Brutal commit .  Frog

 Brutal commit. Changelog to come....  Frog

ajouts accesseurs
  string GetXSize(void);
  string GetYSize(void);
  string GetZSize(void);
  string GetPixelType(void);
 destinés à remplacer
 void gdcmHeader::AddAndDefaultElements(void)

Correction calcul 'gdcmZSize' dans AddAndDefaultElements.
Question : Utilité d'une telle fonction, qui ajoute des Elements non ACR/DICOM dans le PubElValSet
(problèmes lors du DCM Write à prévoir)
--> A remplacer par des accesseurs propres ?

Update for writting DCM files

  * src/gdcmHeader.h: LoadElements() is not a public method anymore
        (to avoid double call by end user).
      * Test/*.cxx LoadElements() doesn't need to be called explicitely
        by end user, since gdcmHeader::gdcmHeader now handles it. --- Frog

Fix.

  * gdcm/Doc many doxygen changes:
        - Doxyfile now has two different versions, DoxyfileUsers that generates
          the html.users end users oriented documentation and
          DoxyfileDeveloppers that generates the html.developper developper
          oriented documentation.
        - README changed accordingly
        - requirement.txt removed (old design info moved to TODO).
        - Additional files DoxyInstallation.txt, DoxyIntroduction.txt,
          DoxyMainPage.txt, DoxyPython.txt provide more information.
        - Note: the website http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/ can now
          be updated by simply regenerating the docs with doxygen and copying
          html.developper and html.users to tux:/home/httpd/html/Public/Gdcm
      * src/gdcmElValSet.cxx: stl <map>.count() can only return 0 or 1.
          Hence all the tests in the form "if (<map>.count() >1)" were removed.
      * src/gdcmFile.cxx: cosmetic changes to avoid messages of doxygen about
        ill-formed documentation sections.
      * src/gdcmHeader.cxx: ditto   --- Frog

  * gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp renamed to gdcmpyembedded.dsp.
      * gdcmPython/win32/gdcmpy.dsp trashed away (brain damaged).
      * src/gdcm*.cxx JPR's bad inclusion fixed.  -- BeNours + Frog

  * setup.py fixed for un*x (needed macro for stdint.h)
      * Test/test.cxx renamed to PrintHeader.cxx to avoid collision on
        un*ces with sh-utils test utility.
      * gdcmPython/demo/test.py renamed to PrintHeader.py
      * gdcmPython/demo/ReorganiseFiles.py new demo script added.

  * src/gdcmHeader[h, cxx] gdcmHeader now has an IsReadable predicate.
      * gdcmPython/demo/test.py changed accordingly. --- Frog

Correction of a bad cut n' paste

  * gdcmPython/Makefile.am fixed linking against libstdc++
      * gdcmPython/_gdcm.so symbolic link to gdcmPython/.libs/pygdcm.so added.
      * Swig subdir (historical tests of swig version 1.3.17++) removed
      * Test/testChangeEntete.cxx some lines commented out in order to make
        compilation work.
      * src/gdcmHeader.cxx cleaned up wild JPR's dirty kludge.
      * src/gdcmElValSet.cxx cleaned up frog's forgotten debug message

remplacement include gdcm.h

  * src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::gdcmHeader now calls LoadElements(),
        hence the user doesn't need this explicit call.
        - gdcmPython/testSuite.py, gdcmPython/demo/*.py changed accordingly
          i.e. LoadElements() call removed.
      * src/gdcmCommon.h now defines UINT32_MAX (see stdint.h).
        - src/Makefile.am declares the proper flag for g++.
      * src/gdcmElValSet.h added gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup
        for adding user defined new tags.
        - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::NewManualElValToPubDict added.
        - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::AddAndDefaultElements now
          cleanly adds some gdcm added tags (like gdcmXSize, gdcmYSize...)

exemple de changement d'entete d'une image avec extraction d'info

Calcul correct (merci, Eric!) de la longueur de chaque Dicom Group

2003-03-17 Fabrice Bellet <Fabrice.Bellet@creatis.insa-lyon.fr>
      * Makefile.am, acinclude.m4, configure.in, python.m4, Dicts/Makefile.am,
        Doc/Makefile.am, Test/Makefile.am, gdcmPython/Makefile.am,
        src/Makefile.am : the project should properly compile and install
        with the autotools, included the python wrappers part.
      * gdcm.spec.in : added a spec file for RPM packaging.

