itk4 migration

- BinaryFunctorImageFilters taking constant were removed from itk by
  adding SetConstant method to their Image x Image counterpart.

itk4 migration

- Remove unused include and unused typedef on types removed in itk4

Remove useless splashscreen code

Changed entry point of application on Windows to remove background console

Use vvLib for compiling vv to avoid double compilation of vv files

Always file for vv settings instead of registry for Windows

Put registration on a public web page

Use vvLib also without testing activated

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

tests with google tests coupled with cdash reporting

itk4 migration

- Function namespace renamed into Functor in itkMinimumImageFilter.h

parameterizing settings path and settings format in constructor

adding subdirectory for the tests

the dialog is filled with previous settings if the user was already registered

The Qdialog is now shown in front of the mainWindow (it was behind)

Message for registering vv's user information

enabling cdash with a localhost server

factorising parameters for QSettings
we propose the popup only if it is a new version

When an image is opened it is now added to the recently opened files menu

- version of vv in vvCommon.h
- register form being launched at every application launch
- calling a local server if the user agrees to send the register form
- writing qtSettings instead of a plain file. if a non QtSettings saved file is present at the same location, it is written over.

passing OS name in globals.h

Adding cdash with a single option setted to OFF by default

remove unused transfert_patients.sh script

transfert patients to iRODS is now managed with the
transfert_patients_to_irods.sh script from clitk-test

works with the new create_mhd_4D.sh

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Factorize time sequence reader code

* Factorize code introduce in previous patch.

Updates in testing

- replaced include(ctest) with enable_testing(), which is enough to run "make test"
- added a new variable CLITK_BUILD_TESTING to siwtch tests on/off
+ we may need to change this when using CDash for testing...

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Add error message to prevent bad use of vvImageReader

* vvImageReader had the same behaviour when used with MERGEDWITHTIME and
  with IMAGEWITHTIME in case of multiple images to load. The second is
  less effective since it composes multiple images to decompose them
  after. I added an error message asking to use MERGEDWITHTIME in this
  case.

Prevent vv from instantiated 4D vvImage.

* itk4 introduced some concept checking on image dimensions leading to
  compilation error on code instantiated but never used. Adding 4D
  specialized version of vvFromITK avoid these instantiations.

Converted license from utf-8 to iso-8859-15

Remove .cvsignore files

Remove .gitignore files

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Correct typo (Croped -> Cropped)

Remove David temp's file

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Remove header from CeCILL-B licence

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Correct bug: when open roi on a non-3D image, the file browser still open.

itk4 migration:

* Add SetDirectionCollapseToSubmatrix() to extractFilter

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Strip executable when packing

Removed warning

delete duplicate file

add *~

delete duplicate file

add default off to verbose flag

Extract vessels v0.1

change above/below

add crop carotidArtery

add some ignored files

Change Above/Below with Greater/Lower

make compatible with ITKv4

Incremented vv MINOR VERSION for release

The absence of libstatgrab is now insensitive

Added .mha in file types managed by vv

removed license header from LICENCE.txt file

just removing debugging messages

Solved bug 363 (still to be improved, though)

- indeed a z-buffer issue (order of painting)
- actors' positions were being chosen wrt to pixel coordinates, instead of world coordinates
- image actors apparently don't can be directly overlaid on top of each other (no positioning issue)
- VF actor is placed right before or after the start of the image actor's bounding box, depending on the position of the camera
- Clipping box of landmarks has also been corrected
- This solution seems to work robustly, but we never know... ;-)
- Will improve VF by using a vtkSlicer object to interpolate between slices

Init IO factories

Corrected GetScalarComponentAsDouble and displayed pixel coordinates in
corner.

Fixed order problem in condition for analyze orientation handling.

Set mode of regular files to non-executable (644) instead of executable (755)

Detect analyze unkown orientation and set identity instead of something
else

gcc 4.6 compatibility:

* ptrdiff_t is in the std namespace

gcc 4.6 compatibility:

* ptrdiff_t is in the std namespace

itk4 migration:

* Add SetDirectionCollapseToSubmatrix() to extractFilter

Bug: debugging code not totally commented

Comment debugging that leads to segfault when no mask is used with
generic metric.

Merge branch 'master' of /home/romulo/creatis/clitk3-git-shared/clitk3

Corrected displayed value at crosshair in overlay and fusion

Display nan instead of no value in overlay and fusion when outside fov

Use nan of std lib instead of sqrt(-1)

comment test tools

remove untracked file

ignore files

ignore files

add SetRadius with a single int (isotropic)

correct CLB URL

correct CLB URL

merge cvs -> git

merge cvs / git

migration gdcm 2.0 clitkDicom2Image

* Remove readDicomHeader from clitkImageCommon which were used only in
  clitkDicom2Image tool.
* Make clitkDicom2Image compatible with gdcm 2.0

migration gdcm 2.0 Add macro for itkv3 compatibility

* Forgot to include Print on gdcm::File into gdcm 2.0 Macro

Ignore _* forlders

Ignore _* folders in which I am used to compile different versions.

Merge branch 'master' of /home/romulo/creatis/clitk3-git-shared/clitk3

Bug: Forgot Macro for itkv4 specific function

added a file with only the license header (test)

Merge branch 'master' of /home/romulo/creatis/clitk3-git-shared/clitk3

itkv4 migration:

  * last changes in vvQDicomSeriesSelector to use a list of gdcm::reader instead
    of a list of gdcm::File

changes in license header

Update of license text
  - new CLB's website
  - small type

Inclusion of lincense header wherever necessary

path correction to execute tests

compilation of vv and tests

- vv stand-alone compilation
  + some dependencies from tools were not being compiled

- tests path
  + better path resolution

Mathieu Malaterre
gdcm2 migration:
+ vv open Dicom still a segfault when reading spacing

Enable interactive display in tool binarize