segmentation/clitkAndGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkAndGenericFilter_txx
  19 #define clitkAndGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkAndGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   AndGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if(PixelType == "short"){
  44       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46     }
  47     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50     //     }
  51
  52     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  53       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     }
  56
  57     //     else if (PixelType == "char"){
  58     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60     //     }
  61     else {
  62       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72   void
  73   AndGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74   {
  75
  76     // ImageTypes
  77     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78     typedef itk::Image<int, Dimension> InternalImageType;
  79     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
  80
  81     // Read the input
  82     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  83     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  84     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  85     reader->Update();
  86     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  87
  88     // Read the second input
  89     typename InputReaderType::Pointer reader2 = InputReaderType::New();
  90     reader2->SetFileName( m_ArgsInfo.input2_arg);
  91     reader2->Update();
  92     typename InputImageType::Pointer input2= reader2->GetOutput();
  93
  94
  95     // Cast
  96     typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, InternalImageType> InputCastImageFilterType;
  97     typename InputCastImageFilterType::Pointer caster= InputCastImageFilterType::New();
  98     caster->SetInput(input);
  99     typename InputCastImageFilterType::Pointer caster2= InputCastImageFilterType::New();
 100     caster->SetInput(input2);
 101
 102     // Filter
 103     typedef    itk::AndImageFilter< InternalImageType , InternalImageType , InternalImageType> AndFilterType;
 104     typename   AndFilterType::Pointer andFilter = AndFilterType::New();
 105     andFilter->SetInput1(caster->GetOutput());
 106     andFilter->SetInput2(caster2->GetOutput());
 107     if (m_Verbose) std::cout<<"Performing a logical AND..."<<std::endl;
 108
 109     // Cast
 110     typedef itk::CastImageFilter<InternalImageType, OutputImageType> OutputCastImageFilterType;
 111     typename OutputCastImageFilterType::Pointer caster3= OutputCastImageFilterType::New();
 112     caster3->SetInput(andFilter->GetOutput());
 113     typename OutputImageType::Pointer output =caster3->GetOutput();
 114
 115     // Output
 116     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 117     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 118     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 119     writer->SetInput(output);
 120     writer->Update();
 121
 122   }
 123
 124
 125 }//end clitk
 126
 127 #endif //#define clitkAndGenericFilter_txx