Pricipe de precaution : j'inhibe le recalcul des longueur des groupes
dans WriteDcm et WriteAcr
Ca ne sera pas génant pour les *vrais* DICOM Readers.
Ca *pourra* l'etre pour des ACR Readers un peu teigneux ...

  * src/gdcmUtils.cxx : redifinition of defaults parameters in code
      -- BeNours

Zilch. --- Frog

fusion des updates CVS

fin sac de noeuds avec #include <string>

#include <string>
#ifdef _MSC_VER
using namespace std;  // string type lives in the std namespace on VC++
#endif

#include <string>
#ifdef _MSC_VER
using namespace std;  // string type lives in the std namespace on VC++
#endif

en esperant que ca marche comme avant

ajout namespace std pour les string sous Windows

  * gdcmPython/__init__.py fix of GDCM_DICT_PATH which was not
        to exported to the environement (see gdcmPython/testSuite.py
        for usage).
      * src/gdcmElValSet.cxx, src/gdcmUtil.[cxx-h] Tokenize utility function
        moved away from gdcmElValSet.cxx to gdcmUtil.cxx.

  * src/gdcmElValSet.[cxx/h], gdcmElValue.[cxx/h], gdcmFile.[cxx/h],
        gdcmHeader.[cxx/h]: ElValSet class renamed to gdcmElValSet, and
        ElValue class renamed to gdcmElValue for obvious consistency reasons.

malloc à la plce de g_malloc

Ajout temporaire de la fonction LibIDO de lecture Jpeg Lossless

POur traiter certaines (?) images Philips pour lesquelles le File Preamble
est suivi de l'elem (0002,0001) et non pas de l'elem (0002,0000)
-pas d'autre possibilité envisageable ...-
Peut-etre

prise en compte VM > 1
(update incomplet ce matin)

declaration de dcm2acr

Pour décoder proprement les champs de 'value Multiplicity' > 1
ex : Unsigned Short, longueur 8 ...

  * gdcmPython/__init__.py doesn't crash anymore when running in
        in InstallMode or PreInstallMode but with an environement given
        value of GDCM_DICT_PATH.
      * src/gdcmDictSet.[cxx/h] coding style.  --- Frog

  * src/gdcmHeader.h and gdcmHeader.cxx Coding style + doxigenation.
      * src/gdcm.h general comments moved to TODO, and README
      * src/gdcm.h should now be seen as a user commodity (including it
        should suffice to fully use gdcm). It is nowhere including within
        any of the kernel files src/*.cxx and src/*.h.

  * src/gdcm.h splitted in gdcmCommon.h, gdcmDict.h, gdcmDictEntry.h,
        gdcmDictSet.h, gdcmElValSet.h, gdcmElValue.h, gdcmFile.h,
        gdcmHeader.h
      * src/gdcm*.cxx only include their corresponding include file
        (as opposed to gdcm.h)
      * gdcmPython/gdcm.i changed accordingly
      * Test/Makefile.am corrected and added NEWS, AUTHORS in order for
        the autogen.sh generated "make snapshot" command to work.
      * autogen.sh removed history related references to crea package.

