ENH: update for JPEG cleanup and RLE cleanup toward a gdcmCompressor super class

ENH: Yet another pass to get RLE stuff similar to JPEG. I am still unhappy with the increment of Raw. Ideally the compressor superclass should hold this pointer instead of passing around subRaw thingy

ENH: Getting toward a nice gdcmDecompressor. Now RLE and JPEG are getting similar in behavior. Also patch vtkgdvmViewer since I couldnt see D_CLUNIE_RG2_RLE.dcm properly...

STYLE: remove GetNextttttt + minor Doc

ENH: Pass 2 at cleaning the JPEG mess. Still some work to do, but things are getting done

BUG: Remove mem leak.

ENH: Huge commit to remove the previous implementation for jpeg/fragments/multiframes. Use full potential of IJG, one of the best written io library. IJG rocks

Correct misstyping

 Update ChangeLog :

   * SerieHeader::SetDirectory() allow recursive exploration of the Directory
* SerieHeader::AddFileName() creates as many Coherent Files lists
              (same Serie UID) as it founds different Serie UID
   amongst the files insead of discarting any file
that doesn't match with the first one he found.
* SerieHeader::OrderGdcmFileListhas now pne parameter :
               the Coherent Files list the user wants to sort
   * SerieHeader::GetFirstCoherentFileList()
   * SerieHeader::GetLastCoherentFileList() allows to parse
               the set of Coherent Files lists
   * const SerieHeader::GdcmFileList &GetGdcmFileList() is kept, for backwards
               compatibility (it returns the *first* Coherent Files list,
since there was only one before)
* Test/TestSerieHeader gets gdcmData as a default root directory

Cosmetics

update CmakeLists.txt

* SerieHeader::AddFileName() creates as many Coherent Files lists
              (same Serie UID) as it founds different Serie UID
   amongst the files insead of discarting any file
that doesn't match with the first one he found.
* SerieHeader::OrderGdcmFileListhas now pne parameter :
               the Coherent Files list the user wants to sort
   * SerieHeader::GetFirstCoherentFileList()
   * SerieHeader::GetLastCoherentFileList() allows to parse
               the set of Coherent Files lists
   * const SerieHeader::GdcmFileList &GetGdcmFileList() is kept, for backwards
               compatibility (it returns the *first* Coherent Files list,
since there was only one before)

Update News

Hope TestDicomDir will be aware of DicomDir stuff errors ...

DicomDir was broken , but TestDicomDir was not aware about it ...

COMP: Solve both problem of push_back missing in VS6 (already fixed) and no need to call reverse anymore

Cosmetics

Now SerieHeader::SetDirectory() allow recursive exploration of the Directory

*** empty log message ***

   * Remove friend between PixelReadConverter and RLEFramesInfo,
     JPEGFragmentsInfo
   -- BeNours

   * Remove friend classes between DocEntry and File
   -- BeNours

   * src/gdcmFile.cxx, gdcmDocument.cxx : fix the bug on the group|element
     0002|0000. The value was incorrect.
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add the gestion of UID
   -- BeNours

   * src/gdcmUtil.cxx : compilation fix on Win32
   * src/gdcmUtil.[h|cxx] : Set the default GDCM UID in a static constant
     variable, to be easy found. Add methods to change the default UID.
     Amelioration of the CreateUniqueUID to use the correct default UID.
   * src/gdcmFile.cxx : correct use of the CreateUniqueUID method to create
     a new file
   -- BeNours

   * Test/TestVR.cxx : fix memory leaks
   -- BeNours

ENH: Rewrite the base conversion from base 256 to base 10 using string operation only, this allows us to get rid of the problem with 64bits integer

Update ChangeLog

Add some more info in News

Test Coverage

- Add construct and destructor to class gdcm::Debug to close the debug file
automatically
- Don't let uset to open twice the same file

   * Test/TestAllEntryVerify.cxx, makeDicomDir.cxx : fix memory leaks
   -- BeNours

Test coverage

gdcm has now an official UID prefix,
supplied by http://www.medicalconnections.co.uk
1.2.826.0.1.3680043.2.1143
(Thx to Mathieu for providing URL)

   * move RLEInfo & JPEGInfo from Document to File
   -- BeNours

Renaming some local variables + test coverage improvement

Add a forty entries private Dicom Dictionary (Philips MR Intera)
to be able to perform some more tests

