segmentation/clitkExtractMediastinumGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKEXTRACTMEDIASTINUMSGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKEXTRACTMEDIASTINUMSGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::ExtractMediastinumGenericFilter<ArgsInfoType>::
  27 ExtractMediastinumGenericFilter():
  28   ImageToImageGenericFilter<Self>("ExtractMediastinum")
  29 {
  30   // Default values
  31   cmdline_parser_clitkExtractMediastinum_init(&mArgsInfo);
  32   InitializeImageType<3>();
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<class ArgsInfoType>
  39 template<unsigned int Dim>
  40 void
  41 clitk::ExtractMediastinumGenericFilter<ArgsInfoType>::
  42 InitializeImageType()
  43 {
  44   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 template<class ArgsInfoType>
  51 void
  52 clitk::ExtractMediastinumGenericFilter<ArgsInfoType>::
  53 SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  54 {
  55   mArgsInfo=a;
  56   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  57   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  58   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  59   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  60 }
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 template<class ArgsInfoType>
  66 template<class FilterType>
  67 void
  68 clitk::ExtractMediastinumGenericFilter<ArgsInfoType>::
  69 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  70 {
  71   f->SetVerboseOptionFlag(mArgsInfo.verbose_flag);
  72   f->SetVerboseStepFlag(mArgsInfo.verboseStep_flag);
  73   f->SetWriteStepFlag(mArgsInfo.writeStep_flag);
  74   f->SetAFDBFilename(mArgsInfo.afdb_arg);
  75   f->SetOutputMediastinumFilename(mArgsInfo.output_arg);
  76   f->SetVerboseMemoryFlag(mArgsInfo.verboseMemory_flag);
  77
  78   f->SetDistanceMaxToAnteriorPartOfTheVertebralBody(mArgsInfo.maxAntSpine_arg);
  79   f->SetUseBones(mArgsInfo.useBones_flag);
  80
  81   // Set RelativePositionList filenames
  82   for(uint i=0; i<mArgsInfo.relpos_given; i++) {
  83     f->AddRelativePositionListFilename(mArgsInfo.relpos_arg[i]);
  84   }
  85 }
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87
  88
  89 //--------------------------------------------------------------------
  90 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92 template<class ArgsInfoType>
  93 template<class ImageType>
  94 void clitk::ExtractMediastinumGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  95 {
  96   // Reading input
  97   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  98
  99   // Create filter
 100   typedef clitk::ExtractMediastinumFilter<ImageType> FilterType;
 101   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 102
 103   // Set global Options
 104   filter->SetInput(input);
 105   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
 106
 107   // Go !
 108   filter->Update();
 109
 110   // Write/Save results
 111   typename FilterType::MaskImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 112   this->template SetNextOutput<typename FilterType::MaskImageType>(output);
 113 }
 114 //--------------------------------------------------------------------
 115
 116 #endif //#define CLITKEXTRACTMEDIASTINUMSGENERICFILTER_TXX