*** empty log message ***

  * distutilsSwigCPlusPlus.py work around some swig portability
        bug.
      -- Frog

Blind fix.  Frog

  * Eventually, python/gdcmPython was renamed to gdcmPython. This
        was done in a last ditch attempt to get setup.py _really_
        operationnal. The python/gdcmPython layaout add the advantage
        of hidding away the python related distutils specific files
        (MANIFEST.in, setup.py, distutils*.py...) from the main directory.
        Alas, the src directory was out of scope (i.e. it's relative
        position to setup.py was ../src) which made things impossible to
        handle (see previous version of python/setup.py). Crossing fingers...

  * python/setup.py now works on Un*x. (harder than I thougth)
      * python/distutilsSwigCPlusPlus.py can now have include files
        among the list of sources.   --- Frog

  * src/gdcmHeader.cxx : bug fix - opening dicom file in binary !!!
      * modifications in MSVC projects
      -- BeNours

   * Compilation in debug mode sucessfully

  * Doc/Doxyfile configuration file for Doxygen and corresponding
        README file for usage added.
      * Test/testWrite.cxx added. This new test comes from a split of
        test.cxx that is now reverted to its original purpous i.e.
        testing the proper parsing of a Dicom related file.
        testWrite.cxx concentrates on testing the IO part of gdcm.
      * Test/bug1.cxx (containing a bug on WIn32) added.
      * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx, gdcmDictSet.cxx:
        - gdcmHeader::GetPubTagNames and  gdcmHeader::GetPubTagNamesByCategory
          whose purpose is to publish the content of the TagNames of the
          Dicom public dictionnary were not accessible without an
          instance of class gdcmHeader.
        - those methods are now static methods of gdcmDictSet and hence
          require no instances at all to be invocated.
        - within gdcmDictSet this change required to change some method
          to class methods (i.e. are now static) among which SetDictPath
          (renamed to BuildDictPath) and LoadDefaultPubDict.
      * python/gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py changed to illustrate
        the above changes by calling the new method classes of gdcmDictSet.
      * python/gdcmPython/__init__.py now exposes gdcm.gdcmDictSet for
        the above to be effective.
      * python/gdcmPython: in order to wrap properly the above changes
        for Python, swig version now needs to be > 1.3.17.
      * python/gdcmPython/Makefile fixed to adapt itself to new
        configure/make shema introduced by Johan Montagnat (thanks for the
        contribution). Alas this Makefile cannot be turned into a proper
        Makefile.am without some heavy changes in the configure.in
        (for python dectection).
      * python/gdcmPython/gdcm.i: the out typemap map<string, list<string>>*
        now avoids publishing the empty entries.   --- Frog

  * python/setup.py : bug fix concerning install under windows
        ExtraPath reused :-P
      -- BeNours

added dictionnary installation in autoconf

added exception classes

added autoconf tools for library (src) and C++ test (Test) compilation

  * python/setup.py : bug fix concerning install under windows
        ExtraPath reused :-P
      * gdcm.dsw : bug fix concerning path for libraries for python !!!
      -- BeNours

  * Dicts/dicomV3.dic : remove double spaces !!!
      * src/gdcmElValSet.cxx : bug fix concerning windows compiler
      * python/gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp : bug fix concerning paths
        and links
     -- BeNours

Dernier commit avant supsension provisoire des travaux DCMLib.
Je retourne à Cardio.
(pb des nouvelles images Philips à mettre dans un format traitable par FindTaggs)
See You

  * src/gdcmHeader.cxx added a post header parsing AddAndDefaultElements
        method. Doxygenation.
      * src/gdcm.h clean up of JPR spurious comments. --- Frog

  * python/distutilsSwigCPlusPlus.py now properly collects the
        shadow classes generated by "swig -c++" (gdcm.py in our case)
        when using "python setup.py install".
      * python/gdcmPython/__init__.py imports gdcm.py and only manually
        reexports the working classes.
      * src/gdcmHeader.cxx all the try/catch/throw calls were replaced
        by the classical C errno scheme. This is to prevent an obscure
        behavior of the python wrappers when importing wxPython.wx prior
        to gdcmPython (which ended up in an abort call). An illustration
        of this oddity can be found in the Test/ExceptionAndPython
        subdir (see the README file). This problem probably due to
        an combination of g++ and dynamic loading.
      * added Test/ExceptionAndPython (see above) --- Frog

