BUG: This should fix a problem on borland since direct.h does not exist

ENH: Mostly cosmetic, but in theory this should be faster

   * src/gdcmFile.h : fix compilation errors on zorglub linuc computer
   -- BeNours

   * src/gdcmDocEntry.cxx : remove the copy of the DictEntry... there isn't
     correct to copy it. The DictEntry is specified at the DocEntry creation,
     then, it musn't change in the time.
   * src/gdcmDocEntryArchive.[h|cxx] : new class. It's goal is to change the
     header correctly. At this time, the change is only made for the first
     level of the Document. In the future, it might consider sequences.
     The change is made by replacing a DocEntry by an other that is created
     outside the class. The old value is kept. When we restore the header
     status, the added DocEntry is deleted and replaced by the old value.
   * src/gdcmElementSet.h : Set the DocEntryArchive like friend.
   * src/gdcmFile.[h|cxx] : Use the gdcmDocEntryArchive. Add methods to
     set the write type to explicit VR, implicit VR or ACR. Add methods to set
     the write mode to native, decompressed or RGB (but not used at this time)
   -- BeNours

   * src/gdcmSeqEntry.cxx : add initialisation of variable SeqTerm
   * src/gdcmDocument.cxx : add delete of DocEntry's to remove some memory leaks
   -- BeNours

   * Example/TestCopyDicom.cxx : avoid compilation warnings
   -- BeNours

   * Test/TestCopyDicom.cxx : avoid compilation warnings.
   -- BeNours

ENH: Adding support for GE Private Transfer Syntax where file is in little endian and pixel data is in Big endian. I believe this should also be propagated to gdcmTS class ...

*** empty log message ***

   * src/gdcmDocument.cxx : now, when using the ReplaceOrCreateByNumber to
     set a BinEntry, the binArea is copied (like to set a ValEntry, the string
     is copied).
   * Test/TestCopyDicom.cxx, Example/TestCopyDicom.cxx : the image data isn't      set because already copied when copying the BinEntry's of the header
   * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx : remove warnings
   -- BeNours

ENH: Upcomming gcc4 is more picky about casting streampos to integer type

update my tasks

ENH: Apply patch from ITK back to gdcm. Solve problem when iterating over arbitrary DICOM file with no relation one to the other

BUG: Comitting patch from JPR, to support IRAD Data Set

BUG: Some compilers complain when isdigit/isalpha/isprint are being passed in a char (therefore it could be negative). Thanks to Jean Michel for patch

   * FIX : now, the DocEntries are all deleted in the gdcmElementSet.
     Two problems appear when doing it :
      - with the gdcmFile : when the GetImageData method is called, the pixels
        are stored in the gdcmPixelConvert, but a gdcmBinEntry link to these
        datas (pixels). And each structure destruct the datas when it's
        destructed. So we have two destructions for the same datas. To solve it,
        a flag is added in the gdcmBinEntry to indicate if the BinEntry owns the
        datas or not. If it doesn't own datas, then they will not destroyed by
        the gdcmBinEntry.
      - with the gdcmDicomDir : the sequences (gdcmSQItem) contain DocEntry
        elements. The DicomDir* (DicomDirPatient, etc.) inherit from SQItem.
        Thus destruct the DicomDir* elements and the TagHT of the ElementSet
        create a double destruction of the same DocEntry's. So, to solve it,
        the TagHT is simply cleared and the DicomDir* elements are destroyed.
   * TODO : add an entry concerning memory leaks in the DicomDir
   -- BeNours

   * src/gdcmDocument.cxx: FIX ::ComputeRLEInfo() rleSegmentOffsetTable[]
     was erroneously defined with a size of 15 instead of 16. [many thanks
     to Jean Michel Rouet for pointing out this bug].
   * FIX: src/* fix the doxygen warnings.
   * src/gdcmVR.cxx: removed some redundant tests (e.g. LO)

   * gdcmElementSet.cxx : Bad patch to pass the test suite. Patch because
     the pixel datas are deleted by the gdcmPixelData and the gdcmBonEntry
     (problem becomes when calling gdcmFile::GetImageData )

   * FIX : src/gdcmDocument.cxx Remove obvious code in the destructor
   * FIX : src/gdcmPixelConvert : Set to NULL the deleted structures in the
     squeeze method
   -- BeNours

   * FIX: src/gdcmUtil.cxx : to compile with MSVC6
   * src/gdcmDocument.cxx : fix memory leaks. Fix possible bugs : use an object
     after it have been deleted
   -- BeNours

   * FIX: src/* fix the doxygen warnings.

update

ENH:
1. Finish merging JMR patch for writting DICOM from scratch
2. Fix -hopefully- bug with MONOCHROME and space vs null character
3. Use const ref when possible
4. Add a new function InitializeDefaultHeader, which create a template DICOM header (CT image for now)
5. A few more comments
6. CreateUniqueUID can now be called without parameter

