COMP: Remove deprecated calls

COMP: Remove warning about unused var /type/

COMP: Fix some more deprecated forward

COMP: Remove deprecated call from cascade deprecated functions...

BUG: Fix ProductVectorial. Big thanks to Sean McInerney for very accurate review of CVS code!

COMP: Apparently bcc5.5 and bcc6 do not provide powf. Replacing by its double colleague. Thanks to Luca and Sean for report and patch (respectively).

COMP: Fix compilation

LEGACY warnings hunting

==> Add File::TypeOrientation( ) method
/**
 * \brief  THERALYS' Algorithm to determine the most similar basic orientation
   (Axial, Coronal, Sagital) of the image
 * \note Should be run on the first gdcm::File of a 'coherent' Serie
 * @return orientation code
 *   #   0 :   Not Applicable (neither 0020,0037 Image Orientation Patient
 *   #                         nor     0020,0032Image Position     found )
 *   #   1 :   Axial
 *   #  -1 :   Axial invert
 *   #   2 :   Coronal
 *   #  -2 :   Coronal invert
 *   #   3 :   Sagital
 *   #  -3 :   Sagital invert
 *   #   4 :   Heart Axial
 *   #  -4 :   Heart Axial invert
 *   #   5 :   Heart Coronal
 *   #  -5 :   Heart Coronal invert
 *   #   6 :   Heart Sagital
 *   #  -6 :   Heart Sagital invert
 */

==>  File::GetImageOrientationPatient returns now a bool (no longer a void)
     to allow user to check the 'not applicable case'.

Updtae ChangeLog

Doxygenation

LEGACY purpose

Extend 'Restriction' syntax :
void SerieHelper::AddRestriction(uint16_t group, uint16_t elem,
                                 std::string const &value, int op)
op belongs to :

/// \brief comparaison operators
enum CompOperators {
   GDCM_EQUAL = 0,
   GDCM_DIFFERENT,
   GDCM_GREATER,
   GDCM_GREATEROREQUAL,
   GDCM_LESS,
   GDCM_LESSOREQUAL
};

Unify user interface

Add an example of use for SerieHelper

Remove LEGACY warnings

Use GDCM_LEGACY for DicomDir, as well

Fix mistyping

Warn user when something wrong happens

AnonymizeNoLoad user can now ask for anonymization of 'BinEntries'
(e.g. Private entries when the TS is Implict VR)
AnonymizeNoLoad filein=... rubout=0x0009-0x0001,0x0013-0x1100

Thx to Luca Picello for reporting pb and supplying data to fix the bug.

We can now anonymize 'BinEntries' as well

Add ArgMgrGetXInt16Enum to decode from the command line pairs of unsigned int
16, written in hexadecimal.
(usefull to allow terminal user to pass the (private) elements he wants to
anonymize)

Fix comments

Add some comments on the 'Patient Position'

ENH: gdcm now almost compile with GDCM_LEGACY_REMOVE on

Add (0018,1060) Trigger Time to the imageElem (of the DicomDir part),
to solve sone M.D. problems

ENH: Adding a deprecation mechanism to gdcm via two MACRO and two config options

Update News

Add SerieHelper::AddGdcmFile(File *header) method.
 * \brief add a gdcm::File to the first (and supposed to be unique) list
 *        of the gdcm::SerieHelper.
 * \warning : this method should be used by aware users only!
 *            User is supposed to know the files he want to deal with
 *           and consider them they belong to the same Serie
 *           (even if their Serie UID is different)
 *           user will probabely OrderFileList() this list (actually, ordering
 *           user choosen gdm::File is the sole interest of this method)
 *           Moreover, using vtkGdcmReader::SetCoherentFileList() will avoid
 *           vtkGdcmReader parsing twice the same files.
 *           *no* coherence check is performed, but those specified
 *           by SerieHelper::AddRestriction()

In order to prepare the future extension of SerieHelper::AddRestriction (key,
string, operator)
operator = { EQUAL, DIFFERENT, LESS, LESSOREQUAL, GREATER, GREATEROOREQUAL}
add method
bool Util::CompareDicomString(const std::string &s1, const char *s2, int op)

Update News

Fix misstypings

Add vtkgdcmSerieViewer to check new SetCoherentFileList ability of vtkGdcmRedaer

Add SetCoherentFileList() method, to use the 'file ordering' of
    gdcm::SerieHelper (and save some CPU time, avoding parsing twice all the file
 headers)

Comments

Use new style for Loading files

Doxygenation

Check some more usages

COMP: Fix compile warning

set FASTTAGKEY to 0 again, waiting for the complete solution of the pb

To speed up DicomDir, instead of copying -and removing the source afterwards-
 each entry of the SQItem (found after gdcm::Document parsing) towards
 the gdcm::Object  belonging to the gdcm::DicomDir, we just copy
 the chained list itself.

