Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

remove tools (now in tests_dav)

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

 remove clitkExtractLymphStations

 add clitkExtractLymphStations

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Moved from repository clitk to clitk.private/deprecated

correct fuzzyMapOnlyFlag

Previous warning fix introduced a bug. Fixed

remove tools (now in tests_dav)

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

Add ROI tab

First version of new ROI tool (the goal is to put it into the main tab and allow dcm-rt-struct to be loaded)

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Update CMakeLists after moving tools to deprecated

Moved from repository clitk to clitk.private/deprecated

Stop rebuilding vv.o everytime cmake is executed. Only do it when
vv/CMakeLists.txt is newer than vvToolsList.h

fusion and image colormaps are now equivalent

- changed value range to (1, 1)

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corrected bug in fusion opacity with double values

corrected bug in fusion with double values

bug in mhd 4D creation

ComposeVF with type 0 as default

correction in ComposeVF options

accepts suffix for 4D mhd creation

changes in CoeffsToDVF interface

- affected tools...

new tool: clitkCoeffsToDVF

- converts a BLUT-coefficient image to a DVF

more robust clitkExtractLung

- quits with exception when no seed is found for trachea

refactoring...

- Put coeff to dvf function in separate file, as a global function
- Changed affected files/classes

image warping using B-Spline coefficients

- uses the resolution of the input image for the output

Invert VF from B-Spline coefficients

- Interpolate VF first, from coeffs, using --like image

VF composition with BSpline coefficients

- output resolution taken from --like image

invert Vf on given image grid with resampler

- linear interpolation (itk resampler's default)
- undoes previous version

invert VF on given image grid

- with --like option

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Adapted crop for vector fields with partial specialization to generate
exceptions for AutoCrop of VF

Provide ADD_DEFAULT_VEC_IMAGE_TYPES for generic VF filters

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BUG Don't try to change the VF color on cancel.

- Test the validity of the color returned by the QColorDialog before
  changing the VF color.

Add Overlay properties to SaveState / ReadState

- Use vvSlicerManagers to Get/Set Overlay properties.

Add Fusion properties to SaveState / ReadState

- Add constness on QTreeWidgetItem.
- Use vvSlicerManagers to Get/Set Fusion properties.

Add constness some getters

Remove tmp files

- Remove tmp files after executing the script
- use mktemp instead of /tmp/$RANDOM

midpP: combine VF's after inverting and composing

use of coefficient images in mid-P creation

--focal_origin works again

Possibility to add a VTK image to vvImage

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more robust motion mask script

dicom structure in cmd line

- --contour <FILE>
- in the same way as overlay/fusion/vf

motion masks with and without bands

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Adapt CMakeLists to include it from other projects

Remove useless common.cmake inclusions

Add VTK_LIBRARIES variable for vtk < 5.8.0

Add VTK_LIBRARIES variable for vtk < 5.8.0 and use it.

midp masks use new clitkExtractLung version

new 4D files as output of midp script

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Factorize CMakeLists

- Factorize CMakeLists to allow their use in other projects.

itkv4 migration

ExtractLung - Small corrections in verbose mode

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Revert "itkv4 migration use itk::ThreadIdType"

This reverts commit a6957c4825e83c61b977ec316dd841878617ffbd.

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Trachea finding algorithm

- version used in LOLA11
- preserved original version
- new "type" parameter to choose between algorithms
- algorithm-specific params

working version of new trachea finding algo

- the one used in LOLA11

Optional options corrected

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fixed fusion panel size and change default threshold values

+ Span image value on more columns to avoid interface motion when values
  have more or less digits.
+ Use 1% as default threshold value and 30% as default transparency
  value.

Added patient mask resampling

- corrects problem when using clitkCombineImage in the mid-P calcs

Applied clitk indentation

GateAsciiImageIO is now cross-platform using itksys::RegularExpression

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Comment memory display

comment momory display

Correct LR or S1. Add Post S1 S3P. Add Post S1 and Ant S2RL

Start by removing object from target. Minors improvments

Fixed MSVC warning

Define mkstemp for MSVC. Not sure if it also works for other compilers
on Windows

Gate text file I/O is not cross-platform due to regex, compile only on unix

Add quotes in case variables are not defined

Use the gnugetopt.h header part of gengetopt instead of cygwin's

Subdirectory filters has been removed

Removed warnings

itk4 migration

- m_Parameters disapeared in itk4. Don't use it in our
  ImageToImageMetric.

Remove warnings

- Remove warnings with -Wall
  It remains some warning about gengetopt generated files
- Use ImageDimension instead of 3 in some filters

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Bug #650 crash with --fusion and --overlay

- Check if the file exists before opening it

BUG seed_arg was used instead of seedRadius_arg

Add seedRadius option to clitkRegionGrowing

- Add seedRadius option to clitkRegionGrowing to allow ball of seeds
  instead of single pixel seed.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

returned normal function to overlay menu

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

itkv4 migration use itk::ThreadIdType

- Add a typedef on unsigned int for itk 3.20 compatibility
- Use itk::ThreadIdType where needed