  * Changed the layout of the python part to avoid bloating main
        directory with setup.py, distutilsSwigCPlusPlus.py, MANIFEST.in
        i.e. the distutils arsenal. All the python related stuff is
        again in a python subdir, but the package itself is now in
        python/gdcmPython.
      * setup.py was cleaned up:
        - pythonIncludePath removed
        - python setup.py bdist target is now functional.
      * gdcmPython/__init__.py doesn't export FileName any more (to avoid
        collision with other packages). gdcmPython/demo/*.py changed
        accordingly.   --- Frog

modif DcmWrite

Added a MANIFEST.  Frog

Zilch.  --- Frog

  * gdcmPython/setup.py and distutilsSwigCPlusPlus.py added. The
        distutils installer is operational.
      * - gdcmPython/__init__.py now properly loads the swig generated
          shadow classes (from gdcm.py).
        - gdcmPython/demo/*.py changed to import the package gdcmPython
          instead of gdcmPython/demo/load.py.
        - gdcmPython/testSuite.py changed to import the package gdcmPython.

  * python subdir moved to gdcmPython (preparation of distutils packaging).

Ajout fonction
int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier)
ATTENTION :
-->Elle ecrit *forcement* en IMPLICIT little Endian (si on a un processeur intel ...)
-->Elle part d'un gdcmFile *forcement* correct (aucun test de vraisemblance n'est fait)
-->Rien n'est encore prévu pour 'fabriquer' un gdcmHeader ex-nihilo

Ajout fonctions
int AddNewEntry (gdcmDictEntry* NewEntry);
int ReplaceEntry(gdcmDictEntry* NewEntry);
int RemoveEntry (TagKey k);
int RemoveEntry (guint16 group, guint16 element);

modifie (0028, 0005) -number of dimensions- et (0028,0200) -image location-
de VR RET pour les mettre en US
(eviter les tests épouvantables pour rien ...)

ajout quelques fonctions pour WriteDcm

ajout fonctions
int SetShaElValByName(string content, string ShadowTagName);
int SetShaElValByNumber(string content, guint16 group, guint16 element);

Ajout fonctions
int gdcmHeader::SetPubElValByNumber(string content, guint16 group, guint16 element);
int gdcmHeader::SetPubElValByName(string content, string TagName);
int ElValSet::SetElValueByNumber(string content, guint32 group, guint32 element);
int ElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName);

harmonisation des codes retour UNFOUND et gdcm::Unfound

remplace UNFOUND par gdcm::Unfound

ajout quelques fonctions gdcmFile

commentaires

gcdmPutDataHere
(A VOIR : comment unifier le code avec GetImageData)

Prise en compte du Swap des Pixels

Ajout de quelques Accesseurs pour la Transfert Syntax.
IsExplicitBigEndianTransfertSyntax IsJPEGSpectralSelectionTransfertSyntax, etc...
(Je ne suis pas sur que ce soit la bonne maniere dee proceder.
Il y en a VINGT-CING en tout,
J'ai craque au bout de 8 ...
Y a-t-il la possibilite de faire chose generalisable ?

Commenataires?

