmDocument.cxx : Set the file pointer TP to 0 in the constructors.
    Verify the file pointer value before open the file, and if it's not null,
    a verbose message is generated.
    Close correctly the file when the file isn't considered dicom-like. The
    correctly close is a call to CloseFile.
    When closing the file pointer, test if its not null to close the file.
  * src/gdcmPixelConvert.cxx : bug fix for the SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr
    file. For an uncompressed image, the copied datas correspond in the least
    case to the image size (calculated) or the image size specified in the
    header. A verbose is generated if these two size mismatch
  -- BeNours

COMP: Fix comparison between signed and unisgned

BUG: Remaining problem with borland

ENH: Some more borland issues

ENH: gdcm now compiles on borland

  * src/TestAllReadCompareDicom.cxx : test the existence of the directory
    using an 'ifstream' other than a 'FILE *'. The previous solution ('FILE *')
    break under windows (with msvc6 compilation).
  -- BeNours

  * src/gdcmDicomDir.h : bug fix for the last Boix's commit (problem when
    compiling with MSVC6)
   -- BeNours

  * Bugs fix for the Windows build with VC6
  * CMakeLists.txt : bug fix - The include of the VTK lib is made only when it's
    needed (only for projects required VTK). If the VTK is included in all
    projects, there is conflicts with the jpeg lib of vtk when compiling the
    gdcmjpeg[8,12,16] projects. The first conflict is on the jmorecfg.h file.
  * src/gdcmUtil.h : export binary_write methods. Otherwise, there's problems
    when compiling the gdcm_wrap.cxx file (created by the compilation of the
    gdcm.i file)
  * vtk/vtkGdcmDemo.cxx : remove the use of std namespace for the cerr use
    (like it's already made for the cout use). Otherwise, conflict with the
    std::cerr of vtk.
   -- BeNours

  * src/gdcmDicomDit.h the Method typedef is now local to DicomDir class.
  * gdcmPython/gdcm.i:
    - comments on the DicomDir::Method related usage added.
    - now that we use the namespace gdcm, a lot of internal classes do
      NOT need to be wrapped anymore.
  * gdcmPython/demo/DicomDirProgressMethod.py (that uses the above
    DicomDir::Method) new example added.

BUG: Could not read image CT1_RLE.dcm from dclunie baseline. It was working before because high byte was zero. Thanks to JP for patch

ENH: Apply pach suggested by JP. This should handle more jpeg compress images. Also backport patch from ITK

ENH: update version

ENH: Solve problem with Theralys images

ENH: Some more minor fixes, to synchronize ITK and gdcm

ENH: Forgot file for coverage

ENH: Final -hopefully- change to jpeg lib. In order to match ITK structure, and be more cross plateform, reduce code redondency and improve compilation time

ENH: Move the jpeg lib around, to match Insight toolkit structure (more tested)

BUG: Remove a broken image from the MAC baseline

ENH: Do not stop test at first failure, it lower coverage.

BUG: Remove tons of mem leaks. There are still plenty that explains why gdcm is dog slow on system with little mem

BUG: Thankfully VS6 catch it :)

ENH: Improve string manipulation. I now inforce the notion of 'DicomString'
    A DicomString can contain as many \0 as they want
    and it is *always* of even length.
    We only support odd length for very rare case.
    And in the near future this should be removed.

BUG: Remove demangle code this was seg faulting on some linux gcc 3.3.2 machine

ENH: Fixing bug in the dashboard, the code is buggy but I refuse to fix it. There seems to be a /after the last/ line read that broke my else check

ENH: Fix warning about conversion from string constant to

BUG: i was shadowing another var

ENH: Rewrite the test to allow use to use it an image at a time

ENH: /binary_write/ gdcm source. Now even on big endian we are writting little endian. This should -heopfully- fix some tests

BUG: Remaining of the patch

ENH: update about dict compiled into lib

COMP: Fix minor compilation warning on Win32 VS6

ENH: Now the dictionary is compiled into gdcm lib. This is a default behavior, thus any dic file specified is picked before failback to the one comiled into lib

Trial to get gdcmPython working. demo/PrintHeader should now work.

BUG: Moving gdcmCommon to gdcm namespace broke some examples, fix those

BUG: Fix compilation problem with VS7. Unknow was not /really/ within gdcm namespace, now this should be fixed. Thanks to Jean-Michel Rouet for patch

ENH: There were minors typoes in the previous dict

ENH: Firs step to have the dicom dict as resource

ENH: Dont use capital letter for hex integer

BUG: The previous code did not compile on Big endian machine

ENH: For some reason it was commented

ENH: Ooops new cmake version didn't like previous verion

ENH:
- cosmetic cleanup in TODO, we should remove entries fixed
- some other cleanup at some other places
- adding a first implementation for the binary_write function
- adding big endian flag in cmake cache

ENH: Fix a warning %n should be a pointer to an int.

BUG: Previous code did not compile with all (=busted) compilers

BUG: Fix mem leak

ENH: Minor cleanup, mostly cosmetic

BUG: the fonction was broken but pass all tests...

