From 25efc388a88895fc1ba2b961d5f27488ab3c073c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: jpr Date: Mon, 10 Mar 2003 10:39:04 +0000 Subject: [PATCH] =?utf8?q?Pour=20d=E9coder=20proprement=20les=20champs=20d?= =?utf8?q?e=20'value=20Multiplicity'=20>=201=20ex=20:=20Unsigned=20Short,?= =?utf8?q?=20longueur=208=20...?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=utf8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- src/gdcmCommon.h | 4 + src/gdcmElValSet.cxx | 224 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++-- src/gdcmElValSet.h | 1 + src/gdcmFile.cxx | 38 ++++++++ src/gdcmFile.h | 1 + src/gdcmHeader.cxx | 19 +++- 6 files changed, 275 insertions(+), 12 deletions(-) diff --git a/src/gdcmCommon.h b/src/gdcmCommon.h index ba376a42..4041279b 100644 --- a/src/gdcmCommon.h +++ b/src/gdcmCommon.h @@ -7,11 +7,15 @@ #include #define guint16 uint16_t #define guint32 uint32_t +#define gint16 int16_t +#define gint32 int32_t #endif #ifdef _MSC_VER typedef unsigned short guint16; typedef unsigned int guint32; +typedef short gint16; +typedef int gint32; #endif #ifdef _MSC_VER diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx index cd60c764..cfdae3cf 100644 --- a/src/gdcmElValSet.cxx +++ b/src/gdcmElValSet.cxx @@ -3,6 +3,11 @@ #include "gdcmUtil.h" #include "gdcmElValSet.h" + +#include +static void Tokenize (const string& str, vector& tokens, const string& delimiters = " "); + + TagElValueHT & ElValSet::GetTagHt(void) { return tagHt; } @@ -142,8 +147,13 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) { guint32 lgr; const char * val; string vr; - guint32 val_int32; - guint16 val_int16; + guint32 val_uint32; + gint32 val_int32; + guint16 val_uint16; + gint16 val_int16; + + vector tokens; + void *ptr; char str_lgrCalcGroupe[10]; @@ -166,6 +176,8 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) { // // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c + if (0) // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment! + for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag){ @@ -189,7 +201,7 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) { } if (deja) { - sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); + //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe); lgrCalcGroupe = 0; } @@ -208,7 +220,6 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) { lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe); - } } @@ -224,11 +235,6 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) { for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); tag2 != tagHt.end(); ++tag2){ - - // Question : - // peut-on se passer des affectations? - // - passer l'adresse du resultat d'une fonction (???) - // - acceder au champ sans passer par un accesseur ? gr = tag2->second->GetGroup(); el = tag2->second->GetElement(); @@ -243,19 +249,201 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) { // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) - fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + //printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); + //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());} + if (vr == "US" || vr == "SS") { + /* val_int16 = atoi(val); ptr = &val_int16; fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); continue; + */ + + for (unsigned int i=0; i tokens; + + void *ptr; + char str_lgrCalcGroupe[10]; + + //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write + + // Utilisées pour le calcul Group Length + int deja = 0; + guint32 lgrCalcGroupe=0; + ElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; + guint16 grCourant = 0; + + // Question : + // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , + // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) + // + + // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' + // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu + // dans l'image native + // + // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c + + if (1) // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment! + + for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); + tag != tagHt.end(); + ++tag){ + + elem = tag->second; + //printf("gr %04x el %04x lgr %d\n",elem->GetGroup(), elem->GetElement(), elem->GetLength()); + + if ( (elem->GetGroup() != grCourant) && + (elem->GetGroup() != 0xfffe) ) { // On arrive sur un nv Groupe + + //printf("Nouv Groupegr %04x el %04x \n",elem->GetGroup(), elem->GetElement()); + + elemZ = elem; + + if(elemZ->GetElement() != 0x0000) { // pas d'element 'Lgr groupe' + // On crée + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(grCourant, 0x0000, "UL"); + elemZ = new ElValue(tagZ); // on le cree + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); // On l'accroche à sa place + } + + if (deja) { + //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); + elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe); + lgrCalcGroupe = 0; + } + deja = 1; + + lgrCalcGroupe = 12; //2 + 2 + 4 + 4; // Gr + Num + Lgr + LgrGroupe + //printf ("lgrCalcGroupe %d\n",lgrCalcGroupe); + + elemZPrec = elemZ; + grCourant = elem->GetGroup(); + + } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + + //printf ("lgrCalcGroupe avant : %d LgrElem %d\n",lgrCalcGroupe,elem->GetLength()); + + lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + + //printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe); + } + } + + // Si on fait de l'implicit VR little Endian + // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) + // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID + + // supprime par rapport à Write + //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); + //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas + + // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + + for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + gr = tag2->second->GetGroup(); + // saut des groupes speciaux DICOM V3 + if (gr < 0x0008) continue; // ajouté par rapport à Write + // saut des groupes impairs + if (gr %2) continue; // ajouté par rapport à Write + + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); + + fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group + fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element + + // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) + + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + if (vr == "US" || vr == "SS") { + + for (unsigned int i=0; i& tokens, const string& delimiters = " ") { + string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters,0); + string::size_type pos = str.find_first_of(delimiters,lastPos); + while (string::npos != pos || string::npos != lastPos) { + tokens.push_back(str.substr(lastPos, pos - lastPos)); + lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos); + pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos); + } +} diff --git a/src/gdcmElValSet.h b/src/gdcmElValSet.h index e59c9fe3..eccd5584 100644 --- a/src/gdcmElValSet.h +++ b/src/gdcmElValSet.h @@ -21,6 +21,7 @@ public: void Print(ostream &); void PrintByName(ostream &); int Write(FILE *fp); + int WriteAcr(FILE *fp); ElValue* GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element); ElValue* GetElementByName (string); string GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element); diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index 73bc1756..0a71c03e 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -450,4 +450,42 @@ int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { return(1); } +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA + * \ (a l'attention des logiciels cliniques + * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... + * \ si un header DICOM est fourni en entree, + * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) + * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * \ (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le ElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElVals().WriteAcr(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + + fclose (fp1); + return(1); +} diff --git a/src/gdcmFile.h b/src/gdcmFile.h index 2afd67c7..90ec3b85 100644 --- a/src/gdcmFile.h +++ b/src/gdcmFile.h @@ -95,6 +95,7 @@ public: int WriteRawData (string nomFichier); int WriteDcm (string nomFichier); + int WriteAcr (string nomFichier); }; #endif diff --git a/src/gdcmHeader.cxx b/src/gdcmHeader.cxx index bac92ce9..cfa470a3 100644 --- a/src/gdcmHeader.cxx +++ b/src/gdcmHeader.cxx @@ -913,19 +913,34 @@ bool gdcmHeader::IsAnInteger(ElValue * ElVal) { dbg.Error("gdcmHeader::IsAnInteger", "Erroneous Group Length element length."); } - + + /* + // on le traite tt de même (VR peut donner l'info) + // faire qq chose + ruse (pas de test si pas de VR) if ( group % 2 != 0 ) // We only have some semantics on documented elements, which are // the even ones. - return false; + return false; + */ + /* if ( (length != 4) && ( length != 2) ) // Swapping only make sense on integers which are 2 or 4 bytes long. + + // En fait, pour les entiers de 'Value Multiplicity' supérieur a 1 + // la longueur n'est pas forcement 2 ou 4 + // ET il faudra swapper. return false; + */ if ( (vr == "UL") || (vr == "US") || (vr == "SL") || (vr == "SS") ) return true; + + // est-ce encore utile? + // mieux vaut modifier le source du Dicom Dictionnaty + // et remplacer pour ces 2 cas RET par US + if ( (group == 0x0028) && (element == 0x0005) ) // The "Image Dimensions" tag is retained from ACR/NEMA and contains // the number of dimensions of the contained object (1 for Signal, -- 2.48.1