segmentation/clitkRelativePositionList.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19
  20 //--------------------------------------------------------------------
  21 template <class TImageType>
  22 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
  23 RelativePositionList() {
  24 }
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 template <class TImageType>
  30 void
  31 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
  32 Read(std::string filename) {
  33   /*
  34     The goal here is to read a text file that contains options for the
  35     RelativePosition filter. The text file contains options in the
  36     same form of the config file of the clitkRelativePosition tool. In
  37     this text file, each time a "object" option is found, a new set of
  38     options is considered.
  39    */
  40
  41   // Open the file
  42   std::ifstream is;
  43   openFileForReading(is, filename);
  44
  45   // Read input -> the structure name that will be used as input
  46   // (initial support)
  47   skipComment(is);
  48   std::string s;
  49   is >> s;
  50   if (s != "input") {
  51     FATAL("while reading RelativePositionList file. This file must start with 'input = '");
  52     exit(0);
  53   }
  54   is >> s;
  55   if (s != "=") {
  56     FATAL("while reading RelativePositionList file. This file must start with 'input = '");
  57     exit(0);
  58   }
  59   std::string name;
  60   is >> name;
  61   skipComment(is);
  62
  63   // Create a temporary filename
  64   char n[] = "tmp_clitkRelativePosition_XXXXXX";
  65   mkstemp(n); // tmpnam(n);
  66   std::string tmpfilename(n);
  67
  68   // Loop on the file text ; Every time we see a "object" token, we
  69   // split the file.
  70   while (is) {
  71     bool stop=false;
  72     std::ostringstream ss;
  73     // first part of ss is the last 'object = ' found, stored in s
  74     ss << s << std::endl;
  75     while (!stop) {
  76       skipComment(is);
  77       if (!is) stop = true;
  78       else {
  79         std::getline(is, s);
  80         if (s.find("object") != std::string::npos) stop=true;
  81         else ss << s << std::endl;
  82         if (!is) stop = true;
  83       }
  84     }
  85     std::string text = ss.str();
  86     if (text.size() > 10) { // if too small, it is not a list of option
  87       std::ofstream os;
  88       openFileForWriting(os, tmpfilename);
  89       os << text;
  90       os.close();
  91
  92       // Create a struct to store options. I use two step to allow to
  93       // fill the args values with de default and then check
  94       // automatically the options.
  95       ArgsInfoType args_info;
  96       std::vector<char> writable(tmpfilename.size() + 1);
  97       std::copy(tmpfilename.begin(), tmpfilename.end(), writable.begin());
  98       char ** argv = new char*[1];
  99       argv[0] = new char[1];
 100       cmdline_parser_clitkRelativePosition2(1, argv, &args_info, 1, 1, 0);
 101       args_info.input_given = 1;
 102       args_info.input_arg = new char[1];
 103       args_info.output_given = 1;
 104       args_info.output_arg = new char[1];
 105       cmdline_parser_clitkRelativePosition_configfile(&writable[0], &args_info, 0, 0, 1);
 106
 107       // Store the args
 108       mArgsInfoList.push_back(args_info);
 109
 110       // Delete the temporary file
 111       std::remove(tmpfilename.c_str());
 112     }
 113   }
 114
 115   // Set the main input name
 116   SetInputName(name);
 117 }
 118 //--------------------------------------------------------------------
 119
 120
 121 //--------------------------------------------------------------------
 122 template <class TImageType>
 123 void
 124 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 125 GenerateInputRequestedRegion()
 126 {
 127   // Call default
 128   itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>::GenerateInputRequestedRegion();
 129   // Get input pointers and set requested region to common region
 130   ImagePointer input1 = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 131   input1->SetRequestedRegion(input1->GetLargestPossibleRegion());
 132 }
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134
 135
 136
 137 //--------------------------------------------------------------------
 138 template <class TImageType>
 139 void
 140 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 141 GenerateOutputInformation() {
 142
 143   // Get input
 144   m_working_input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 145
 146   // Loop on RelativePositionList of operations
 147   std::string s = GetInputName();
 148   for(uint i=0; i<mArgsInfoList.size(); i++) {
 149     std::string text = "["+s+"] limits ";
 150     if (mArgsInfoList[i].orientation_given) text += std::string(mArgsInfoList[i].orientation_arg[0])+" ";
 151     else text = text+"("+toString(mArgsInfoList[i].angle1_arg)+" "+
 152            toString(mArgsInfoList[i].angle2_arg)+" "+
 153            (mArgsInfoList[i].inverse_flag==true?"true":"false")+") ";
 154     text = text+mArgsInfoList[i].object_arg+" "+toString(mArgsInfoList[i].threshold_arg);
 155     if (mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag) {
 156       text += " slice by slice";
 157     }
 158     else text += " 3D";
 159
 160     StartNewStep(text);
 161     typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter;
 162
 163     // Is it slice by slice or 3D ?
