Allow compilation with ITK4.13.0

With initialisation of the smart pointer to NULL, it failed to compile (error of conversion from int to smart pointer). I removed the NULL

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Modify mergeDoseByRegion

Before, it summed 2 files to write the result.
But I had to modify it to be able to sum partial std. So I created 3 functions:
 -addToPartialResult with the previous code
 - addWithoutPartialResult for the first file
 - divideUncertaintyResult for the last step

Change addition from bash bc to python

Before, with floating number, the script used bc to add numbers. But it failed with scientific notation. I chose to use python to compute it

Reindentation of the ggo file

Add like option in clitkExtrude tool

Before we had to set size, spacing and origin for the new dimension
But we could want to have the same size, spacing and origin than another image.
So I add the like option

I remove the required for the size option because if like is set , size is not mandatory
I controled that like and origin, size or spacing are not set at the same time

Add clitkExtrude tool

With this tool, you can copy the image i N times along the last dimension

Convert Drag/Drop opening file function to c++ < c++11

Merge branch 'm-pilia-drop_files'

Merge branch 'drop_files' of https://github.com/m-pilia/vv into m-pilia-drop_files

Remove verbose for travis
When untar cmake

Update QVTKWidget to QVTKOpenGLNativeWidget for VTK > 8.1

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Ensure compatibility with ITK < 4.12 for throw exception

Upgrade cmake version to >3.10 for ITK 5

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script 4/n

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script 3/n

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script 2/n

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script

Open files by dropping them inside the window

Set the window to allow drag events entering it, and add an handler to
open files dropped within the window.

Remove clitkAffineRegistrationLib compilation when CLTK_USE_REGISTRATION is OFF

Ensure compatibility with newer version of VTK9

VTK remove ImmediateModeRendering due to
Does not make sense for OpenGL2 and is not implemented

Add AffineRegistration library to avoid compilation error
With a lot of cores, clitkElastixTransformToMatrix (that need clitkAffineTransform) can be compiled before clitkAffineTransform
And the gengetopt of clitkAffineTransform is not compiled leading to an error

Remove throw to avoid warning with c++11

Remove throw to avoid warnings with c++11

Update to enable GDCMv3

Ensure compatibility with ITK5
Change NumberOfThreads to NumberOfWorkUnits

cosmetic

Debug fusion display value for very small value
Use scientific representation

cosmetic and remove useless part in clitkSpect2Dicom

Remove ssh connection to creatis cluster from ccIn2p3

Rename clitkImage2DicomSeries to clitkSpect2Dicom

Functionnal version

Ensure to have the correct name for dicom files

Add description

cosmetic

cosmetic

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Merge branch 'clitkImage2Dicom'

cosmetic
Remove tabs

Add statistical tool to compute speed up for gate jobs

Correct merger in gate_power_merge

Add merger for DoseByRegions

Change default value in clitkDicomRTStruct2ImageFilter for vtk mesh

Add clitkChangeDicomTag tool

Add clitkXml2DicomRTStructFilter
To Convert Struct from Osirix (HEH) plist (.xml) file to RTStruct
Use pugixml to parse xml

Copy input direction into output in clitkImageArithmGenericFilter

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Allow to save vtk mesh in RTStruct2Image

cosmetic

cosmetic: remove tab

cosmietic: remove useless spaces

Add Option to use external GDCM
The previous test does not work with ITK > 4.13 at least

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Increase display speed while w is pressed

Remove compilation warning

Remove cout

Remove compilation warnings
Cosmetics removing tabs by spaces

Addapt if statement for older cmake

Merge branch 'ITKv5' of https://github.com/open-vv/vv into ITKv5

Merge branch 'master' into ITKv5

Add c++11 flags with ITKv5

Change from minimal version of ITK4.5 to ITK4.6

change travis

COMP: fix compilation errors for ITKv5

Set the Root Tree maximum size to 1TB instead of 1GB

Add Dockerfile

Be sure Number of Frame of Rotation exists in dicom tags

Windows compilation
Remove error due to M_PI
Remove error due to and
Remove warning due to unused variables

Add windows maths include

Add orientation in clitkImage2DicomDose

Deal with Dose Grid Scaling Dicom tag in clitkImage2DicomDose
The tag is not support by ITK 4.13 (or less) contrary to ITK 4.5.1

Be more precise for log in clitkImageArithm

#61 Remove undesired variable declaration in vvBinaryImageOverlayActor

Merge pull request #61 from djboersma/fixROIsegfault

avoid segfault when adding ROI to image w/o trafo

Update explanation about clitkExtractPatient

avoid segfault when adding ROI to image w/o trafo

we got segfaults with VV when doing the following
1. start VV
2. select CT image set (DICOM)
3. open ROI from DICOM

The segfault happened right after we had selected the names of the ROIs to be selected from the RS.* file.

After compiling VV as a "Debug" build and running the above steps in gdb, the
backtrace showed that the crash was caused in line 125 of
vvBinaryImageOverlayActor.cxx.  Apparently our CT image was represented without
any transformation at that point in the code, while the code assumed that there
would always be a transformation.

If it is DICOM-wise or VTK-wise legal for an image to have an empty vector of
transformations, then I think that my fix is sufficient.

If you think that it is anomalous that this vector was empty in our case, then
I think more work is needed. For instance, if this situation could really only
happen if the input data is somehow corrupt, then the user should get an
informative error message about that, and maybe VV just terminates after that
in a more controlled way. Or maybe VV should just provide identity trafo to
images that have an empty trafo vector. Or, less likely, maybe the image did
have a trafo but VV somehow manages to lose it? In all these cases this PR is
insufficient. I can't tell myself, because I am not an image expert. :-)

Quality SonarCloud things

close #59 #58 Change clitkAffineTransform --transform_grid
Take into account the output bounding box correctly
Correct spacing to avoid null spacing

Remove useless variable

Add saveAs function to save a text file in clitkHistogramImage

close #57 The origin is modify in autoCrop, do not modify it again in cropFilter

Update Readme.md to add SonarCloud pins

Add SonarCloud files

Update SonarCloud properties

Add sonarCloud

Add sonarCloud

Add ITK v4.13.0

Add correct travis cache

Update Travis file to manage cache failure
Add sonarcloud project

Add -e output for qsub in gate_run_submit_cluster

close #56 Remove ITK_Review dependency
 Change in clitkBLUTDIRGenericFilter from itk::LabelGeometryImageFilter to itk::LabelStatisticsImageFilter

Add new dicom tag in clitkImage2DicomDose

Add correct scaling filter for clitkImage2DicomDoseGenericFilter
Output to unsigned short int for ITK

Be sure to have the correct origin in clitkImage2DicomDose output

Use ITK-gdcm with clitkImage2DicomDoseGenericFilter

Debug verbosity in clitkImage2DicomDose

Describe clitkUnsharpMask