Convert coeffs to VF with itk bspline

- conversion with BLUT has bugs (grid appears in VF's jacobian with anisotropic spacing)
- disabled 4D convertion (spatio temporal)
- conversion with BLUT still possible (type = 1, not default)
- input coefficient image is always in BLUT style
- input is converted to is converted to ITK style (one image per component) if type = 0

fusion and image colormaps are now equivalent

- changed value range to (1, 1)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

corrected bug in fusion opacity with double values

corrected bug in fusion with double values

bug in mhd 4D creation

ComposeVF with type 0 as default

correction in ComposeVF options

accepts suffix for 4D mhd creation

changes in CoeffsToDVF interface

- affected tools...

new tool: clitkCoeffsToDVF

- converts a BLUT-coefficient image to a DVF

more robust clitkExtractLung

- quits with exception when no seed is found for trachea

refactoring...

- Put coeff to dvf function in separate file, as a global function
- Changed affected files/classes

image warping using B-Spline coefficients

- uses the resolution of the input image for the output

Invert VF from B-Spline coefficients

- Interpolate VF first, from coeffs, using --like image

VF composition with BSpline coefficients

- output resolution taken from --like image

invert Vf on given image grid with resampler

- linear interpolation (itk resampler's default)
- undoes previous version

invert VF on given image grid

- with --like option

Adapted crop for vector fields with partial specialization to generate
exceptions for AutoCrop of VF

Provide ADD_DEFAULT_VEC_IMAGE_TYPES for generic VF filters

BUG Don't try to change the VF color on cancel.

- Test the validity of the color returned by the QColorDialog before
  changing the VF color.

Add Overlay properties to SaveState / ReadState

- Use vvSlicerManagers to Get/Set Overlay properties.

Add Fusion properties to SaveState / ReadState

- Add constness on QTreeWidgetItem.
- Use vvSlicerManagers to Get/Set Fusion properties.

Add constness some getters

Remove tmp files

- Remove tmp files after executing the script
- use mktemp instead of /tmp/$RANDOM

midpP: combine VF's after inverting and composing

use of coefficient images in mid-P creation

--focal_origin works again

Possibility to add a VTK image to vvImage

more robust motion mask script

dicom structure in cmd line

- --contour <FILE>
- in the same way as overlay/fusion/vf

motion masks with and without bands

Adapt CMakeLists to include it from other projects

Remove useless common.cmake inclusions

Add VTK_LIBRARIES variable for vtk < 5.8.0

Add VTK_LIBRARIES variable for vtk < 5.8.0 and use it.

midp masks use new clitkExtractLung version

new 4D files as output of midp script

Factorize CMakeLists

- Factorize CMakeLists to allow their use in other projects.

itkv4 migration

ExtractLung - Small corrections in verbose mode

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Revert "itkv4 migration use itk::ThreadIdType"

This reverts commit a6957c4825e83c61b977ec316dd841878617ffbd.

Trachea finding algorithm

- version used in LOLA11
- preserved original version
- new "type" parameter to choose between algorithms
- algorithm-specific params

working version of new trachea finding algo

- the one used in LOLA11

Optional options corrected

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fixed fusion panel size and change default threshold values

+ Span image value on more columns to avoid interface motion when values
  have more or less digits.
+ Use 1% as default threshold value and 30% as default transparency
  value.

Added patient mask resampling

- corrects problem when using clitkCombineImage in the mid-P calcs

Applied clitk indentation

GateAsciiImageIO is now cross-platform using itksys::RegularExpression

Fixed MSVC warning

Define mkstemp for MSVC. Not sure if it also works for other compilers
on Windows

Gate text file I/O is not cross-platform due to regex, compile only on unix

Add quotes in case variables are not defined

Use the gnugetopt.h header part of gengetopt instead of cygwin's

Subdirectory filters has been removed

Removed warnings

itk4 migration

- m_Parameters disapeared in itk4. Don't use it in our
  ImageToImageMetric.

Remove warnings

- Remove warnings with -Wall
  It remains some warning about gengetopt generated files
- Use ImageDimension instead of 3 in some filters

Bug #650 crash with --fusion and --overlay

- Check if the file exists before opening it

BUG seed_arg was used instead of seedRadius_arg

Add seedRadius option to clitkRegionGrowing

- Add seedRadius option to clitkRegionGrowing to allow ball of seeds
  instead of single pixel seed.

returned normal function to overlay menu

itkv4 migration use itk::ThreadIdType

- Add a typedef on unsigned int for itk 3.20 compatibility
- Use itk::ThreadIdType where needed

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Add missing basename call after.

Corrected bug with button All: W/L was read from spin box which
resolution is limited by text

Corrected tab key bugs for one image and reverse order with shift

Motion mask without resampling

- Remove resampling if create_midP_masks-2.0.sh is called without
  resampling arguments

BLUT transform in threaded mode

- Guarantees that the treaded version of the class will be invoked
+ obs: this change has no effect on the current version (of clitkBLUTDIR) yet, it's just for consistenty with similar changes made in clitkResampleImage

new VV option: --linkall

- links all images given in the command line

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

BUG with gcc 4.1.2 unnecessary typename

- remove unnecessary typename

Merge branch 'testblut'; commit 'c134c94'

change in midP script to create 4D warped image

Cat image tool

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

added target image translation in gamma index

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Be compatible with itk 3.20 with debug on

BLUT interpolation is really fast ... again!

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

remove gitignore

add first version of LabelOverlapMeasuresImageFilter (dice computation)

Change output display

Comment CricoidCartilag limit (put in support)

New way to extract support

Simplify 4R 4L seg

Second version of rel pos analyzer

Remove old stuff

New ComputeOptimalThreshold

Correct angle units

To be consistant, crop strictly above (not above or equal)

Second version of databse of rel pos

First version of rel pos database builder

First version of the builder of relpos database

Explicit units for Angle (rad or deg)

corrections in mid-P scripts

- when checking clitk tools' return values

clitkExtractLung - new option

- doNotSeparateLungs