Ensure headers compatibility for static compilation

Ensure CLITK_EXPERIMENTAL is defined
(needed for static compilation)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

ADDED: a version of the job submission script that does not copy the data-dir. Useful for large data-dirs

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix profile tool with image with a negative spacing

Debug ROI display
if contour display was checked and ROI unchecked, the ROI was displayed
Now just contours are displayed

Ensure compatibility with ITK < v4.7

Add volume to clitkImageStatistics

Ensure compatibility with VTK < v5.10

Ensure compatibility with VTK6 in vvSlicer

Debug fusion/overlay display with VTK5

Add a tag to preserve UID and private DICOM tags for clitkWriteDicomSeries (see previous commit)

Ensure to have the same series UID while writing a Dicom serie

Add a tolerance when calculate euler angle with rigid transformation

With the resample tool, ensure to have the same transformation after the resampling in vv

Ensure compatibility between Qt5.5 and Qt5.x or less

Debug Resample tool

Avoid to open more than one overlay/fusion/vf per image with command line

Debug 4D ROI

Debug signal/slot in vvToolBinarize

Debug vf display

Undo the current transformation before cropping and Redo after it

Avoid crash with non-orthogonal matrices

Ensure to have the correct value with transformed image in the sliders

Change the origin of registered cropped image in clitkCropImage

Fix the profile line display with transformation

The profile points follow the current transform

Fix the coordinates of new landmarks
when images are already registered

Updare the Window & Level spin boxes in the main window
when the Window/Level are set up with --window and --level tags

Landmarks move with the image during registration

Consistency of information between Info Pannel and Cursor Position Overlay
Now the position is correct (in voxel) event with an anistropic image

Debug LandmarkPanel
> Display the correct intensity value (after a transformation in the panel)
> With 2 images, the panel doesn't move anymore while the mouse move to another image

Consistency of information between Info Pannel and Cursor Position Overlay
> Now the position in voxel is the same and change with transformation (as the value and not the position in mm)

Add Ctrl+O shortcut to open an image

Debug for MacOSX Retina

Debug the use of transformation matrix .mat

Ensure the compilation with Qt4

Ensure compatibility between VTK5 & VTK6

Improve code reading in the CMakeLists.txt
To distinguish Qt4 and Qt5

Remove ITK3 and ITK4.2 tests and dependencies
Now, minimum required version is ITK4.3

Ensure to have the same Direction for input and label images for clitkImageStatistics

Debug MacOSX Display with Profile Tool

Merge branch 'VTK6_Qt5' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk into VTK6_Qt5

Debug --contour while opening

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk into VTK6_Qt5

Both the lower and the upper extent of the roi for the w feature should be in the maximum extent

Merge branch 'VTK6_Qt5' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk into VTK6_Qt5

Debug wrong extent with local windowing (w) outside of the image

Fix for retina display
http://public.kitware.com/pipermail/vtkusers/2015-February/090117.html

Mark all unusual cmake options as advanced

Can open Dicom RTStruct without an external gdcm

Change the origin of selected point for Profile to the center of the voxel

Ensure compatibility with VTK7

Change voxel position into double

Ensure compatibility with VTK6

Compute the distance from the first point in the Profile Tool and display it in the X-axis of the profile chart

Merge branch 'VTK6_Qt5' into VTK6_Qt5_LineProfile

Conflicts:
vv/vvToolProfile.cxx

Change the name of the axis in the profile tool
Add comments for the SetOpacity(0.995)
Try to debug the focus problem with Mac and with the F1 shortcut

Change the computation of the Extent for Overlay, Fusion and VF
Add an updateDisplayExtent after loadind Overlay, Fusion and VF

Merge branch 'VTK6_Qt5' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk into VTK6_Qt5

Avoid Warnings with QtDesigner include and Qt5
In vvSlicerManager.cxx: Debug: when opening a second image, all slicer were updated, not only the first

Removed trailing semi-colon

Removed copy paste

Removed mat file from experimental

Merge branch 'VTK6_Qt5' into VTK6_Qt5_LineProfile

Ensure the compilation with Qt4 and Qt5

Display a line between the 2 profile points.
Debug problem of extent
+ Try to debug the line display with landmark

Debug a segmentation fault during exit with an opened Profile window
Add shortcuts for selection of the 2 points for profile (Ctrl+1 or Ctrl+2)

Display a line between Profile points
vvSlicer has to inherit from QObject to send signals

Merge branch 'VTK6_Qt5_4DROI' into VTK6_Qt5

Add remove one selected ROI button
Correct Select All Contour button (ROI) behavior

Merge branch 'VTK6_Qt5_4DROI' into VTK6_Qt5

Add funtions to Profile tool
Display the two selected points
Save the coordinates in mm
Compute the profile automaticaly
Allow the user to choose the name of the saving file
Prepare for the display of a line between the 2 selected points

Debug interactions with the numeric keys

Debug display bug with ROI & 4D images
I just untoggled/toggled the ROI's visibility to avoid the problem
But the proble is still there without this tip

Merge branch 'VTK6_Qt5_Profile' into VTK6_Qt5

Add Delete

Add the profile display and the saving a text file

Create the line iterator

Selection of the 2 points

Creation of the Profile Tool

Debug slowness of scalar range computation

Debug Cancel crop + rigid registration

Merge branch 'VTK6_Qt5_Registration' into VTK6_Qt5

Debug Rigid Registration
With & Without Overlay/Fusion/VF

cosmetic

add include

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Redo the Rigid Registration
Without the calculation of the transformation matrix
Works without overlay only, but the crop, ROI, ... still work

Remove cout and add a restriction with Qt and VTK Versions
Pre-release version

Debug segmentation fault when apply the Crop tool

Debug try with ImageReslice update and autoCrop

Merge branch 'master' into VTK6_Qt5

Debug segmentation fault when cancelling

Debug VF/Landmarks + Crop

Merge branch 'VTK6_Qt5_VF' into VTK6_Qt5_Crop

Remove cout

Landmark display debug

Added clitkSum to take the sum in one direction, corrected clitkFooImage
and removed it from compilation