itkv4 migration

- Add call to SetDirectionCollapseToSubmatrix needed by the
  ExtractImageFilter.

itk4 Remove ITK_USE_OPTIMIZED_REGISTRATION_METHODS

- Bypass all ITK_USE_OPTIMIZED_REGISTRATION_METHODS with ITK 4. All
optimized version are now the normal version in itk4.
- Include itkImageToImageMetric.h instead of itkOptImageToImageMetric.h
- Rename GetJacobian to ComputeJacobianWithRespectToParameters.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

error in the install of segmentation tools

itk4 Rename DeformationField to DisplacementField

Revert "[BUG] Use POSIX local before call to GDCM"

This reverts commit a1dbb1f955409410f9402f9f257482a03bb5d5d6.
Corrected by 98eb0c23b8066792d7a77e571fb7d48c9fe02db6.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

locale bug in vv with French

- An error when resetting the locale to its original value caused the previous setting to be undone...

[BUG] Use POSIX local before call to GDCM

- Force the use of POSIX local to read dicom headers with gdcm

Revert "itkv4 migration: Rename itkBSplineDeformableTransform to itkBSplineTransform"

This reverts commit ba207d8b674671e4e3e1ce6d4171e84474c4cfd9.

itkv4 propagate Transform<*>::NumberOfParametersType

- Propagate itk::Transform<*>::NumberOfParametersType typedef into our
homemade transforms.

itkv4 Replace ITK_TYPENAME by typename

- ITK_TYPENAME disappeared in itkv4. It was in itkv3 to remove some warning
with MS VC++ 6.0 which is not supported by itk anymore.

VTK 5.8.0 introduced a bug with overlay and fusion: default values for
output origin and spacing of vtkImageReslice had changed and the proper
functions were not used for their initialization. Fixed.

Removed unused files

Remove clitkBSplineDeformableRegistration from CMakeLists also...

Removed clitkBSplineDeformableRegistration which was not supported
anymore. Prefer using clitkBLUTDIR --itkbspline.

Added option itkbspline to use itk::BSpline instead of multilabels BLUTs

Added Get function for the vector of transforms

uint compilation error on Windows

Remove /lib from INSTALL_RPATH properties

- only needed on my computer with itkv4

Merge commit '488f24aa984ae24adc9458bf5fbf3b2351415742'

Conflicts:
registration/clitkBSplineDeformableRegistrationGenericFilter.txx

merge master

Attempt to make clitkBSplineDeformableRegistration work

itk4 Renaming

- Rename GetJacobian to ComputeJacobianWithRespectToParameters
- Call Transform constructor without OutputDimension parameter
- Rename m_Jacobian to m_SharedDataBSplineJacobian and declare it

itk4 Rename DeformationField to DisplacementField when necessary

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Bug in clitkMedianTemporalDimension

- median taken was one position before or after the real median. results were actually unpredictable...
- also optimized the code a bit...

Limit uniformity test to first 3 dimensions (usually the spatial ones)
    to avoid problems when spacing was randomly assigned in 4th
    dimension

Allow unlinking of window/level of overlay, enable ctrl+w for local
windowing of fusion and overlay image

Added compression option to clitkImageConvert

[BUG] clitkImageInfo wasn't installed

- Replace clitkDicom2Image by clitkImageInfo CMakeLists

clitkTransformLandmarks

- can now transform using a matrix (file) and/or spacing (cmd line)

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

itkv4 migration: Rename DifferenceImageFilter to ComparisonImageFilter

itkv4 migration: Rename itkBSplineDeformableTransform to itkBSplineTransform

bug in create_mid_masks-2.0.sh

- "source ./variables" was in the wrong place

registration script more robust to parallelization

- elastix's parameter file is now created with a suffix

more name conflicts

resolving script name conflicts

new midP related scripts

- they are also installed when make-installing

solved locale related bug

- problem appeared when opening dicom files in a "French" machine

renaming filetest name

test for binarizeImage FG, lower 0.1556

test --mode BG for binarizeImage

tmpnam_s for windows

definition of test_Tool_Path

remove toolsTest using google framework

remove vvTests because of google framework...

removing warnings: unused variable, tmpnam

Add RemoveTag

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Add SliceBySliceSetBackgroundFromPoints, GetMinMaxBoundary, FillRegionWithValue

Change 3 by ImageDimension

obsolete since the user manually update his repo

The data repository must be cloned and pulled by the user

corrections for RPATH in clitk's make install

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

small changes in scripts

make install clitk (only what was built)

nightly start time is only needed when scripting.
No reasons to let it here

replaces round by itk:Math:Round (because round not found in Msvc2008)
replaces uint by clitk::uint because uint not available in windows
replaces typename outside template declaration (msvc compilation error)

create_mhd_4D

- avoid recusrive directory searches
+ find -maxdepth 1 ...

compilation of clitkPadImage

clitkExtractPatient's memory use...

...has been improved by releasing intermediate image data
- special cases may still use a lot of memory, but this is an ITK issue

fine tuning clitkPadImage

corrections in padding tool

add final opening

Add initial step: select BB supports.

Add clitkAnd, SliceBySliceSetBackgroundFromSingleLine, FillRegionWithValue

Add clitkAnd, SliceBySliceSetBackgroundFromSingleLine, FillRegionWithValue

Add post limits with VertebralBody and ant limits with Sternum.

add final opening

add final opening

Add final open

Add initialisation to avoid warning

Change default (bug): CCLSelection is off by default (we do not consider a single Connected Component Label in the object)

Correct bug: when crop is only performed along a single direction.

add initialisation to avoid warning

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Conflicts:
tests/tools/CMakeLists.txt

tests for clitkGet*

update of TOOLS_PATH in tests

tests for getSpacing and getInfo

getSpacing

Added FindGengetopt.cmake which compiles gengetopt if not installed.
Also upgraded cmake version required to 2.8 because was solving issues
regarding ADD_DEFINITION with quoted strings

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Padding tool

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

optional opening after 1st step in ExtractPatient

- controlled by the radius given on the cmd line

macro for SET_IF_NOT_SET

Allow submit to other dashboard than vv's dashboard

clitkImageInfo tests

obsolete dartConfig file

renaming clitk_data_path in clitk_test_data_path
"factorizing" git repo in CTestConfig

publishing to vv's dashboard

testing with a simple executable

fetch data pull or clone

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

scripts to pull data
todo : pull instead of clone if it already exists

Modification for nightly builds