avoid warnings

Waiting for the final removal of MagnetomVisionToBrucker.cxx, commented out.

Avoid Warning

Follow Mathieu's advice on #include

Avoid warnings

Check MD5

Use ToInTag
Drop PhilipsToBrucker2

Replace stupid name 'PhilipsToBrucker2' by 'ToInTag'

use AnonymizeMultiPatient.cxx

Fix troubles in AnonymizeMultiPatient.
(It ensures (hope so) that all the Patient names will be different
after anonymization.
It will probabely replace AnonymizeNoLoad

Comment out over verbose messages

Add an open source code for MD5.
This will allowed to use a rough way to anonymize Patient's name, instead of
writing an arbitrary value.
(When we anonymized a multi-patient Directory, it leaded to a mees -all the
patients with the same name-)

Fix trouble with BCC
Thx to Luca Picello for the fix.

Forget to comment out InTag

Remove PhilipsToBrucker

Rmove now useless PhilipsToBrucker.cxx (use PhilipsToBrucker2.cxx instead)

Add an application to allow anonymizing a 'multi patient' dictionnary

Move comments

Comment out GDCM_LEGACY_REMOVE function

Add huge comment on the meaning of RETired fields around Orientation and Position

Add some comments

Comment out some deprecated function (instead of GDCM_LEGACY, that seems to be
dealt with in a mood-dependant way by swig), to be able to compile everywhere.

ENH: hopefully fixed swig wrapping

BUG: Do some voodoo magic do please SWIG -buggy- c++ parser

ENH: Remove valgrind/debian false jump report

ENH: Adding a secret test to test install

ENH: Remove Install dir

COMP: I always forgot this change of API

COMP: Fix compilation against VTK CVS

ENH: Adding a test for install

COMP: Fix compilation on SunOS

ENH: Trying to cleanup oj warnings

COMP: Fix comp on dash8 (gcc296)

BUG: resultPath could be empty, cannot access char -1 in an array

ENH: Adding an option (hidden) to not install the gdcm dicts

BUG: There was still a file not installed at the proper place

Port Mathieu's modif from gdcm1.2

ENH: Structure of the dictionary was changed but not everywhere...

ENH: vtkgdcmSerieViewer2 looks like it's completely duplicated code. oh god we love duplicated code in gdcm, do we. Fix a minor warning (perf reason cast to bool thing)

ENH: Rework the GDCM_LEGACY mechanism to allow use of stronger warnings flags

BUG: Wrong install path

BUG: getenv return is not supposed to be freed

COMP: Fix comp on 64bits machine and VTK5

BUG: Wrong var

SetMedicalImageInformation is available only for VTK Major Version >= 5

BUG: On Win32 you cannot pass NULL os any ostream

ENH: On unix system path are case sensitive, using GDCM broke backward compatibility. Should be fixed now

COMP: Fix compilation, remove warning

ENH: Fix DATA_DIR install path

ENH: This time for real. Install is ok. STYLE: some minor stuff

ENH: Some more install stuff

ENH: Wrong install loc

ENH: Some cleanups

ENH: Gather the installation stuff in one place

Add some comments about
   // Description:
   // Aware user is allowed to pass his own gdcm::File *, so he may set *any Dicom field* he wants.
   // (including his own Shadow Eleents, or any gdcm::SeqEntry)
   // gdcm::FileHelper::CheckMandatoryElements() will check inconsistencies, as far as it knows how.
   // Sorry, not yet available under Python.
vtkSetMacro(GdcmFile, gdcm::File *);

and

   // gdcm cannot guess how user built his image (and therefore cannot be clever about some Dicom fields)
   // It's up to the user to tell gdcm what he did.
   // -1) user created ex nihilo his own image and wants to write it as a Dicom image.
   // USER_OWN_IMAGE
   // -2) user modified the pixels of an existing image.
   // FILTERED_IMAGE
   // -3) user created a new image, using existing a set of images (eg MIP, MPR, cartography image)
   //  CREATED_IMAGE
   // -4) user modified/added some tags *without processing* the pixels (anonymization..
   //  UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE
   // -Probabely some more to be added
   //(see gdcmFileHelper.h for more explanations)

   void SetContentTypeToUserOwnImage()         {SetContentType(VTK_GDCM_WRITE_TYPE_USER_OWN_IMAGE);}
   void SetContentTypeToFilteredImage()        {SetContentType(VTK_GDCM_WRITE_TYPE_FILTERED_IMAGE);}
   void SetContentTypeToUserCreatedImage()     {SetContentType(VTK_GDCM_WRITE_TYPE_CREATED_IMAGE);}
   void SetContentTypeToUnmodifiedPixelsImage(){SetContentType(VTK_GDCM_WRITE_TYPE_UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE);}

Upgrade FileHelper.InsertEntryString() to be consistent
   with DocEntrySet.InsertEntryString()

Replace deprecated InsertValEntryString method by  InsertEntryString()

Propagate Mathieu's modif around GDCM_DATA_ROOT

Propagate Mathieu's modif from 1.2 to CVS version.

