]> Creatis software - creaBruker.git/commitdiff
Feature #1767
authorFrederic Cervenansky <Frederic.Cervenansky@creatis.insa-lyon.fr>
Thu, 15 Nov 2012 13:31:36 +0000 (13:31 +0000)
committerFrederic Cervenansky <Frederic.Cervenansky@creatis.insa-lyon.fr>
Thu, 15 Nov 2012 13:31:36 +0000 (13:31 +0000)
57 files changed:
CMakeLists.txt
CTestConfig.cmake
README.txt
appli/CMakeLists.txt
appli/Dcm2VtkImageData/CMakeLists.txt
appli/Dcm2VtkImageData/Dcm2VtkImageData.cxx
appli/PrintParameterFile/CMakeLists.txt
appli/PrintParameterFile/PrintParameterFile.cxx
appli/README.txt
appli/essaiDenis/CMakeLists.txt
appli/essaiDenis/essaiDenis.cpp
appli/exObjectVaryingProperties/CMakeLists.txt
appli/exObjectVaryingProperties/main.cxx
appli/testBruker2Dicom/CMakeLists.txt
appli/testBruker2Dicom/testBruker2Dicom.cxx
cmake/UserBuildAllOption.cmake
cmake/UserBuildDoxygenDoc.cmake
cmake/UserBuildHtmlDocFromLatex.cmake
cmake/UserBuildLatexDoc.cmake
cmake/UserConfig.cmake
cmake/UserDefineOptions.cmake
cmake/UserMacros.cmake
cmake/UserRootCMakeLists.cmake
cmake/UserSetDeducedPaths.cmake
doc/CMakeLists.txt
doc/README_HowToUpload.txt
doc/UserDocumentation/CMakeLists.txt
doc/UserDoxygen/CMakeLists.txt
doc/UserDoxygen/DoxyMainPage.txt.in
doc/help_contents.html.in
doc/index-no-frame.html.in
doc/index.html.in
install/CMakeLists.txt
lib/CMakeLists.txt
lib/src1/CMakeLists.txt
lib/src1/bruker2dicom.cxx
lib/src1/bruker2dicom.h
lib/src1/bruker2dicom2.cxx
lib/src1/bruker2dicom2.h
lib/src1/brukerFieldData.cpp
lib/src1/brukerFieldData.h
lib/src1/brukerSystem.h
lib/src1/brukerdataset.cpp
lib/src1/brukerdataset.h
lib/src1/brukerexception.cxx
lib/src1/brukerexception.h
lib/src1/brukerimage.cpp
lib/src1/brukerimage.h
lib/src1/brukerimageset.cpp
lib/src1/brukerimageset.h
lib/src1/brukerkspaceobject.cpp
lib/src1/brukerkspaceobject.h
lib/src1/brukerobjectvaryingproperties.cpp
lib/src1/brukerobjectvaryingproperties.h
lib/src1/doxygen/CMakeLists.txt
lib/src1/doxygen/DoxyMainPage.txt.in
lib/template_lib/CMakeLists.txt

index 563805a05310656cb5d03f5c0ff5049ef1a15b85..c511652eb873aafa67843d5d596384c8c0e02e41 100644 (file)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
+
 # ---------------------------------
 #
 # Unless you are an experimented cmake user,
index 0a208c3b464f098dcd32e9e75ab9042e2a4c7f4d..6321a88780c808f7de243a163f5ae80330ddd231 100644 (file)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
+
 ## This file should be placed in the root directory of your project.
 ## Then modify the CMakeLists.txt file in the root directory of your
 ## project to incorporate the testing dashboard.
index e146304672fe3982a36f133eaaa0e1f441392c2c..f894b6586a8642f1c5f5fd2cf8348c9ab4aa2f53 100644 (file)
@@ -1,5 +1,30 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
+
 creaBruker
-(c) CREATIS 2009
+(c) CREATIS 2012
 
 a Bruker exam has the following 3 levels structure :
 
