common/clitkGateAsciiImageIO.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKGATEASCIIIMAGEIO_H
  19 #define CLITKGATEASCIIIMAGEIO_H
  20
  21 // itk include
  22 #include <itkImageIOBase.h>
  23 #include <itksys/RegularExpression.hxx>
  24
  25 #if defined (_MSC_VER) && (_MSC_VER < 1600)
  26 //SR: taken from
  27 //#include "msinttypes/stdint.h"
  28 typedef unsigned int uint32_t;
  29 #else
  30 #include <stdint.h>
  31 #endif
  32
  33 namespace clitk {
  34
  35     //====================================================================
  36     // Class for reading gate ascii Image file format
  37     class GateAsciiImageIO: public itk::ImageIOBase
  38     {
  39         public:
  40             /** Standard class typedefs. */
  41             typedef GateAsciiImageIO        Self;
  42             typedef itk::ImageIOBase        Superclass;
  43             typedef itk::SmartPointer<Self> Pointer;
  44             typedef signed short int        PixelType;
  45
  46             struct GateAsciiHeader {
  47                 double matrix_size[3];
  48                 int resolution[3];
  49                 double voxel_size[3];
  50                 int nb_value;
  51             };
  52
  53             GateAsciiImageIO():Superclass() {;}
  54
  55             /** Method for creation through the object factory. */
  56             itkNewMacro(Self);
  57
  58             /** Run-time type information (and related methods). */
  59             itkTypeMacro(GateAsciiImageIO, ImageIOBase);
  60
  61             /*-------- This part of the interface deals with reading data. ------ */
  62             virtual void ReadImageInformation();
  63             virtual bool CanReadFile( const char* FileNameToRead );
  64             virtual void Read(void * buffer);
  65
  66             /*-------- This part of the interfaces deals with writing data. ----- */
  67             virtual void WriteImageInformation();
  68             virtual bool CanWriteFile(const char* filename);
  69             virtual void Write(const void* buffer);
  70
  71             virtual bool SupportsDimension(unsigned long dim);
  72
  73         protected:
  74             static bool ReadHeader(FILE* handle, GateAsciiHeader& header);
  75             static bool ReadLine(FILE* handle, std::string& line);
  76             static bool FindRegularExpressionNextLine(itksys::RegularExpression &reg, std::string &s, FILE* handle);
  77
  78     }; // end class GateAsciiImageIO
  79 } // end namespace
  80
  81 // explicit template instantiation
  82 //template class itk::CreateObjectFunction<clitk::GateAsciiImageIO>;
  83
  84 #endif /* end #define CLITKGATEASCIIIMAGEIO_H */
  85