common/clitkGateAsciiImageIO.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKGATEASCIIIMAGEIO_H
  19 #define CLITKGATEASCIIIMAGEIO_H
  20
  21 // itk include
  22 #include <itkImageIOBase.h>
  23 #include <itksys/RegularExpression.hxx>
  24
  25 #if defined (_MSC_VER) && (_MSC_VER < 1600)
  26 //SR: taken from
  27 //#include "msinttypes/stdint.h"
  28 typedef unsigned int uint32_t;
  29 #else
  30 #include <stdint.h>
  31 #endif
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36 //====================================================================
  37 // Class for reading gate ascii Image file format
  38 class GateAsciiImageIO: public itk::ImageIOBase
  39 {
  40 public:
  41   /** Standard class typedefs. */
  42   typedef GateAsciiImageIO        Self;
  43   typedef itk::ImageIOBase        Superclass;
  44   typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  45   typedef signed short int        PixelType;
  46
  47   struct GateAsciiHeader {
  48     double matrix_size[3];
  49     int resolution[3];
  50     double voxel_size[3];
  51     int nb_value;
  52   };
  53
  54   GateAsciiImageIO():Superclass() {}
  55
  56   /** Method for creation through the object factory. */
  57   itkNewMacro(Self);
  58
  59   /** Run-time type information (and related methods). */
  60   itkTypeMacro(GateAsciiImageIO, ImageIOBase);
  61
  62   /*-------- This part of the interface deals with reading data. ------ */
  63   virtual void ReadImageInformation();
  64   virtual bool CanReadFile( const char* FileNameToRead );
  65   virtual void Read(void * buffer);
  66
  67   /*-------- This part of the interfaces deals with writing data. ----- */
  68   virtual void WriteImageInformation();
  69   virtual bool CanWriteFile(const char* filename);
  70   virtual void Write(const void* buffer);
  71
  72   virtual bool SupportsDimension(unsigned long dim);
  73
  74 protected:
  75   static bool ReadHeader(FILE* handle, GateAsciiHeader& header);
  76   static bool ReadLine(FILE* handle, std::string& line);
  77   static bool FindRegularExpressionNextLine(itksys::RegularExpression &reg, std::string &s, FILE* handle);
  78
  79 }; // end class GateAsciiImageIO
  80 } // end namespace
  81
  82 // explicit template instantiation
  83 //template class itk::CreateObjectFunction<clitk::GateAsciiImageIO>;
  84
  85 #endif /* end #define CLITKGATEASCIIIMAGEIO_H */
  86