index 7aa1a0b487fe1ba154e7e9db275ca7b481465b1c..5cb84f609e5a4c545cb48869dab6ed9095b58d8a 100644 (file)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
+
 # Add a SUBDIRS command for each one of your applications
 # SUBDIRS(MyApp1)
 # SUBDIRS(MyApp2)
@@ -18,7 +43,7 @@ if(USE_GDCM)
 #ADD_SUBDIRECTORY( essaiDenis )
 #ADD_SUBDIRECTORY( PrintParameterFile)
 #ADD_SUBDIRECTORY( exObjectVaryingProperties)
-#ADD_SUBDIRECTORY( testBruker2Dicom)
+ADD_SUBDIRECTORY( testBruker2Dicom)
 #ADD_SUBDIRECTORY( Dcm2VtkImageData)
 #ADD_SUBDIRECTORY( appli1_WithoutWx)
 #ADD_SUBDIRECTORY( appli2_WithWx)
index 49be8d722c4f3effa08d75872131d967822d9abc..c03212cfeee13b505e50c763aa71a80165ce5fe1 100644 (file)
@@ -1,3 +1,27 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
 
 #----------------------------------------------------------------------------
 # SET THE NAME OF YOUR EXECUTABLE
index 1d286310367f5d32ed05f85d006e58f07f87f62d..39f142fcba420ef5e9ac118d5a093ef704f88008 100644 (file)
@@ -1,14 +1,36 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+       # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+       # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+       #
+       #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+       #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+       #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+       #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+       #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+       #  or in the file LICENSE.txt.
+       #
+       #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+       #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+       #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+       #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+       #  liability. 
+       #
+       #  The fact that you are presently reading this means that you have had
+       #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/
 /*=========================================================================
                                                                                 
-  Program:   gdcm
+  Program:   creaBruker
   Module:    $RCSfile: Dcm2VtkImageData.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2009/07/17 14:14:04 $
-  Version:   $Revision: 1.1 $
-                                                                                
-  Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
-  l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
-  http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
+  Date:      $Date: 2012/11/15 13:31:39 $
+  Version:   $Revision: 1.2 $
                                                                                 
      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
index 17dc39bef5dcd680d46dc92966876efdb1dbc7aa..58b87ad7efec38981e6be18d428c8a68c432bf38 100755 (executable)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
+
 
   #----------------------------------------------------------------------------
 # SET THE NAME OF YOUR EXECUTABLE
index 9d18a3ebd0ce004aee3c25e3a111a1e5e97121ec..3398490f4e6e947f78611421ae4226454cf00a69 100644 (file)
@@ -1,4 +1,29 @@
-
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+       # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+       # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+       #
+       #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+       #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+       #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+       #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+       #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+       #  or in the file LICENSE.txt.
+       #
+       #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+       #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+       #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+       #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+       #  liability. 
+       #
+       #  The fact that you are presently reading this means that you have had
+       #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/
 #ifdef HAVE_CONFIG_H
 #include <config.h>
 #endif
index e2c0ab85583b65f44a1c689e97dc58375c9c25d9..3f059e3ffc474401a48fd7bee1b5bdee7b6fe927 100644 (file)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
+
 Une 'vraie' application (contrairement `a un 'exemple') est succeptible d'^etre
 r'epartie sur plusieurs fichiers sources.
 Par convention, nous consid`ererons qu'il y a un directory par application.
index d8a7c0690cf26aecb967716c400ffa018e713868..7f1be34bc4f09912bb7d23f2b05c089760e5045c 100644 (file)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
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+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
+
 #----------------------------------------------------------------------------
 # SET THE NAME OF YOUR EXECUTABLE
 SET ( EXE_NAME   essaiDenis  )
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@@ -1,3 +1,29 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+       # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+       # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+       #
+       #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+       #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+       #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+       #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+       #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+       #  or in the file LICENSE.txt.
+       #
+       #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+       #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+       #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+       #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+       #  liability. 
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+       #  The fact that you are presently reading this means that you have had
+       #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
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 #include <config.h>
 #endif
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@@ -1,3 +1,27 @@
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+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
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+#
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+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
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+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
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-
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+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
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+       #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+       #  or in the file LICENSE.txt.
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+       #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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 #include <config.h>
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+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
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+#  or in the file LICENSE.txt.
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+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
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@@ -1,14 +1,38 @@
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+       #                        pour la Santé)
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+
 /*=========================================================================
                                                                                 