ENH: Add license to tests since they belong to gdcm

ENH: Add license to examples since they belong to gdcm

ENH: Slightly bigger patch:
1. Getting toward full integration of JMR patch for writting dicom from scratch
2. Update Test to test part of this patch: CreateUniqueUID
3. File was not close properly in gdcmDict
4. Use of typedef is to be prefered when possible (gdcmDict.cxx)
5. Use of const ref instead of copy (speed issue)
6. Remove temporary (duplicate) string in TranslateToKey
7. Mark extremely dangerous code as such (gdcmDocument.cxx and AddEntry fallback case)
8. Do not repeat virtual in subclasses
9. Implemented in gdcm::Util two new function: GetIPAddress, and CreateUniqueUID

update

ENH: Apply first patch toward better string comparison when dealing with broken DICOM file. Essentially the string could be padded with a space instead of a null character as defined by standard

  * src/gdcmDocument.[cxx|h] : fix memory leaks. The return is suppressed
    because never used... and in the same time, that's remove some memory leaks
  -- BeNours

  * src/gdcmFile.cxx : now delete the PixelConvert instance.
  * In examples and tests : change the type of image data variables from void*
    to uint8_t*. Remmove all delete on image data variables
  -- BeNours

BUG: Fix mem leak

STYLE: Remove VTK'ism, gdcm does not prepend vars by this->

BUG: All va_start should be close by a va_end in the same function. Thanks to Dennis Hudr (sina.com) for reporting bug.

BUG: Apply patch proposed by Peter Cech (ITK user), to handle some Philips NTSCAN where some private tag were being flip to Big endian for no reason (the rest of the file is in little endian).

ENH: Commiting 1/2 patch from Jean Michel Rouet, for better DICOM writting support

  * Add comments to explain the problem in the code (concerning my last commit)
  -- BeNours

  * src/gdcmDocument.cxx : Set the file pointer TP to 0 in the constructors.
    Verify the file pointer value before open the file, and if it's not null,
    a verbose message is generated.
    Close correctly the file when the file isn't considered dicom-like. The
    correctly close is a call to CloseFile.
    When closing the file pointer, test if its not null to close the file.
  * src/gdcmPixelConvert.cxx : bug fix for the SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr
    file. For an uncompressed image, the copied datas correspond in the least
    case to the image size (calculated) or the image size specified in the
    header. A verbose is generated if these two size mismatch
  -- BeNours

COMP: Fix comparison between signed and unisgned

BUG: Remaining problem with borland

ENH: Some more borland issues

ENH: gdcm now compiles on borland

  * src/TestAllReadCompareDicom.cxx : test the existence of the directory
    using an 'ifstream' other than a 'FILE *'. The previous solution ('FILE *')
    break under windows (with msvc6 compilation).
  -- BeNours

  * src/gdcmDicomDir.h : bug fix for the last Boix's commit (problem when
    compiling with MSVC6)
   -- BeNours

  * Bugs fix for the Windows build with VC6
  * CMakeLists.txt : bug fix - The include of the VTK lib is made only when it's
    needed (only for projects required VTK). If the VTK is included in all
    projects, there is conflicts with the jpeg lib of vtk when compiling the
    gdcmjpeg[8,12,16] projects. The first conflict is on the jmorecfg.h file.
  * src/gdcmUtil.h : export binary_write methods. Otherwise, there's problems
    when compiling the gdcm_wrap.cxx file (created by the compilation of the
    gdcm.i file)
  * vtk/vtkGdcmDemo.cxx : remove the use of std namespace for the cerr use
    (like it's already made for the cout use). Otherwise, conflict with the
    std::cerr of vtk.
   -- BeNours

  * src/gdcmDicomDit.h the Method typedef is now local to DicomDir class.
  * gdcmPython/gdcm.i:
    - comments on the DicomDir::Method related usage added.
    - now that we use the namespace gdcm, a lot of internal classes do
      NOT need to be wrapped anymore.
  * gdcmPython/demo/DicomDirProgressMethod.py (that uses the above
    DicomDir::Method) new example added.

BUG: Could not read image CT1_RLE.dcm from dclunie baseline. It was working before because high byte was zero. Thanks to JP for patch

ENH: Apply pach suggested by JP. This should handle more jpeg compress images. Also backport patch from ITK

ENH: update version

ENH: Solve problem with Theralys images

ENH: Some more minor fixes, to synchronize ITK and gdcm

ENH: Forgot file for coverage

ENH: Final -hopefully- change to jpeg lib. In order to match ITK structure, and be more cross plateform, reduce code redondency and improve compilation time

ENH: Move the jpeg lib around, to match Insight toolkit structure (more tested)

BUG: Remove a broken image from the MAC baseline

ENH: Do not stop test at first failure, it lower coverage.

BUG: Remove tons of mem leaks. There are still plenty that explains why gdcm is dog slow on system with little mem

BUG: Thankfully VS6 catch it :)

ENH: Improve string manipulation. I now inforce the notion of 'DicomString'
    A DicomString can contain as many \0 as they want
    and it is *always* of even length.
    We only support odd length for very rare case.
    And in the near future this should be removed.