   * FIX : remove so many friend between classes
   -- BeNours

   * gdcmPython.i : add gdcmContentEntry
   * Example/TestPapyrus.cxx : amelioration

Contructors and Destructor are now protected,
in order to be sure no user will try to use them.
(at user level, only the children classes are meaningfull)

   * remove ContentEntry::Write() code, yet the method is 'pure virtual'
  (coverage will be better ;-)

   * gdcmPython/demo/vtkGdcmWriter.py.in : bug fix

   * FIX : remove so many friend between classes
   -- BeNours

Friend hunting + typo

Typo

   * src/gdcmDocEntrySet.cxx : Bug fix when getting the value
   * src/gdcmContentEntry.[h|cxx], gdcmValEntry.cxx : amelioration of code
   -- BeNours

Update ChangeLog

   * Test/VTKTest*.cxx : bug fix under linux
   -- BeNours

   * src/ : rename some methods on Entry (SetXxx, InsertXxx) to have a better
     use with python. Some methods ard moved from Document to ElementSet or
     DocEntrySet. The equivalent methods to ElementSet have been added to
     SQItem and are virtual in DocEntrySet. Methods that may have the same code
     in SQItem and ElementSet is directly placed in DocEntrySet
   -- BeNours

Doxygen warnings : I forgot this one

Fix Doxygen warning

Update some comments

In ordrer to avoid missbehaviour :
gdcm::DocEntry is now specialized in
- gdcm::SeqEntry (Dicom Sequence) as opposed to :
- gdcm::ContentEntry (Dicom entry with a 'content')

gdcm::ValContent is now specialized in
 - gdcm::ValEntry (Dicom entry with a std::string representable value, i.e.
 characters value, or integers)
 - gdcm::BinEntry (Dicom entry with a non strig representable value

 (user hasn't any longer to thing about the precedence of his dynamic_casts)

   * Test/VTKTest*.cxx : remove the show variable in each test method because
     it's useless (the viewer variable replace this variable)
   -- BeNours

   * src/gdcmDocument.cxx : bug fix on potential memory leak
   * src/gdcmSQItem.cxx : initialize the SQItemNumber value in the constructor
   * src/gdcmSQItem.[h|cxx], gdcmElementSet.[h|cxx], gdcmDicomDir*.[h|cxx] :
     Add ClearXxx methods to remove all the content of the list or map
   * gdcmDocEntrySet.h : add GetFirst/NextEntry in pure virtual
   -- BeNours

ReplaceOrCreare renamed as Insert

methods ReplaceOrCreate renamed as Insert
(nobody will be any longer confused by 'CreateOeReplace')

Fix compile warning

Stage 3 of normalization :
in order to avoid any missunderstanding while reading method names :
- All the methods xxxEntry now deal with dicom Entries
- Methods GetEntry splitted into
   GetEntryValue
GetEntryBinArea
 - Method SetEntry renamed as SetEntryValue
 - Method SetEntryBinArea let as it was

 - Add empty nutshell for JPEG-LS
 - Now Fragments info is get from the file, even for JPEG2000 and JPEG-LS

ENH: Grealty simplify the JPEg decompression, no need to differenciate based on the JPEG possible type (with/without fragment, with/without multiple frame). Everything is done throught the JPEG IO Suspension mechanism in IJG

   * src/gdcmDicomDirElement.h, gdcmDict.h : rename AddNewXxx methods to AddXxx.
   * src/gdcmDict.h : rename GetDictEntry moethod to GetEntry, to be coherent
     with other method names
   * gdcmPython/gdcm.i : bug fix. Add the typemaps for the TagName type
   * Test/TestDicomDirElement.cxx : add new test
   -- BeNours

COMP: Fix compilation warnings on SGI and Visual Studio

Some normalizations :
- Move some methods to parent class
- Position correctly the entry points for JPEG2000 and JPEG-LS
  (JPG-LS in NOT jpeg 'lossless')
- Remove deprecated and useless methods
- Update comments
- Update Doxygenation

ENH: update for CreateUniqueUID

BUG: ostream opeartor << is only defined for __int?? but not unsigned __int??. Fallback to previous implementation. According to implementation char/short/int have fixed lenght in Microsoft world. For more info look for /error C2679 __int64/

STYLE: Better approach to work around the timeval definition. Use type directly instead of pointer therefore we have implicit cast that works great

BUG: provide a default implementation for GetcurrentThreadID.