-  Program:   gdcm
+  Program:   creaBruker
   Module:    $RCSfile: testBruker2Dicom.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2011/04/07 10:16:59 $
-  Version:   $Revision: 1.11 $
+  Date:      $Date: 2012/11/15 13:31:58 $
+  Version:   $Revision: 1.12 $
                                                                                 
-  Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
-  l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
-  http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
                                                                                 
      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
index 5df73d18fbeda9b4657edffb55944d8fb0803f06..d4e98f82573e3b095e94a7141140270a00e8df9b 100644 (file)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
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+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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+# ------------------------------------------------------------------------
+
 #-----------------------------------------------------------------------------
 # If --BUILD_ALL is set to ON then all options 
 # for which the macro SWITCH_ON_IF_BUILD_ALL have been used are set to ON
index 1ac3f5a19e3b360e6a6e383d8943e674d3740238..c75e21e05f7ad96f18bba11dcaa12109cb6ab331 100644 (file)
@@ -1,3 +1,27 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
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+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
 
 
 MACRO(USER_BUILD_DOXYGEN_DOC NAME INPUT DOC_RELATIVE_INSTALL_PATH PREDEFINED)
index 1cba4365737c68a8b3320dbec74f16e52cb32791..e8cebae25abfe60de806d37dd4742f173a6caa65 100644 (file)
@@ -1,3 +1,27 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
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 MACRO(USER_BUILD_HTML_DOC_FROM_LATEX TEX_FILE OUTPUT_REL_PATH)
index 1f5ad69482d1b0bafdffa0f263a390ef1799e727..e17b16a522daf56272938a20259f5a8cd8b786e7 100644 (file)
@@ -1,3 +1,27 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
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+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
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+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
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+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
 
 
 MACRO(USER_BUILD_LATEX_DOC TEX_FILE OUTPUT_REL_PATH)
index 58dfc687814ce03252c55c6271675ff4b8632a60..2cd81f491d50e7c161aea7ae4895261b3a98b5f0 100644 (file)
@@ -1,3 +1,27 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
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+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
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index 65a144642563d4c79d38053283d2336fa2417080..75cc6fd611697f8e33e013ef326457a264ac19ad 100644 (file)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
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+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
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+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
+
 #-----------------------------------------------------------------------------
 # messages compilation options 
 OPTION ( BUILD_${PROJECT_NAME}_DOC "Build documentation for ${PROJECT_NAME}." OFF)
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@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+#  liability. 
+#
+#  The fact that you are presently reading this means that you have had
+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+# ------------------------------------------------------------------------
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 #========================================================================
 # MACRO WHICH COPIES ALL IMAGES (png, jpg, gif) 
 # FROM SOURCE TREE TO DOC BUILD TREE
index d4ee59b902d3b8d629a544af3bdb0193d0c2f126..cb8f7f02cd50ea8cbede7de1c976aae8359c7174 100644 (file)
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+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
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+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
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+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
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+# ------------------------------------------------------------------------
 
 INCLUDE(cmake/UserMacros.cmake)
 INCLUDE(cmake/UserConfig.cmake)
index 922742a6af4e0436b2814e57d69d8f476e6854a3..c0114e85c0f09e3f71c3562a0c5766c65c20f5cf 100644 (file)
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+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+#
+#  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+#  or in the file LICENSE.txt.
+#
+#  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+#  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
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+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
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 MESSAGE(STATUS "===============================================")
 MESSAGE(STATUS "Setting up deduced pathes:")
 # Black box docs relative path
index 7becfcfd811fefa746e79306972af1ee99ff71f3..e22e19a6d9ce0ea602df6af599e871e4e0f3a8fb 100644 (file)
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+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
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+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+#  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
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+#  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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+#  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
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@@ -1,3 +1,28 @@
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+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
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 After builing ALL :
 
