appli/testBruker2Dicom/testBruker2Dicom.cxx

   1 /*
   2         # ---------------------------------------------------------------------
   3         #
   4         # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5         #                        pour la Santé)
   6         # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7         # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8         # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9         #
  10         #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11         #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12         #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13         #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14         #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15         #  or in the file LICENSE.txt.
  16         #
  17         #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
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  19         #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20         #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21         #  liability.
  22         #
  23         #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24         #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25         # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28 /*=========================================================================
  29
  30   Program:   creaBruker
  31   Module:    $RCSfile: testBruker2Dicom.cxx,v $
  32   Language:  C++
  33   Date:      $Date: 2012/11/15 13:31:58 $
  34   Version:   $Revision: 1.12 $
  35
  36
  37      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  38      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  39      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  40
  41 =========================================================================*/
  42
  43 /**
  44  * Transform private Bruker tree structure
  45  * into the equivalent, with DICOM files *and/or* MHD files.
  46  *
  47  */
  48 #include "bruker2dicom.h"
  49
  50 #include "gdcmCommon.h"
  51 #include "gdcmDebug.h"
  52 #include "gdcmUtil.h"
  53 #include "gdcmDirList.h"
  54
  55 #include "gdcmArgMgr.h"
  56
  57 #include "bruker2dicom.h"
  58 #include "brukerexception.h"
  59
  60 // ===================================================================================================
  61 /**
  62   * \brief
  63   *          - explores  the given root directory e.g. :
  64   *            B67d1.Bp1
  65   *              subject
  66   *              AdjStatePerStudy
  67   *              1
  68   *                 acqp
  69   *                 AdjStatePerScan
  70   *                 fid
  71   *                 imnd / method
  72   *                 pulseprogram
  73   *                 spnam0
  74   *                 spnam1
  75   *                 pdata
  76   *                    1                // only 'native' images
  77   *                       2dseq
  78   *                       d3proc
  79   *                       meta
  80   *                       procs
  81   *                       reco  <--
  82   *                       roi
  83   *                       CreatisComputedCartoFile
  84   *                    2                // post processed images (if any)
  85   *                       2dseq
  86   *                       d3proc
  87   *                       isa  <--
  88   *                       meta
  89   *                       procs
  90   *                       roi                      ...
  91   *                       roi
  92   *                    3                // post processed images (if any)
  93   *                       2dseq
  94   *                       d3proc
  95   *                       isa  <--
  96   *                       meta
  97   *                       procs
  98   *                       roi
  99   *                    ...
 100   *              2
 101   *                 acqp
 102   *                 fid
 103   *                 ...
 104   *                 pdata
 105   *              3
 106   *                ...
 107   *          - fills an equivalent Directory with the MHD / DICOM files,
 108   */
 109
 110
 111 int main(int argc, char *argv[])
 112 {
 113    START_USAGE(usage)
 114    " \n testBruker2Dicom : \n                                                 ",
 115    " - explores the given directory (holding a FULL Bruker exam), at the 3 levels,",
 116    " - fills an equivalent Directory with the MHD files and/or the DICOM files",
 117    " usage: testBruker2Dicom --dirin=rootDirectoryName                        ",
 118    "                         --dirout=outputDirectoryName                     ",
 119    "                   [-D] [-M]                                              ",
 120    "                   [{-b|-l}] b:BigEndian,l:LittleEndian default : l       ",
 121    "                   [--debug] [--verbose] [--listonly] [--usage]           ",
 122    "                                                                          ",
 123    "   D         : user wants to export as DICOM                              ",
 124    "   M         : user wants to export as MHD                                ",
 125    "  debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'        ",
 126    "                                                                          ",
 127    "  REMARK :                                                                ",
 128    "         If you were supplied  an *incomplete* Bruker exam                ",
 129    "        (e.g. only the '2' serie) put it a 'root' directory,              ",
 130    "         and run this test using this 'root' directory as 'dirin'         ",
 131    FINISH_USAGE
 132
 133    // ------------ Initialize Arguments Manager ----------------
 134    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am= new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
 135
 136    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("--usage") )
 137    {
 138       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 139       delete am;
 140       return 1;
 141    }
 142
 143    // create the devilish object!
 144    Bruker2Dicom b2d;
 145
 146    const char *dirNamein;
 147    dirNamein  = am->ArgMgrGetString("--dirin",".");
 148
 149    const char *dirNameout;
 150    dirNameout  = am->ArgMgrGetString("--dirout",".");
 151
 152 // note : Big Endian / Little Endian pb not yet dealt with.
 153 //        not a great issue, since everybody (?) works on Intell procs
 154    int b = am->ArgMgrDefined("-b");
 155    int l = am->ArgMgrDefined("-l");
 156
 157    if (am->ArgMgrDefined("--debug"))
 158       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 159
 160    b2d.verbose  = am->ArgMgrDefined("--verbose");
 161    int listonly = am->ArgMgrDefined("--listonly");
 162
 163    int dicom    = am->ArgMgrDefined("-D");
 164    int mhd      = am->ArgMgrDefined("-M");
 165
 166    if (dicom)
 167       b2d.SetConvertModeToDicom();
 168    if (mhd)
 169       b2d.SetConvertModeToMhd();
 170
 171    /* if unused Param we give up */
 172    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 173    {
 174       am->ArgMgrUsage(usage);
 175       delete am;
 176       return 1;
 177    }
 178
 179 // patientName : found in Bruker parameter files
 180 // patientName  = am->ArgMgrGetString("patientname", "Patient^Name");
 181
 182 // b2d.day : unused  ...
 183    b2d.day          = am->ArgMgrGetString("day", "You_forget_the_Day");
 184
 185  delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 186
 187    // ----------- End Arguments Manager ---------
 188
 189
 190    // ----- Begin Processing -----
 191
 192    b2d.SetInputDirectory(dirNamein);
 193    b2d.SetOutputDirectory(dirNameout);
 194
 195    /// \TODO : *do* use exceptions in the methods!
 196
 197    try {
 198       b2d.Execute();
 199    }
 200    catch (int i)
 201    {
 202       std::cout << "Exception was thrown  (" << i << ") " << std::endl;
 203    }
 204    /*
 205    catch (std::exception& e) {
 206    std::cerr << "ERREUR: " << e.what() << "expected length: " << e.getExpectedLgt()
 207              << " Found : " << e.getFoundLgt() << std::endl;
 208    }
 209   */
 210
 211    catch (BrukerHopelessException &e)
 212    {
 213       std::cout << "And Hopless Exception was thrown  (" << e.what() << ") " << std::endl;
 214    }
 215
 216
 217 }
 218
 219