COMP: Dont know what bool is used for

COMP: MacOSX does not respect opengroup definition of timeval which has a time_t tv_sec, but rather define tv_sec as a long

BUG: there was a problem with uint64_t. C99 clearly specify that vendor compiler should provide a stdint.h file. If not include inttypes (HPUX, SunOS). And on broekn platerform Win32 provide the proper typedef (it used to be broekn on Win64).

   * bug fix for compilation on MSVC6
   * gdcmPython/gdcm.i : rename of classes missed
   -- BeNours

BUG: was leading zeroes in numeric components. This is illegal, according to PS 3.8 Annex F and PS 3.5 Section 6.1 and ISO 8824. Also remove the union this is a bad idea when working on little and big endian machine, the result was not constitant across endianess

ENH: Add new test using dciodvfy from the dicom3tools package (David Clunie)

BUG: On Win32 64bits integer are a pain to use

ENH: Minor tweaks to synchronize with ITK

ENH: Encode the MAC Adress only on 15bytes now

ENH: Add test for GetCurrentDateTime. The two calls show a difference of one millisecond on my system

ENH: Add two new methods: GetCurrentThreadID and ProcessID. This could be usefull to generate the DICOM UID. Also reimplement GetCurrentDate / GetCurrentTime in only one call since we could be right at the edge of midnight and the two function call would not be consistent. Also this simplify the implementation of GetCurrentDateTime and add millisecond precision (yes we write DICOM quite fast)

Begin of 'friend' classe hunting.
We miss GetLastEntry and GetPriorEntry methods to be able to remove
 any direct reference to ElementSet::TagHT by DicomDir

Forget this one (forget to remove now useless gdcmHedaer)

Stage 2 of names normalization
Forgot to cvs add gdcmFile.* :-(

Stage 2 of names normalization :
- A gdcm::Document is now either a gdcm::DicomDir or a gdcm::File
     (easy to understand ...)
- gdcm::FileHelper replaces old class gdcm::File

First stage.
Forget JPEG :-(

   * gdcmDicomDirElement.[h|cxx] : change the AddEntry method. Now, it gets a
     type and not a string. So, there remove problems on the format of the
     string.
   -- BeNours

First stage :
This one should avoid further troubles

First stage ...
*actual* removal of old files shown some misstyping

First stage :
Oops ! Forget to remove old files

First stage of name normalisation : gdcm::File replace by gdcm::FileHelper
in src, Examples, Test, vtk, gdcmPython

   * src/gdcmDicomDirObject.h : set the FillObject method in protected.
     Thus, DicomDirXXX are created with a flad that indicates if the created
     object is empty or not (when not empty, the DicomDirElement is used to
     fill the object)
   -- BeNours

Final bugg fix.
TestPapyrus  - reads a Papyrus file (gdcm::Header compliant),
             - gets the pixels of all the images, using low level iterators
 - writes an multiframes Dicom image.
(Just to show it's *possible* to do that)
Uses SQItems accessors (we could use it as a 'Test' program, to improve test
coverage ...)

*** empty log message ***

General .h typo unification

The following methods
>    DocEntry *GetDocEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
>    ValEntry *GetValEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
>    BinEntry *GetBinEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
>    SeqEntry *GetSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
now belong to gdcm:ElementSet class

   * src/gdcmDicomDir.cxx : simplify the NewPatient method, like made in
     gdcm::DicomDirPatient, gdcm::DicomDirStudy, gdcm::DicomDirSerie
   -- BeNours

   * src/gdcmSQItem[h|cxx] : rename some methods to have coherent names
   -- BeNours

   * src/gdcmDicomDir*.[h|cxx] : rename methods to be logik in their name.
     Remove all access to the hash-tables or lists in the objects.
   -- BeNours

   * src/gdcmDebug.h : remove the Debug test in the gdcmErrorMacro
   * src/gdcmDocument.[h|cxx] : rename the Initialise method to Initialize, to
     be complient with all the gdcm source code
   -- BeNours

Add a *very* simple test program to read the frames of a Papyrus image,
using low level accessors
(Not yet fully checked)

   * src/gdcmDocEntry.h : DocEntry is now secure. User can't change the
     DictEntry or the VR.
   -- BeNours

typo