tools/clitkMedianImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #ifndef clitkMedianImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkMedianImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkMedianImageGenericFilter.txx
  23  * @author Bharath Navalapakkam <Bharath.Navalpakkam@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   20 March 2010
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 // itk include
  31 #include "itkMedianImageFilter.h"
  32 #include "itkImage.h"
  33
  34 namespace clitk
  35 {
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<class args_info_type>
  39 MedianImageGenericFilter<args_info_type>::MedianImageGenericFilter():
  40   ImageToImageGenericFilter<Self>("MedianImage")
  41 {
  42   InitializeImageType<2>();
  43   InitializeImageType<3>();
  44   InitializeImageType<4>();
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 template<class args_info_type>
  51 template<unsigned int Dim>
  52 void MedianImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  53 {
  54   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 template<class args_info_type>
  61 void MedianImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  62 {
  63   mArgsInfo=a;
  64   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  65
  66   if (mArgsInfo.input_given) {
  67     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  68   }
  69   if (mArgsInfo.output_given) {
  70     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  71   }
  72
  73 }
  74 //--------------------------------------------------------------------
  75
  76
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  79 //--------------------------------------------------------------------
  80 template<class args_info_type>
  81 template<class InputImageType>
  82 void
  83 MedianImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  84 {
  85   // Reading input
  86   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  87   // Typedef
  88   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  89
  90   // typedef itk::Image<PixelType,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  91
  92   // Main filter
  93   typedef itk::Image<PixelType, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  94   typename InputImageType::SizeType indexRadius;
  95
  96   // Filter
  97   typedef itk::MedianImageFilter<InputImageType, OutputImageType> MedianImageFilterType;
  98   typename MedianImageFilterType::Pointer thresholdFilter=MedianImageFilterType::New();
  99   thresholdFilter->SetInput(input);
 100
 101   for (unsigned i = 0; i < InputImageType::ImageDimension; ++i)
 102     indexRadius[i]=mArgsInfo.radius_arg[i];
 103
 104   // indexRadius[0] = 1;
 105   // indexRadius[1] = 1;
 106
 107   thresholdFilter->SetRadius( indexRadius );
 108
 109   typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
 110   thresholdFilter->Update();
 111
 112   // Write/Save results
 113   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 114 }
 115
 116 //--------------------------------------------------------------------
 117
 118 }//end clitk
 119
 120
 121 #endif //#define clitkMedianImageGenericFilter_txx
 122