Comments

Typo

AnonymizeNoLoad has now one more option :
dirin=
to give the (single Patient) directory name whose content we want to anonymize.

Bug fix

ENH: Remove stupid debug code...

ENH: Ok all tests are now passing even using FASTKEY

BUG: Rahhhh std::right and std::ios::right are two completely different thing. Since std::right is not support on gcc295, I need to use setf instead

COMP: Add support for gcc295

ENH: Ok PrintFile should be working with FASTKEY 1

ENH: On win32 std::binary is necessary

DictEntry::TranslateToKey was used a wrong way in gdcm::DocEntry::Print()

BUG: grrrr not now

BUG: Fix PrintFile + minor cleanup

COMP: Forgot to change string to TagKey...

ENH: NEW FEATURE: TagKey is now a union of two uint16_t instead of string this greatly improve speed

COMP: ooops forgot about feature from VS6 (does not support ostream+string) #2

COMP: ooops forgot about feature from VS6 (does not support ostream+string)

ENH: A TagKey is a TagKey and not a string or TagName... #2

ENH: Minor cleanup

ENH: A TagKey is a TagKey and not a string or TagName...

BUG: Trying to debug jasper...

COMP: looks like a patch from Luca...

ENH: Redo the SIEMENS dictionary

Fix mistyping

Doxygenation

improve PrintDicomDir

Use new gdcm2 style for Load

Doxygenation

Reorder methods

Fix tagKey description

BUG: Remove a jpeg2000, irreversible transform momentarily... well hopefully

COMP: Fix compilation on broken compiler (scope/for loop)

Add the VISIT object within DicomDir

To remain unimpared, gdcm::FileHelper class needs also its
void FileHelper::SetLoadMode(int loadMode)
void FileHelper::SetFileName(std::string const &fileName)
bool FileHelper::Load()

New gdcm2 style syntax for Load()

End of gdcm/Example kosherization (Load related stuff)

Use new style for DicomDir loading

New features for DicomDir

Update fo new features

ENH: Fix compilation on mingw32, also minor cleanup gdcm compilation will fail right away on new unsupported plateform instead of doing cryptic messages

Begin of kosherization of Example
New 'gdcm2' style.

On the way to gdcm2 ...
Now, the stand way to use a file is :

gdcm::File *f = new gdcm::File();
f->SetLoadMode ( user say here what he wants *not* to load );
f->SetFileName("myFile.gdcm");
f->Load();

Old styles are kept, not to break the C++ API.
   - gdcm::File *f = new gdcm::File("myFile.gdcm");
- f->Load("myFile.gdcm");

Due to the syntaxic abilities of Python maybe some troubles will occur
(not sure ...)

Comment out the time consuming, never used/useless
'Extended tag' stuff for Sequence embedded Entries

Move code lines LTTG so save some CPU time.
(hope so)

Due to something stupid in the gdcm::File constructor, the file was parsed twice
when we used old style, e.g :
gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);
instead of new style, e.g. :
gdcm::File *f = new gdcm::File( );
f->SetLoadMode ( choose what you want *not* to load here );
f->Load( filename );

COMP: Finish patching gdcm for support for bcb6

According to Mathieu's requirement, Load twice the same file keeps the rseult of
the first Load (instead of doing it twice)

Now gdcmFile::Load() returns false if file is not gdcm parsable
Only gdcmDocument::Load() did it, before.
Thx to Benoit for reporting bug

Now TestAllReadCompareDicom.cxx TestReadWriteReadCompare.cxx accept a third
param, in order not to have to recompile to gdcm::Debug::DebugOn().

- Clean out the Entries if a Document is parsed more than once
- Uncomment (usefull) warning messages

Comments

- Comment out a for the moment too much verbose warning message.
- Delay some statement as late as possible, to save some CPU time when they're
useless

COMP: Fix warning about uninitialized var

COMP: Fix compilation on BCB6. Thanks again to Luca for report

ENH: Now any new compiler should be supported (not only bcc32)

ENH: Propage cmake var

ENH: Adding a cmake script to find which compiler return NULL on malloc(0)... fix typo

ENH: Adding a cmake script to find which compiler return NULL on malloc(0)

ENH: Put back testing on JPEG2000 since borland is /sort of/ supported