ENH: A few stuff:
Do not call ResetCameraClippingRange in VTK5 and above (fixed)
Update to new API for the ZSlicer stuff in vtkImageViewer2
Add a vtkMedicalImageProperties to the writer to pass in medical information from VTK context (pretty neat...)
Minor style, avoid including too many header files

URL : http://cvs.creatis.insa-lyon.fr/viewcvs/viewcvs.cgi/gdcm/?view=query&branch=&who=malaterre&date=explicit&mindate=2006-04-20%2021:20&maxdate=2006-04-20%2021:22

BUG: AT is not supported

Minor fix in FileHelper::CheckMandatoryElements :
At write time, when we re write an old ACR-NEMA file as a DICOM one,
   // Replace deprecated 0028 0012 US Planes
   // by new             0028 0008 IS Number of Frames

ReWrite now allows user to 'rubout' a part of the image
(to remove a burnt-in Patient name, for instance)
use
rubout=xBegin,xEnd,yBegin,yEnd

Avoid tiny memory leak
(huge ones still pending :-( )

Fix bug in GetString()
-confusion US vs SS-

Avoid warnings

Avoid some warnings

   Some clinical softwares *demand* Patient ID (0x0010,0x0020)
   although it's a 'type 2' entry.
   Use a default value
   //CheckMandatoryEntry(0x0010,0x0020,"gdcm ID","LO");

Avoid troubles while parsing source dictionaries

DicomDir.dic has now the VR for each element.

Pass the VR to method InsertEntryString

Remove useless accesses to the Dicom Dictionnary std::map

Avoid warnings

Avoid warning

Allow user to run the tests on a single file

remove misstyping

Avoid stupid messages when length = 0

Initialize ZSpacing, in *all* cases.

vtkgdcmSerieViewer2 shows the ZSpacing, as computed whithin SerieHelper
(just an example!)

Forget to remove cout ..

As a side effect,
bool SerieHelper::ImagePositionPatientOrdering( FileList *fileList )
computes ZSpacing, according to Jolinda Smith's algorithm, already used to sort
the images.
Retrieve it with
double SerieHelper::GetZSpacing();
The pb of using it within vtkgdcmReader() is still pending.

New param : 4DLoc=0xgggg-0xeeee to tell gdcm where
the -unnormalized- 4th Dim is stored.

Oops.
Forget to commit theese ones.

Unnormalized 4th dimension is now dealt with.
User tells gdcm *where* it is.
File::SetFourthDimensionLocation(groupNb, elementNb);
After Load(), he may use int File::GetTSize();

As a proof of concept, PrintFile has one more option :
4Dloc=0x3001-0x1001, for instance.
One can see pixel size is now computed properly.

(VTK stuff is still missing)
--> Later!

Propagate Mathieu's fix for VTK5.0.
Magic!
In still works with VTK4.5 !

ENH: Patient Birthday is of type VR=DA

BUG: No comment

DictEntry must be created completely *before* using to create a DocEntry.

To speed up the parsing process (avoid accessing HTable when useless):
VR and Key are now stored int the DocEntry
DefaultPubDict is stored as well outsite the Htable.

Update Doc (old UML diagram was displayed)

Fix bug while calling new vtkGdcmWrite abilities.

Update News

Fix some comments

Example a using new features .
DO NOT use right now; checking not achieved !

*** empty log message ***

Add ReWriteExtended.cxx to show the result of the new
SetContentType((gdcm::ImageContentType)filecontent); method

Fix some comments

initialize enum to 1.

BUG: Newer version of the software on Siemens MR write proper lenght.
GDCM was overriding without checking for wrong length first.
Can now read old (broken) and new Siemens DICOM files.
Thx to Mathieu.

// User should ask gdcm to write an image in Explicit VR mode
    // only when he is sure the VR of *all* the DataElements is known.
    // i.e : when there are *only* Public Groups,
    // or *all* the Shadow Groups are fully described in
    // the relevant Shadow Dictionnary.
    // Let's just *dream* about it; *never* trust a user !
    // If he doesn't, it write process will produce an 'illegal' Dicom image.
    // (it doesn't bother most of Dicom readers, but ...
    // Therae are enought illegal Dicom image in the world.
    // Don't add illegal gdcm-written Dicom images !

In order to avoid furter troubles,
We turn to Implicit VR if at least the VR of one element is unknown.

Fix stupid and riskless) bug :
fffe e000 (Item) was droped out SQItem at read time
(was automatically re-added at write time)