ENH: Minor cleanup

ENH: Minor cleanup, mostly remove comments

ENH: Remove any possible leaks with the dictionary. Now there is no /new/ anymore, everything is by reference

ENH: Exact same fix as gdcmTS

ENH: Minor cleanup in arg passing to be const ref, instead of bycopy

ENH: Add patch from JPR, to support RLE and RGB from d. clunie testing suite

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword (4)

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword (3)

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword (2)

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword

ENH: minor cleanup patch, use TagName instead of std:string for clarification. Don't use capital letter for VR

  * Doc/Dicom2004_Part5.pdf added (thanks to JPR).
  * Dicts/dicomTS2004.dic, dicomV3VM2004.dic, groupNameAbbreviations2004.dic
    new 2004 dictionaries added (thanks to JPR).
  * FIX dashboard warning RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
  * CLEANUP_ROUND (15) for gdcmPixelConvert
    - RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
    - gdcmFile::GetImageData(), GetImageDataIntoVector(), GetImageDataRaw()
      are now all based on PixelConverter. ::GetImageDataIntoVectorRaw()
      no longer exists.

ENH: Initial work in gathering all transfer syntax accessors. clearly IsDecompressed/IsJPEG2000/IsJPEGLossless/IsRLELossless shouldn't be all ivars, but only one transfersyntax (class) ivar with equivalent method on the class.

ENH: Removed all FILE* ref and replace by ifstream/ofstream. For now I use a temp solution with the two files jdatadst.cxx and jdatasrc.cxx, this need to be discussed (plus I didn't like having a 2000 lines patch not commited)

  * src/gdcmDocument.cxx: wrong type on return fixed (thanks dashboard)
  * CLEANUP_ROUND (14) for gdcmPixelConvert
    - PixelConvert::GetLutRGBA(FILE*) is now GetLutRGBA() (no fp needed)
    - PixelConvert::BuildRGBImage()(FILE*) is now BuildRGBImage() (no fp needed)
    - File::GetImageDataIntoVector() doesn't need unnecessary OpenFile() and
      CloseFile() anymore.
    - File::GetImageDataRaw() doesn't call GetImageDataIntoVectorRaw()
      anymore and hence avoids storing a copy of PixelConvert::Decompressed
      into File::Pixel_Data.

Ooops...

  * src/gdcmDocument.cxx ftell() return properly stored in a long (i.e.
    no longer depends on's programmers PMS = Preposterous Mood Swings ;).
  * CLEANUP_ROUND (13) for gdcmPixelConvert
    Substituted File::ParsePixelData() with PixelConvert::Print() new
    method:
    - src/gdcmParsePixels.cxx removed (only contained File::ParsePixelData())
    - src/gdcmRLEFrame.cxx, gdcmJPEGFragment.cxx added. Added a ::Print()
      method to those classes.
    - src/gdcmFile.[cxx|h]:
      -- Added a ::Print() method.
      -- PixelConverter is now a reference instead of a member.
      -- gdcmPython/gdcm.i: added "using namespace gdcm" in order for
         gdcm_wrap.cxx to "understand" File::GetPixelConverter()

2004-10-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: when dot is present the
    collaboration diagram and inheritance diagram should be generated with
    doxygen.
  * Doc/Website/Sidebar.html: Dashboard is now also in the sidebar.
  * gdcmPython/gdcm.i: gdcmRLEFramesInfo.h gdcmJPEGFragmentsInfo.h are
    pointlessly wrapped (see
    http://www.creatis.insa-lyon.fr/pipermail/dcmlib/2004-October/000692.html )
  * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (sugar is my friend stage)
    - Header::GetLUTRGBA() moved to PixelConvert::GetLutRGBA()
    - vtk/vtkGdcmReader.cxx: adapted to displacment of Header::GetLUTRGBA()
    - Document::RLEInfo and JPEGInfo are now pointer members (Swig thing)
    - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
      -- File::Initialise: PixelConverter setup moved away to
           PixelConverter::GrabInformationsFromHeader()
      -- File::GetImageDataIntoVector(): Lut R + Lut G + Lut B color table
         interpretation moved away to PixelConverter::BuildRGBImage()

ENH: hum I guess this one slept through my cleaning

ENH: Try to reuse result from a map query, eventhough this is optimised we should reuse result when possible

ENH: A few minor cosmetic cleanups, mostly some const correctness on gdcmDict* classes, also remove a printf in jpeg parsing

ENH: Remove GDCM_EXPORT keyword from gdcm::DirList

COMP: ijg compiles now with '-pedantic -Werror' this way this is more VC6 compliant

ENH: Remove debug

ENH: as frog mention there were images that could be read, but still blacklisted

  * src/gdcmDebug.cxx last ditch attempt to get warning/error messages
    displayed on Win32 when a brutal abort() occurs (because of uncatched
    exception). See TODO new entry of this commit for more on this.
  * TODO added new entry.
  * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (nicotine is my friend stage)
    src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
    - HandleColor is no longer called from gdcmFile.cxx
    - gdcmPixelConvert.cxx clean up on method arguments and internal
      variable names for semantical coherence.

ENH: * Finished lossless transition, not only do we now read all lossless jpeg
  images, without the need of the Cornwell lib, but we do read them properly now
  * To reduce code (well to avoid code duplication), I defined a common place
  for jpeg read/write: gdcmJpeg.cxx. Now gdcmJpeg[8,12 16] include this file and
  redefine symbols. This is not prefect but this the best solution I found for a
  compilation time jpeg option.

ENH: Afterall change my mind we need a common place: gdcmJpeg to define the reading of jpeg file, then gdcmJpeg[8,12,16] are just a kludge because of this compile time option in ijg

COMP: Fix compilation

COMP: Fix Win32 compilation

ENH: update

ENH: update gdcm to have the dcmtk copyright since we use their bugfixes

ENH: update comments for ijg patching

ENH: ok making too many mistakes time to go to bed

ENH: ooops forgot the cmakelists file

ENH: update cmakelist for 16bits + some tweaks

:ENH: Adding the 16bits ijg jpeg lib. This is only the lossless part since there is no 16bits DCT algorithm