mechanism for handling tool dependencies in a modular way.

We still need to describe those dependencies more finely

separate tools from the rest

Removed vtkGridTransform and turned off vtkImageReslice with a define

add clitkCommon.h

lrint is still not portable

ostream does not handle std::string (check http://www.cplusplus.com/reference/iostream/ostream/operator%3C%3C/)

revived old fast_make script / clean some dependencies

remove unused file

create clitkDD.h to avoid the heavy dependency on clitkCommon.h only for DD

allow the user to chose the axis along which to compute the mip

move clitkConfiguration.h out of clitkCommon to avoid costly recompilations
fix harmless warning

- remove unuseful file

*** empty log message ***

new Airway filter (experimental)

separate airway tracking from extract lung

remove debug DD

correct bug (copy message)

documentation for tree.hh

manage tree structures

manage anatomical features DB

error are now handled by exception

add Anatomical DB to library

now dump anatomical info (carina position) into a DB

read carina position into DB

add lower limits for lung (experimental)

now dump anatomical info (carina position) into a DB

add anatomical feature DB capability to a filter

remove debug code

add "get number of connected components" function

add exception file

error are now handled by exception

Exception for error management

changes for CTest

Skip last level corrections

 add skipLastPyramidLevel option

Removed unused txx file

*** empty log message ***

Fusion window / level was rounded to int for no good reason

Fusion windows level is now 4 decimals

Attempt to solve Kumar's issue

Reformat with astyle, Kumar had to convert it to dos style

Problem with slot in previous commit. Corrected based on overlay example

Parsing fusion image from command line

Changed headers

Modified padding for empire

support for spaces in file names

Do pad before connecting components

There were some f***** differences between clitk2 and clitk3 in the BLUT. Tried to take clitk2 version which is more recent according to cvs. They don't look big but they have an effect. Please check!

Removed unrequired library linking

a hopefully better option parser for vv

Try to adapt the filter to Jef's clitk2 solution.

support for the precise flexmap

Implemented like option, only the origin is missing

Do not propose an option that you have removed!

add thread verbose

take image start index into account

change ROIFilter to extractImageFilter

update buffered region

Add float input to extract bones

extract trachea skeleton

Added image info and meta-info

Hard code iamge information for Synergy since it's the only known source of his image (so far).

add smooth option to extract bones

Account for window/level of fusion image

Add dicom RT dose to list of IO factories handled by clitk

Converted plastimatch dicom RT dose reader in ITK IO format.

improvements to the Dicom struct handling code, including better computation of extruding
depth based on actual contour spacing and not image spacing

correct ggo (no upper case)

add SCAN files

minor fixes

new gengetopt versions don't seem to like capital letters

Removed writing of temp file

Removed Jef's tmp files

Formatting + hack for the empire challenge: remove lungs from air thresholding when computing air feature image.

Rolled back to version without smart pointers for vtkImageData.

Commented out hard coded temp file

Removed memory leak

Rolled back to version 1.7 because it was crashing with transforms. I couldn't figure out a better solution.

Wrong naming of the ggo libraries.

workaround for bug in itk/gdcmDict.h : gdcm headers seem to need to be included
before the itk ones, otherwise there is a conflict between stdint.h and itkIntTypes.h

workaround for bug in itk/gdcmDict.h : gdcm headers seem to need to be included
before the itk ones, otherwise there is a conflict between stdint.h and itkIntTypes.h

with options for selecting outputs

 with matrix arg option

Functionality to Delete Last Image

Functionality to delete last image

derived from ImageToImageGenericFilter for integrating it into vv

Derived from ImageToImageGenericFilter for integrating into vv

used vtkSmartPointer

use of another vtkSmartPointer

Added metric presets, interp GUIs

Added Presets, GUI for metric, interp, etc.for AutoReg.

added presets and GUI's for AutoReg

used vtksmartpointer for vtkimagedata

updated AutoRegister Overlay

AutoRegister output overlayed

apparently this was too ambitious as well :-/

fix previous commit, sorry

attempt to fix some leaks. Note that vv still leaks: memory is never given back to the OS when an image is closed

a few improvements to the struct library, flush for better debug with DD,
  and fix warning in plastimatch tool

Removed ggo template for affine registration