solved bug 457

- overall, just a matter of calling Render() after updating the contours
- another issue corrected: change of slice orientation didn't change contour orientation
- still existing issue: flickering and delay in contour update when navigating across slices (added to bug tracker)

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Comment unused executable

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Remove warning

Comment MedianImageFilter

comment clitkExtractLymphStations

Add AutoCrop

Remove debug

Remove debug

Correct extrusion (-spacing instead of spacing)

Remove deltaZ computation

Remove DeltaZ computation (false)

solved bug 457

- but there's another bug
+ change of orientation does not work

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

just removed some debugging messages

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

fix crash due to clicking the reload button when we have a cropTool popup opened

solved bug 316

- also refactored the code a bit...

solved bug 317

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

migration gdcm 2.0

- Rewrite the RT_Struct reader using gdcm 2.0

Add verboseFile to display the contents of all struct in the dicom file

Do not seg fault anymore with GDCM1 if the name of the structure does not exist.

Do not segfault any more if a struct exist with no contours. Ok for GDCM1 and 2.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Fix error when cropping.
The mean was computed with a minus operator...
New problem identified : when SetImage is called after the crop, the SliceOrientation is always 2!

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

fix the crash when we crop on an image that had been cropped.
short remove of dupplication code
It still gives an error when we crop on the Z dimension

Add options

add options ; "last chance" etc

Add options (threshold and cie)

Add seed/name and others options

Change Trunk -> Artery (more consistent)

remove comments

UseBorder off by default -> seems buggy ?

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Check on VTK_USE_FFMPEG_ENCODER in case vtkFFMPEGWriter.h is not
included

Change current image when using tab key

Fixed bug #472: unchecking of slicer was disabled by resetting the
Qt::CheckStateRole of the checkbox but the tree state was not updated. A
recursive call seems to do the trick.

bad fix for vvToolCropImage. The seg occurs (also) on the mReducedExtent array

just a test

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

disable tools at startup of vv
tools are enabled when a ImageInfosChanged is triggered.

Merge branch 'mesh-test' of ../clitk3.withdata

fix segfault when accessing vvToolCropImage in toolMenu when no image are opened.
This case should not happen if tools are disabled (see issue #461) when no image are opened.

itkv4 migration

- Add call to SetDirectionCollapseToSubmatrix needed by the
  ExtractImageFilter.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Replace || by &&

- I commited my last patch a bit too fast.

SkipComment also skip empty lines

Revert previous patch on CTestConfig.cmake

- CTestConfig.cmake is used to send result on the Insight Dashboard:
  http://www.cdash.org/CDash/index.php?project=Insight

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Increment patch version number

add vvToolStructureSetManager

Further increased the width of the registration form for the static
versions

Reflect in gui what is actually sent

Added adressing information because architecture does not provide this
information on Windows

Changed text reference to button from "No, thanks" to "Cancel"

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

change form width

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Changed register form title

Remove doublons for qt macros

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Increment patch version number for release preparation

php file for vv registration

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

correction of data test path
adding some trivial test

Added compilation date to track whether this is a released binary or a
manually compiled version

Added header to configuration files

Merged globals.h.in in clitkConfiguration.h.in

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Rename vvCommon.h.in in vvConfiguration.h.in to be consistent with
clitkConfiguration.h.in

send the processor architecture when registering

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

cmake_minimum_required back to 2.4
cmake_policy 5 new for add_definitions in tests

Dirty work around to force instantiation of auto tools with shared
library: list them in an automatically generated header and include it
in vv.cxx

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

text justified in registerform popup
workaround for the fail of margin+float in QTextBrowser; the weNeedYou icon gets a transparent margin

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Force cross redrawing after changes view mode

- Add calls to NO and SO Slicers to redraw the cross.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

text modifications for registering vv

Resolve #285

- Add a call to UpdateRenderWindows after resizing splitters in
  ChangeViewMode. Use relative sizes when resizing splitters.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Remove strange useless loop

- Remove a loop that computes the sum of a list + 1 just after a loop
  that computes the sum of the same list.

textBrowser for registration is not set with a transparent background

itk4 migration

- BinaryFunctorImageFilters taking constant were removed from itk by
  adding SetConstant method to their Image x Image counterpart.

itk4 migration

- Remove unused include and unused typedef on types removed in itk4

tests are back
new entry for registering in the help menubar

Remove useless splashscreen code

Changed entry point of application on Windows to remove background console

Use vvLib for compiling vv to avoid double compilation of vv files

Always file for vv settings instead of registry for Windows

Put registration on a public web page

Use vvLib also without testing activated

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server