 164     if (mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag) {
 165       typename SliceRelPosFilterType::Pointer f = SliceRelPosFilterType::New();
 166       relPosFilter = f;
 167       SetFilterOptions(relPosFilter, mArgsInfoList[i]);
 168       f->SetDirection(2);
 169       // Set SbS specific options
 170       f->SetUniqueConnectedComponentBySliceFlag(mArgsInfoList[i].uniqueCCL_flag);
 171       f->SetObjectCCLSelectionFlag(mArgsInfoList[i].uniqueObjectCCL_flag);
 172       f->IgnoreEmptySliceObjectFlagOn();
 173       //f->SetObjectCCLSelectionDimension(0);
 174       //f->SetObjectCCLSelectionDirection(-1);
 175       //f->SetAutoCropFlag(false);
 176       // Print if needed
 177       if (mArgsInfoList[i].verboseOptions_flag) f->PrintOptions();
 178     }
 179     else {
 180       relPosFilter = clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType>::New();
 181       SetFilterOptions(relPosFilter, mArgsInfoList[i]);
 182       // Print if needed
 183       if (mArgsInfoList[i].verboseOptions_flag) relPosFilter->PrintOptions();
 184     }
 185
 186     // Set input
 187     relPosFilter->SetInput(m_working_input);
 188
 189     // Run the filter
 190     relPosFilter->Update();
 191     m_working_input = relPosFilter->GetOutput();
 192     StopCurrentStep<ImageType>(m_working_input);
 193   }
 194 }
 195 //--------------------------------------------------------------------
 196
 197
 198 //--------------------------------------------------------------------
 199 template <class TImageType>
 200 void
 201 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 202 GenerateData()
 203 {
 204   // Final Step -> set output
 205   this->GraftOutput(m_working_input);
 206 }
 207 //--------------------------------------------------------------------
 208
 209
 210 //--------------------------------------------------------------------
 211 template <class TImageType>
 212 void
 213 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 214 SetFilterOptions(typename RelPosFilterType::Pointer filter, ArgsInfoType & options) {
 215
 216   if (options.orientation_given > 1) {
 217     clitkExceptionMacro("Error in the RelPos options. I need a single --orientation (for the moment)."
 218                         << " Current options are for obj = '" << options.object_arg
 219                         << "', threshold = " << options.threshold_arg << std::endl);
 220   }
 221
 222   ImagePointer object = GetAFDB()->template GetImage<ImageType>(options.object_arg);
 223   filter->SetInputObject(object);
 224   filter->WriteStepFlagOff();
 225   filter->SetVerboseImageSizeFlag(GetVerboseImageSizeFlag());
 226   filter->SetFuzzyThreshold(options.threshold_arg);
 227   filter->SetInverseOrientationFlag(options.inverse_flag); // MUST BE BEFORE AddOrientationTypeString
 228
 229   if (options.orientation_given == 1)  {
 230     for(uint i=0; i<options.orientation_given; i++)
 231       filter->AddOrientationTypeString(options.orientation_arg[i]);
 232   }
 233   else {
 234     if (options.angle1_given && options.angle2_given) {
 235       filter->AddAnglesInDeg(options.angle1_arg, options.angle2_arg);
 236     }
 237     else {
 238       clitkExceptionMacro("Error in the RelPos options. I need --orientation or (--angle1 and --angle2)."
 239                           << " Current options are for obj = '" << options.object_arg
 240                           << "', threshold = " << options.threshold_arg << std::endl);
 241     }
 242   }
 243   filter->SetIntermediateSpacing(options.spacing_arg);
 244   if (options.spacing_arg == -1) filter->IntermediateSpacingFlagOff();
 245   else filter->IntermediateSpacingFlagOn();
 246   filter->SetVerboseStepFlag(options.verboseStep_flag);
 247   filter->SetAutoCropFlag(!options.noAutoCrop_flag);
 248 }
 249 //--------------------------------------------------------------------