  * src/gdcm.h, src/gdcmHeader.cxx: added GetPubTagNames() resp.
        GetPubTagNamesByCategory() to gdcmHeader that return a list of the
        entries within the associated public Dicom dictionary resp. the same
        information but sorted by the fourth field (PAT, IMG, DIR) of the
        dictionary.
        - Dicts/dicomV3.dic Entries which had and unspecified fourth field
          are now in the "???" group.
        - python/gdcm.i changed accordingly,
        - python/demo/printGroupedPublicDict.py added, that gives an example
          of the above new functionalities in Python.  --- Frog

  * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx:
        - historic references to glib's g_malloc and g_free (#defined)
          were definitively removed.
        - gdcm.h: cosmetic changes (part of comments moved to Doc/requirements)
      * src/gdcmElValSet.cxx:
        - GetElement(guint32, guint32) renamed to GetElementByNumber.
        - GetElValue(guint32, guint32) renamed to GetElValueByNumber.
        - GetElValue(string) renamed to GetElValueByName.
        - Added GetElementByName(string).
      * src/gdcmHeader.cxx: added
        - GetPubElValRepByNumber(guint16, guint16)
        - GetPubElValRepByName(string)
        - GetShaElValRepByNumber(guint16, guint16)
        - GetShaElValRepByName(string)
        - GetShaElValByNumber(guint16, guint16)
        - GetShaElValRepByName(string)
        - GetElValRepByNumber(guint16, guint16)
        - GetElValRepByName(string)
        - GetElValByNumber(guint16, guint16)
        - GetElValRepByName(string)
      * Doc/requirements.txt added.  --- Frog

Win32 sux !   --- Frog

  * Test/Makefile building now depends on the one of libgdcm.so
      * src/gdcmHeader.cxx and gdcm.h are now OB (undefined length encoded
        pixel data) aware which enables finding the address (offset) of
        the pixel data of JPEG encoded DICOM files. This leaves only a single
        file in the testSuite whose pixel data address (offset) is unknown.
      * python/testSuite.py changed accordingly. --- Frog

2002-12-6 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
      * wrapping python correct with standalone wrapped dll (don't use separate
         dll under windows !!!!)
      * removed glib references
      * typedef's inserted in gdcm.i for correct swig type management
      * python21_d MODE DEBUG enabled (ask Frog how to use it)
      * NO problem with having an STL member of class for example string in C++
      * PYTHON TEST OF DCMLIB OK UNDER WINDOWS ON A LARGE SET (one) of IMAGE(s).

Forgotten comments. --- Frog

Updated INSTALL.   --- Frog

  * python/demo/*.py load.py extracted from test.py. Added explore.py
        that only displays required tags and testAll.py that parses all
        the files of the testsuite without using unittest.
      * python/testSuite.py other additional test on new files added.
      * Data/* new test files added accordingly to the testSuite.
      * src/gdcmHeader.cxx avoid overwriting of the dictionary when
        the vr in the file differs from the one of the dictionary. --- Frog

  * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx gdcm no longer loads all the elements
        values, but limits itself to values which are below a user specified
        size (by default 1024 bytes).
      * python/gdcm.i : elements not loaded (because their size is above the
        user specified treshold) are exported with their TagKey as key of the
        python dictionary. This enables the testsuite to make some checks
        on the unloaded elements (since we have their offset and size).
      * python/testSuite.py
        - now tests for the existence and proper value of the pixel data
        - two new examples added.
      * Data/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr[12] added.   --- Frog

  * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx are now "Big Endian transfer syntax"
        aware. See the strategy comments in gdcmHeader::FindeLength().
      * Test/test.cxx now accepts a filename as first argument.
      * Data/US-PAL-8-10x-echo.dcm and US-RGB-8-epicard.dcm added.
      * python/testSuite.py changed to integrate test on above files.  --- Frog

  * Dicts/dicomV3.dic removed all the trailing (RET) when the
        the vr was also RET.
      * python/testSuite.py more tests added.   --- Frog

  * python/testSuite.py unittest test suite added (uses Data)
      * Data/* dcm and acr files for the test suite.
      * glib dependance removed from un*x version. We now use ISO C99
        7.18 Integer types (see stdint.h)
        - python/Makefile, src/Makefile src/gdcm.h
      * src/ when an explicit vr (like dicom files) suddenly poped an
        implicit element we use to mark the underlying DictEntry of the
        concerned ElValue with "Implicit". This strategy was damageable
        too the public or provite dictionaries, since some of their vr
        would be changed. Since Header::FindLength heavily relies on the
        detection by Header::FindVR of falsely explicit elements, I
        added an extra ImplicitVr member to ElValue (boolean).
        The rest of the changes we the necessary adaptations.  --- Frog

  * src/gdcmHeader::FindLength bug fix when trapping falsely explicit
        VR files.
      * src/gdcmHeader::FindVR: hard way fix of falsely explicit vr files.