 cd in the build tree
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@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
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+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
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 MESSAGE(STATUS "")
 MESSAGE(STATUS "=======================================")
 MESSAGE(STATUS "Configuring creaBruker Package Developers' Guide build ")
index c90be3ec4cd03f2f7fd4768fe74733cf1a065ea9..fc77c8b52e74513dab09ac7ae5ad8464e8ccef5c 100644 (file)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
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 MESSAGE(STATUS "")
 MESSAGE(STATUS "=======================================")
 MESSAGE(STATUS "Configuring user doxygen doc")
index 94c4c710011ea2337b41e4ac6aa1689c7c827192..0bccfde845f7c4fe03b0c0657ff56f98ebba5822 100644 (file)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
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+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
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+#  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+#  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+#  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
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+       #
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+       #                        pour la Santé)
+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+       # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
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+       #                        pour la Santé)
+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+       # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
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+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+       # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
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+       #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
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 <title>User Project</title>
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+#  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
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 # CPACK+NSIS PACKAGING
 #-----------------------------------------------------------------------------
index e641fe14be4f7a8031b6192a80bd991c7d822a29..060522af7b2e62ef84ea97113b3bc756d632aa0d 100644 (file)
@@ -1,2 +1,27 @@
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+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+#                        pour la Santé)
+# Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+# Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
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+
 # Add a ADD_SUBDIRECTORY command for each one of your libraries
  ADD_SUBDIRECTORY(src1)
index 7270c18b3be0e07c30368e7cc91df760b540c152..5fe19ffbced6d5ba4a869141b8c3fb5b179d3d4c 100644 (file)
@@ -1,3 +1,28 @@
+# ---------------------------------------------------------------------
+#
+# Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
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+
 #----------------------------------------------------------------------------
 # SET THE NAME OF YOUR LIBRARY
 SET ( LIBRARY_NAME   creaBruker  )
index 02419461abdf7ba848809af178db1d87b7e0b56f..32cb9b29bb75041a6674d21063d7d330abfc6e6f 100644 (file)
@@ -1,3 +1,29 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
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+       #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+       #  liability. 
+       #
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+       #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/
 #include "bruker2dicom.h"
 #include <boost/filesystem/path.hpp>
 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
@@ -9,6 +35,7 @@
 
 bool Bruker2Dicom::Execute()
 {
+       int dimension = 1;
    // ----- Check input directory name -----
 
    bool bigEndian = GDCM_NAME_SPACE::Util::IsCurrentProcessorBigEndian();
@@ -99,7 +126,7 @@ bool Bruker2Dicom::Execute()
             subject_name = b_name.GetStringValue()[0];
             strPatientName = subject_name;
             cleanString(subject_name);
-            DealWithSingleStudyDirectory (fileNames);
+            DealWithSingleStudyDirectory (fileNames, dimension);
         }
          break;
       }
@@ -107,13 +134,13 @@ bool Bruker2Dicom::Execute()
       case 2: {
          subject_name = "defaultPatName";
         strPatientName = subject_name;
-         DealWithSingleStudyDirectory (fileNames);
+         DealWithSingleStudyDirectory (fileNames, dimension);
         break;
       }
 
       case 3: {
          std::cout << " User passed a 'non study' directory; Hope it's a *non recursive* 'set of studies' directory! (recursive not yet dealt with)" << std::endl;
-        DealWithMultiStudyDirectory (fileNames);
+        DealWithMultiStudyDirectory (fileNames, dimension);
         break;
       }
    }
@@ -121,7 +148,7 @@ bool Bruker2Dicom::Execute()
 
 // ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
 
-void Bruker2Dicom::DealWithMultiStudyDirectory (GDCM_NAME_SPACE::DirListType &dirNames)
+void Bruker2Dicom::DealWithMultiStudyDirectory (GDCM_NAME_SPACE::DirListType &dirNames, int dimension)
 {
    GDCM_NAME_SPACE::DirListType::iterator it;
 
@@ -164,7 +191,7 @@ void Bruker2Dicom::DealWithMultiStudyDirectory (GDCM_NAME_SPACE::DirListType &di
             subject_name = b_name.GetStringValue()[0];
             strPatientName = subject_name;
             cleanString(subject_name);  
-            DealWithSingleStudyDirectory(fileNames);
+            DealWithSingleStudyDirectory(fileNames,dimension);
         }  
       }
       else
@@ -177,12 +204,14 @@ void Bruker2Dicom::DealWithMultiStudyDirectory (GDCM_NAME_SPACE::DirListType &di
 
 // ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
 
-void Bruker2Dicom::DealWithSingleStudyDirectory (GDCM_NAME_SPACE::DirListType &fileNames)
+void Bruker2Dicom::DealWithSingleStudyDirectory (GDCM_NAME_SPACE::DirListType &fileNames, int dimension)
 {
      bool res;  
     // creation directory : 'nom du patient'
     std::string tempStringPatDir(OutputDirName);
-    tempStringPatDir = tempStringPatDir + GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR + subject_name;
+
+    tempStringPatDir = tempStringPatDir + "/"+ subject_name;
+               //GDCM_NAME_SPACE::GDCM_FILESEPARATOR + subject_name; //FCY TO MODIFY
 
     res=CreateDirectory(tempStringPatDir);
     if (!res) {
@@ -319,7 +348,7 @@ void Bruker2Dicom::DealWithSingleStudyDirectory (GDCM_NAME_SPACE::DirListType &f
         if (verbose)
            printf ("outputDirName [%s]\n", outputDirName);
         try {
-           DealWithNiveau1(*it, strOutputDirName);
+           DealWithNiveau1(*it, strOutputDirName, dimension);
        }
        catch (BrukerHopelessException &e)
        {
@@ -332,7 +361,7 @@ void Bruker2Dicom::DealWithSingleStudyDirectory (GDCM_NAME_SPACE::DirListType &f
 
 // =====================================================================
 
-void Bruker2Dicom::DealWithNiveau1(std::string &level1Directory, std::string &currentOutputDirName) {
+void Bruker2Dicom::DealWithNiveau1(std::string &level1Directory, std::string &currentOutputDirName, int dimension) {
 //
 // e.g. : at level 1, in B67d1.Bp1/6
 //
@@ -434,7 +463,7 @@ void Bruker2Dicom::DealWithNiveau1(std::string &level1Directory, std::string &cu
           7 1  
   */
          try {
-            DealWithNiveau2(*it, strOutputDirName);
+            DealWithNiveau2(*it, strOutputDirName, dimension);
         }
         catch (BrukerHopelessException &e)
         {
@@ -447,7 +476,7 @@ void Bruker2Dicom::DealWithNiveau1(std::string &level1Directory, std::string &cu
 
 // =====================================================================
 
-void Bruker2Dicom::DealWithNiveau2(std::string &level2Directory, std::string &currentOutputDirName) {
+void Bruker2Dicom::DealWithNiveau2(std::string &level2Directory, std::string &currentOutputDirName, int dimension) {
 
 // e.g. : at level 2 in B67d1.Bp1/6/pdata
 //
@@ -533,7 +562,7 @@ void Bruker2Dicom::DealWithNiveau2(std::string &level2Directory, std::string &cu
           }
          std::string strOutputDirName(outputDirName);
          try {
-             DealWithNiveau3(*it, strOutputDirName);
+             DealWithNiveau3(*it, strOutputDirName, dimension);
          }
          catch (BrukerHopelessException &e)
          {
@@ -555,7 +584,7 @@ void Bruker2Dicom::DealWithNiveau2(std::string &level2Directory, std::string &cu
 // =====================================================================
 //
 
-void Bruker2Dicom::DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &currentOutputDirName){
+void Bruker2Dicom::DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &currentOutputDirName, int dimension){
 
 //
 // e.g. at level 3, in
@@ -720,20 +749,31 @@ void Bruker2Dicom::DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &cu
 // Better we use 'get' accessors from BrukerImage class, as Denis wrote them
 
    BrukerFieldData fov = br_reco.GetFieldData("RECO_fov");
-   double fovX = fov.GetDoubleValue()[0];
-   double fovY = fov.GetDoubleValue()[1];
+
+   double fovX;
+   double fovY;
+   fovX= fov.GetDoubleValue()[0];
+   if(fov.GetDoubleValue().size() > 1)
+        fovY = fov.GetDoubleValue()[1];
    if (verbose)
       std::cout << "FOV (ds reco) " << fovX << " " << fovY << std::endl;
 
    BrukerFieldData size = br_reco.GetFieldData("RECO_size");
-   double sizeX = size.GetDoubleValue()[0];
-   double sizeY = size.GetDoubleValue()[1];
+   double sizeX;
+   double sizeY;
+   sizeX = size.GetDoubleValue()[0];
+   
+   if(fov.GetDoubleValue().size() > 1)
+    sizeY = size.GetDoubleValue()[1];
 
    if (verbose)
       std::cout << "SIZE (ds reco) " << sizeX << " " << sizeY << std::endl;
 
