common/clitkGateAsciiImageIO.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // std include
  20 #include <stdio.h>
  21
  22 // clitk include
  23 #include "clitkGateAsciiImageIO.h"
  24 #include "clitkCommon.h"
  25
  26 // itk include
  27 #include <itkMetaDataObject.h>
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 // Read Image Information
  31 void clitk::GateAsciiImageIO::ReadImageInformation()
  32 {
  33     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << m_FileName);
  34
  35
  36   /* Convert hnd to ITK image information */
  37   SetNumberOfDimensions(2);
  38   //SetDimensions(0, hnd.SizeX);
  39   //SetDimensions(1, hnd.SizeY);
  40   //SetSpacing(0, hnd.dIDUResolutionX);
  41   //SetSpacing(1, hnd.dIDUResolutionY);
  42   //SetOrigin(0, -0.5*(hnd.SizeX-1)*hnd.dIDUResolutionX); //SR: assumed centered
  43   //SetOrigin(1, -0.5*(hnd.SizeY-1)*hnd.dIDUResolutionY); //SR: assumed centered
  44   //SetComponentType(itk::ImageIOBase::UINT);
  45
  46   /* Store important meta information in the meta data dictionary */
  47   //itk::EncapsulateMetaData<double>(this->GetMetaDataDictionary(), "dCTProjectionAngle", hnd.dCTProjectionAngle);
  48   //itk::ExposeMetaData<double>( this->GetMetaDataDictionary(), &(hnd.dCTProjectionAngle), "dCTProjectionAngle");
  49 }
  50
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52 bool clitk::GateAsciiImageIO::CanReadFile(const char* FileNameToRead)
  53 {
  54   std::string filename(FileNameToRead);
  55   std::string filenameext = GetExtension(filename);
  56   if (filenameext != std::string("hnd")) return false;
  57   return true;
  58 }
  59
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 // Read Image Content
  62 void clitk::GateAsciiImageIO::Read(void * buffer)
  63 {
  64   FILE *fp;
  65
  66   uint32_t* buf = (uint32_t*)buffer;
  67   unsigned char *pt_lut;
  68   uint32_t a;
  69   float b;
  70   unsigned char v;
  71   int lut_idx, lut_off;
  72   size_t num_read;
  73   char dc;
  74   short ds;
  75   long dl, diff=0;
  76   uint32_t i;
  77
  78   fp = fopen (m_FileName.c_str(), "rb");
  79   if (fp == NULL)
  80     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << m_FileName);
  81
  82   pt_lut = (unsigned char*) malloc (sizeof (unsigned char) * GetDimensions(0) * GetDimensions(1));
  83
  84   /* Read LUT */
  85   fseek (fp, 1024, SEEK_SET);
  86   fread (pt_lut, sizeof(unsigned char), (GetDimensions(1)-1)*GetDimensions(0) / 4, fp);
  87
  88   /* Read first row */
  89   for (i = 0; i < GetDimensions(0); i++) {
  90     fread (&a, sizeof(uint32_t), 1, fp);
  91     buf[i] = a;
  92     b = a;
  93   }
  94
  95   /* Read first pixel of second row */
  96   fread (&a, sizeof(uint32_t), 1, fp);
  97   buf[i++] = a;
  98   b = a;
  99
 100   /* Decompress the rest */
 101   lut_idx = 0;
 102   lut_off = 0;
 103   while (i < GetDimensions(0) * GetDimensions(1)) {
 104     uint32_t r11, r12, r21;
 105
 106     r11 = buf[i-GetDimensions(0)-1];
 107     r12 = buf[i-GetDimensions(0)];
 108     r21 = buf[i-1];
 109     v = pt_lut[lut_idx];
 110     switch (lut_off) {
 111     case 0:
 112       v = v & 0x03;
 113       lut_off ++;
 114       break;
 115     case 1:
 116       v = (v & 0x0C) >> 2;
 117       lut_off ++;
 118       break;
 119     case 2:
 120       v = (v & 0x30) >> 4;
 121       lut_off ++;
 122       break;
 123     case 3:
 124       v = (v & 0xC0) >> 6;
 125       lut_off = 0;
 126       lut_idx ++;
 127       break;
 128     }
 129     switch (v) {
 130     case 0:
 131       num_read = fread (&dc, sizeof(unsigned char), 1, fp);
 132       if (num_read != 1) goto read_error;
 133       diff = dc;
 134       break;
 135     case 1:
 136       num_read = fread (&ds, sizeof(unsigned short), 1, fp);
 137       if (num_read != 1) goto read_error;
 138       diff = ds;
 139       break;
 140     case 2:
 141       num_read = fread (&dl, sizeof(uint32_t), 1, fp);
 142       if (num_read != 1) goto read_error;
 143       diff = dl;
 144       break;
 145     }
 146
 147     buf[i] = r21 + r12 + diff - r11;
 148     b = buf[i];
 149     i++;
 150   }
 151
 152   /* Clean up */
 153   free (pt_lut);
 154   fclose (fp);
 155   return;
 156
 157 read_error:
 158
 159   itkGenericExceptionMacro(<< "Error reading gate ascii file");
 160   free (pt_lut);
 161   fclose (fp);
 162   return;
 163 }
 164
 165 //--------------------------------------------------------------------
 166 bool clitk::GateAsciiImageIO::CanWriteFile(const char* FileNameToWrite)
 167 {
 168   return false;
 169 }
 170
 171 //--------------------------------------------------------------------
 172 // Write Image
 173 void clitk::GateAsciiImageIO::Write(const void* buffer)
 174 {
 175 }