BUG: Remove demangle code this was seg faulting on some linux gcc 3.3.2 machine

ENH: Fixing bug in the dashboard, the code is buggy but I refuse to fix it. There seems to be a /after the last/ line read that broke my else check

ENH: Fix warning about conversion from string constant to

BUG: i was shadowing another var

ENH: Rewrite the test to allow use to use it an image at a time

ENH: /binary_write/ gdcm source. Now even on big endian we are writting little endian. This should -heopfully- fix some tests

BUG: Remaining of the patch

ENH: update about dict compiled into lib

COMP: Fix minor compilation warning on Win32 VS6

ENH: Now the dictionary is compiled into gdcm lib. This is a default behavior, thus any dic file specified is picked before failback to the one comiled into lib

Trial to get gdcmPython working. demo/PrintHeader should now work.

BUG: Moving gdcmCommon to gdcm namespace broke some examples, fix those

BUG: Fix compilation problem with VS7. Unknow was not /really/ within gdcm namespace, now this should be fixed. Thanks to Jean-Michel Rouet for patch

ENH: There were minors typoes in the previous dict

ENH: Firs step to have the dicom dict as resource

ENH: Dont use capital letter for hex integer

BUG: The previous code did not compile on Big endian machine

ENH: For some reason it was commented

ENH: Ooops new cmake version didn't like previous verion

ENH:
- cosmetic cleanup in TODO, we should remove entries fixed
- some other cleanup at some other places
- adding a first implementation for the binary_write function
- adding big endian flag in cmake cache

ENH: Fix a warning %n should be a pointer to an int.

BUG: Previous code did not compile with all (=busted) compilers

BUG: Fix mem leak

ENH: Minor cleanup, mostly cosmetic

BUG: the fonction was broken but pass all tests...

ENH: Minor cleanup

ENH: Minor cleanup, mostly remove comments

ENH: Remove any possible leaks with the dictionary. Now there is no /new/ anymore, everything is by reference

ENH: Exact same fix as gdcmTS

ENH: Minor cleanup in arg passing to be const ref, instead of bycopy

ENH: Add patch from JPR, to support RLE and RGB from d. clunie testing suite

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword (4)

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword (3)

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword (2)

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword

ENH: minor cleanup patch, use TagName instead of std:string for clarification. Don't use capital letter for VR

  * Doc/Dicom2004_Part5.pdf added (thanks to JPR).
  * Dicts/dicomTS2004.dic, dicomV3VM2004.dic, groupNameAbbreviations2004.dic
    new 2004 dictionaries added (thanks to JPR).
  * FIX dashboard warning RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
  * CLEANUP_ROUND (15) for gdcmPixelConvert
    - RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
    - gdcmFile::GetImageData(), GetImageDataIntoVector(), GetImageDataRaw()
      are now all based on PixelConverter. ::GetImageDataIntoVectorRaw()
      no longer exists.

ENH: Initial work in gathering all transfer syntax accessors. clearly IsDecompressed/IsJPEG2000/IsJPEGLossless/IsRLELossless shouldn't be all ivars, but only one transfersyntax (class) ivar with equivalent method on the class.

ENH: Removed all FILE* ref and replace by ifstream/ofstream. For now I use a temp solution with the two files jdatadst.cxx and jdatasrc.cxx, this need to be discussed (plus I didn't like having a 2000 lines patch not commited)

  * src/gdcmDocument.cxx: wrong type on return fixed (thanks dashboard)
  * CLEANUP_ROUND (14) for gdcmPixelConvert
    - PixelConvert::GetLutRGBA(FILE*) is now GetLutRGBA() (no fp needed)
    - PixelConvert::BuildRGBImage()(FILE*) is now BuildRGBImage() (no fp needed)
    - File::GetImageDataIntoVector() doesn't need unnecessary OpenFile() and
      CloseFile() anymore.
    - File::GetImageDataRaw() doesn't call GetImageDataIntoVectorRaw()
      anymore and hence avoids storing a copy of PixelConvert::Decompressed
      into File::Pixel_Data.

Ooops...

  * src/gdcmDocument.cxx ftell() return properly stored in a long (i.e.
    no longer depends on's programmers PMS = Preposterous Mood Swings ;).
  * CLEANUP_ROUND (13) for gdcmPixelConvert
    Substituted File::ParsePixelData() with PixelConvert::Print() new
    method:
    - src/gdcmParsePixels.cxx removed (only contained File::ParsePixelData())
    - src/gdcmRLEFrame.cxx, gdcmJPEGFragment.cxx added. Added a ::Print()
      method to those classes.
    - src/gdcmFile.[cxx|h]:
      -- Added a ::Print() method.
      -- PixelConverter is now a reference instead of a member.
      -- gdcmPython/gdcm.i: added "using namespace gdcm" in order for
         gdcm_wrap.cxx to "understand" File::GetPixelConverter()