Fix of stupid bug

Windows project

  * Adaptation for porting to VC++:
        - src/gdcm.h
          o forced to use std namespace (for string to be known)
          o all class use __declspec export style on WIN32
        - src/gdcmUtil.cxx new Exit method that wraps the exit call
          (in stdlib.h on Win32 but in std:: for gcc)
      * src/gdcmDictSet::SetDictPath adds a trailing / to environement
        variable GDCM_DICT_PATH.
      * src/gdcmHeader.cxx verbose comments made discrete. --- Frog

Win32 project

First try on win32

  * python/gdcm.i: added a typemap that converts a C++ hashing table
        to native Python dictionary.
      * python/demo/test.py:
        - now uses the native dictionary for exploration of gdcmHeader.
        - takes an optional filename argument (the file to parse).
      * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx: gdcmHeader now has an accessor on
        PubElVals hashing table.
      * Dicts/dicomV3.dic removed error prone trailing spaces.  --- Frog

  * Python wrapping process moved away from src/Makefile to
        newly created python/Makefile (as well as gdcm.i)
      * python/demo/test.py (that mirrors Test/test.cxx) is effective.
      * src/gdcmHeader::FindLength only looks for current vr when necessary.
      * src/gdcmDictSet.cxx: the dictionnaries directory path is now imported
        from the environement variable GDCM_DICT_PATH (when existing).
      * src/gdcmDict::GetTag bug fix.   --- Frog

   * Straightforward temporary fixes for swig to build the python wrappers.
     src/Makefile now has a python working entry [by working we mean
     that we can import de shadow classes without errors]. --- Frog

  * hashtest.cxx removed (since allready in Test)
      * src/gdcmlib.h renamed to src/gdcm.h
      * src/dcm.i renamed to src/gdcm.i
      * src/Makefile prepared for python wrapping  --- Frog

  * src/gdcmHeader.cxx :
        - Parsing of header is now separated from loading of element values
          (see gdcmHeader::LoadElements).
        - general clean up of hopefully all file access (creation of
          ReadInt16 and ReadInt32)   --- Frog

  * src/gdcmHeader.cxx :
        - RecupLgr renamed to FindLength and cut off with new IsAnInteger
          method.
        - SetLgrElem renamed to SetLength
        - GetLgrElem renamed to GetLength
        - ~gdcmHeader() made virtual to pesky warning messages at compile.
      * src/gdcmElValSet.cxx fixed both GetElValue methods
      * Dicts/dicomV3.dic falacious entry [7fe0 0010 OT PXL Pixel Data]
        due to IdoDude was cleaned out.   --- Frog

Test of the cvspserver2.  -- Frog

  * src/gdcmHeader.cxx RecupLgr split in FindVR and RecupLgr. FindVR
        concentrates on finding the value representation (when it exists).
        RecupLgr now only finds the element value length, and it avoids
        returning the unecessary skL (skipped length).
        Also, offsetCourant was simply removed (with taille_fich) since
        it was redundant with the File position internals (by using
        ftell and fseek). This also made skL (see above in RecupLgr) usage
        jajun.
      * src/gdcmHeaderIdo.cxx src/gdcmIdo.h added. Those files concentrate
        on the libido specificities which are handled through class
        inheritance.
      * Test/implicit_vr.dcm dicom v3 in implicit value representation
        added.   --- Frog