From 595f90023c498f01bba240043841088ba5d45872 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: jpr Date: Wed, 9 Apr 2003 14:04:52 +0000 Subject: [PATCH] UpdateGroupLength re-written using H-Table --- ChangeLog | 3 + Testing/TestChangeHeader.cxx | 12 +-- src/gdcmDictEntry.cxx | 3 +- src/gdcmDictEntry.h | 7 +- src/gdcmElValSet.cxx | 145 +++++++++-------------------------- src/gdcmElValSet.h | 7 +- src/gdcmElValue.h | 3 +- src/gdcmHeader.cxx | 19 ++++- src/gdcmHeader.h | 2 +- 9 files changed, 71 insertions(+), 130 deletions(-) diff --git a/ChangeLog b/ChangeLog index 3690e73e..a7f69cca 100644 --- a/ChangeLog +++ b/ChangeLog @@ -1,3 +1,6 @@ +2003-04-9 JPR + * UpdateGroupLength replaced by new one + 2003-04-7 JPR * UpdateGroupLength re-written using H-Table (named UpdateGroupLengthNew untill checks are over) diff --git a/Testing/TestChangeHeader.cxx b/Testing/TestChangeHeader.cxx index eb53fe34..fe435433 100644 --- a/Testing/TestChangeHeader.cxx +++ b/Testing/TestChangeHeader.cxx @@ -33,12 +33,12 @@ int main(int argc, char* argv[]) // On suppose que les champs DICOM du 2ieme fichier existent *effectivement* - f1->ReplaceOrCreateByNumber(0x0028, 0x0008, - f2->GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0008));// nb Frames - f1->ReplaceOrCreateByNumber(0x0028, 0x0010, - f2->GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010));// nbLig - f1->ReplaceOrCreateByNumber(0x0028, 0x0011, - f2->GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011));// nbCol + f1->ReplaceOrCreateByNumber( f2->GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0008), + 0x0028, 0x0008);// nb Frames + f1->ReplaceOrCreateByNumber( f2->GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010), + 0x0028, 0x0010);// nbLig + f1->ReplaceOrCreateByNumber( f2->GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011), + 0x0028, 0x0011);// nbCol // sans doute d'autres à mettre à jour... diff --git a/src/gdcmDictEntry.cxx b/src/gdcmDictEntry.cxx index 8ac0d08d..482a05d0 100644 --- a/src/gdcmDictEntry.cxx +++ b/src/gdcmDictEntry.cxx @@ -6,8 +6,7 @@ gdcmDictEntry::gdcmDictEntry(guint16 InGroup, guint16 InElement, - string InVr, string InFourth, string InName) -{ + string InVr, string InFourth, string InName) { group = InGroup; element = InElement; vr = InVr; diff --git a/src/gdcmDictEntry.h b/src/gdcmDictEntry.h index ecbc0290..93cf8efc 100644 --- a/src/gdcmDictEntry.h +++ b/src/gdcmDictEntry.h @@ -7,13 +7,13 @@ class GDCM_EXPORT gdcmDictEntry { private: - guint16 group; // e.g. 0x0010 - guint16 element; // e.g. 0x0103 + guint16 group; // e.g. 0x0010 // FIXME : s'en sert-on qq part + guint16 element; // e.g. 0x0103 // si ce n'est pour fabriquer la TagKey ? string vr; // Value Representation i.e. some clue about the nature // of the data represented e.g. "FD" short for // "Floating Point Double" // CLEANME: find the official dicom name for this field ! - string fourth; // Fourth field containing some semantics. + string fourth; // Fourth field containing some semantics. (Group Name abbr.) string name; // e.g. "Patient_Name" TagKey key; // Redundant with (group, element) but we add it // on efficiency purposes. @@ -36,6 +36,7 @@ public: string vr = "Unknown", string fourth = "Unknown", string name = "Unknown"); + // fabrique une 'clé' par concaténation du numGroupe et du numElement static TagKey TranslateToKey(guint16 group, guint16 element); diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx index fe5df937..beb99fd3 100644 --- a/src/gdcmElValSet.cxx +++ b/src/gdcmElValSet.cxx @@ -118,116 +118,19 @@ int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) { return 1 ; } -void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence) { - - // TODO : reecrire entierement : une HTable dans la quelle on stocke les groupes, puis leur lgr - // Voir juste apres - - // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' - // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu - // dans l'image native - // - // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c - - // On fait de l'implicit VR little Endian - // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) - // On force le TRANSFERT SYNTAX UID - guint16 gr, el; - string vr; - guint32 lgrCalcGroupe=0; - gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; - guint16 grCourant = 0; - - TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); - - elem = tag->second; - gr = elem->GetGroup(); - el = elem->GetElement(); - - if (el != 0x0000) { - if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n"); - gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); - elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree - elemZPrec->SetLength(4); - Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place - } else { - elemZPrec = elem; - if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); - } - lgrCalcGroupe = 0; - if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); - grCourant = gr; - - for (tag = ++tagHt.begin(); - tag != tagHt.end(); - ++tag){ - - elem = tag->second; - gr = elem->GetGroup(); - el = elem->GetElement(); - vr = elem->GetVR(); - - if (SkipSequence && vr == "SQ") continue; - // pas SEQUENCE en ACR-NEMA - // WARNING : pb CERTAIN - // si on est descendu 'a l'interieur' des SQ - - if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe - (el != 0xfffe) */ ) { - - if (el != 0x0000) { - gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); - elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree - elemZ->SetLength(4); - Add(elemZ); // On l'accroche à sa place - if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); - } else { - elemZ=elem; - if(DEBUG)printf("maj elemZ\n"); - } - - ostringstream f; - f << lgrCalcGroupe; - //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); - elemZPrec->SetValue(f.str()); - if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant); - if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(), - elemZPrec->GetValue().c_str()); - if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; - elemZPrec=elemZ; - lgrCalcGroupe = 0; - grCourant = gr; - // BUG : - // calcule lgr erronnée si ExplicitVR et VR =OB, SQ, etc - // - if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); - } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe - lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem - if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n", - elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); - } - } - - // BUG : - // Ecriture incorrecte si (7FE0 0000) absent et aucun element apres groupe 7FE0 :-( - // A JETTER ! - // -} -// -// Remplacera UpdateGroupLength -// Commite par precaution. -// Ne pas utiliser -// -void gdcmElValSet::UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence, FileType type) { +void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) { guint16 gr, el; string vr; gdcmElValue *elem; char trash[10]; + string str_trash; GroupKey key; GroupHT groupHt; + TagKey tk; + gdcmElValue *elemZ; for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); tag2 != tagHt.end(); @@ -237,10 +140,10 @@ void gdcmElValSet::UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence, FileType type) { gr = elem->GetGroup(); el = elem->GetElement(); vr = elem->GetVR(); - + sprintf(trash, "%04x", gr); key = trash; - + if (SkipSequence && vr == "SQ") continue; // pas SEQUENCE en ACR-NEMA // WARNING : pb CERTAIN @@ -250,7 +153,11 @@ void gdcmElValSet::UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence, FileType type) { // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable... if ( groupHt.count(key) == 0) { - groupHt[key] = 2 + 2 + 4 + 4; // creation automatique, par affectation ??? + if (el ==0x0000) { + groupHt[key] = 0; + } else { + groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); + } } else { if (type = ExplicitVR) { if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) { @@ -258,14 +165,34 @@ void gdcmElValSet::UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence, FileType type) { } } groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); - } + } } + + unsigned short int gr_bid; + + for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin(); + g != groupHt.end(); + ++g){ + + tk = g->first + "|0000"; + sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid); + + if ( tagHt.count(tk) == 0) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); + } else { + elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000); + } + str_trash=trash; + elemZ->SetValue(str_trash); + } // Liberer groupHt ! + } - - void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) { guint16 gr, el; guint32 lgr; @@ -372,9 +299,9 @@ int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) { } if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) - UpdateGroupLength(); + UpdateGroupLength(false,type); if ( type == ACR) - UpdateGroupLength(true); + UpdateGroupLength(true,ACR); WriteElements(type, _fp); diff --git a/src/gdcmElValSet.h b/src/gdcmElValSet.h index 7fc07ce3..c5b59ed5 100644 --- a/src/gdcmElValSet.h +++ b/src/gdcmElValSet.h @@ -1,4 +1,4 @@ -// $Header: /cvs/public/gdcm/src/Attic/gdcmElValSet.h,v 1.9 2003/04/08 17:10:58 jpr Exp $ +// $Header: /cvs/public/gdcm/src/Attic/gdcmElValSet.h,v 1.10 2003/04/09 14:04:53 jpr Exp $ #ifndef GDCMELVALSET_H #define GDCMELVALSET_H @@ -43,11 +43,8 @@ public: guint32 GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group); private: - void UpdateGroupLength(bool SkipSequence = false); + void UpdateGroupLength(bool SkipSequence = false, FileType type = ImplicitVR); void WriteElements(FileType type, FILE *); - - void UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence = false, FileType type = ImplicitVR); - }; #endif diff --git a/src/gdcmElValue.h b/src/gdcmElValue.h index 2e895694..1365d8bc 100644 --- a/src/gdcmElValue.h +++ b/src/gdcmElValue.h @@ -1,4 +1,4 @@ -// $Header: /cvs/public/gdcm/src/Attic/gdcmElValue.h,v 1.3 2003/03/24 13:11:28 frog Exp $ +// $Header: /cvs/public/gdcm/src/Attic/gdcmElValue.h,v 1.4 2003/04/09 14:04:53 jpr Exp $ #ifndef GDCMELVALUE_H #define GDCMELVALUE_H @@ -6,6 +6,7 @@ #include "gdcmDictEntry.h" class gdcmHeader; +#include /////////////////////////////////////////////////////////////////////////// // The dicom header of a Dicom file contains a set of such ELement VALUES diff --git a/src/gdcmHeader.cxx b/src/gdcmHeader.cxx index 20ae34ed..4f2d2aff 100644 --- a/src/gdcmHeader.cxx +++ b/src/gdcmHeader.cxx @@ -864,6 +864,16 @@ guint32 gdcmHeader::ReadInt32(void) { return g; } + + + +// +// TODO : JPR Pour des raisons d'homogeneité de noms, +// remplacer les quelques GetxxxByKey +// par des GetxxxByNumber, lorsqu'on passe gr, el en param. +// il peut etre interessant de rajouter des GetxxxByKey, auxquels on passe *vraiment* une TagKey +// + /** * \ingroup gdcmHeader * \brief Build a new Element Value from all the low level arguments. @@ -892,7 +902,7 @@ gdcmElValue* gdcmHeader::NewElValueByKey(guint16 Group, guint16 Elem) { * \brief TODO * @param */ -int gdcmHeader::ReplaceOrCreateByNumber(guint16 Group, guint16 Elem, string Value) { +int gdcmHeader::ReplaceOrCreateByNumber(string Value, guint16 Group, guint16 Elem ) { gdcmElValue* nvElValue=NewElValueByKey(Group, Elem); PubElValSet.Add(nvElValue); @@ -969,9 +979,12 @@ bool gdcmHeader::IsAnInteger(gdcmElValue * ElVal) { if ( element == 0 ) { // This is the group length of the group if (length == 4) return true; - else + else { + printf("Erroneous Group Length element length %d\n",length); + dbg.Error("gdcmHeader::IsAnInteger", - "Erroneous Group Length element length."); + "Erroneous Group Length element length."); + } } if ( (vr == "UL") || (vr == "US") || (vr == "SL") || (vr == "SS") ) diff --git a/src/gdcmHeader.h b/src/gdcmHeader.h index f3062f46..5e43f564 100644 --- a/src/gdcmHeader.h +++ b/src/gdcmHeader.h @@ -158,7 +158,7 @@ public: int SetShaElValByNumber(string content, guint16 group, guint16 element); int SetPubElValLengthByNumber(guint32 lgr, guint16 group, guint16 element); - int ReplaceOrCreateByNumber(guint16 Group, guint16 Elem, string Value); + int ReplaceOrCreateByNumber(string Value, guint16 Group, guint16 Elem); int GetXSize(void); int GetYSize(void); int GetZSize(void); -- 2.45.1