-   double spatResolX = fovX / sizeX;
-   double spatResolY = fovY / sizeY;
+   double spatResolX;
+   double spatResolY;
+   spatResolX = fovX / sizeX;
+    if(fov.GetDoubleValue().size() > 1)
+    spatResolY = fovY / sizeY;
 
    if (verbose)
       std::cout << "spatResol (ds reco : fov/size) " << spatResolX << " " << spatResolY << std::endl;
@@ -742,10 +782,12 @@ void Bruker2Dicom::DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &cu
 
    /// \TODO probabely a more sophisticated accessor will be necessary :
    ///  (cf : non contiguous slices, overlapping, slice thickness, space between slices, etc)
-
+   double sliceDistance;
+   if(dimension > 1)
+   {
    BrukerFieldData bsliceDistance = br_method.GetFieldData("PVM_SPackArrSliceDistance");
-   double sliceDistance = bsliceDistance.GetDoubleValue()[0];
-
+    sliceDistance = bsliceDistance.GetDoubleValue()[0];
+   }
    if (verbose)
       std::cout << "SPackArrSliceDistance (ds method) " << sliceDistance << std::endl;   
 
@@ -773,6 +815,8 @@ void Bruker2Dicom::DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &cu
    if (verbose)
          std::cout << "nbSlices " << nbSlices << std::endl;
    int k;
+   if(dimension ==1)
+          nbSlices = 1;
    int nbInstants = nbFrames/nbSlices;
    if (verbose)
          std::cout << "nbInstants (deduced)" << nbInstants << std::endl;    
@@ -810,7 +854,7 @@ void Bruker2Dicom::DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &cu
    // This one will be important!
    // ---------------------------
    try {
-      imageSet = CreateImageSet ( );
+      imageSet = CreateImageSet ( dimension);
    }
    catch (BrukerInitException& e)
    {
@@ -1361,10 +1405,10 @@ void Bruker2Dicom::getImhDataType(BrukerFieldData &bDPT, std::string &mhdDataPix
 
 // ===========================================================================================
 
-std::vector<BrukerImage> Bruker2Dicom::CreateImageSet ( )
+std::vector<BrukerImage> Bruker2Dicom::CreateImageSet ( int dimension)
 {
          std::vector<BrukerImage> imageSet;      
-         br_acqp.SetLoopStructure();
+         br_acqp.SetLoopStructure(dimension);
          std::vector<int> tempVect                      = br_acqp.GetLoopStructure() ;
          std::map<std::string, BrukerFieldData> map     = br_acqp.GetBrukerHeaderMap();
 
index 6d6b9d4da889dc5f05a6db5a87550352c57ad1d6..2fd2c3b4786b2d2e1ddf1e97af47fa5fc9f230fe 100644 (file)
@@ -1,3 +1,29 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+       # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+       # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
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+       #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/
 #ifndef BRUKER2DICOM_H
 #define BRUKER2DICOM_H
 
@@ -65,7 +91,7 @@ void MakeDicomImage(unsigned char *tabPixels,
               GDCM_NAME_SPACE::ImageContentType contentType 
       );
       
-std::vector<BrukerImage> CreateImageSet ( );
+std::vector<BrukerImage> CreateImageSet ( int dimension);
 
 void getImhDataType(BrukerFieldData &bDPT, 
                     std::string &mhdDataPixelType, 
@@ -76,11 +102,11 @@ void cleanString(std::string &s);
 bool CreateDirectory(std::string &dirNameout);
 
 int CheckUserDirectory(std::string &userDirName);
-void DealWithMultiStudyDirectory(GDCM_NAME_SPACE::DirListType &fileNames);
-void DealWithSingleStudyDirectory(GDCM_NAME_SPACE::DirListType &fileNames);
-void DealWithNiveau1(std::string &level1Directory, std::string &currentOutputDirName);
-void DealWithNiveau2(std::string &level2Directory, std::string &currentOutputDirName);
-void DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &currentOutputDirName);
+void DealWithMultiStudyDirectory(GDCM_NAME_SPACE::DirListType &fileNames,int dimension);
+void DealWithSingleStudyDirectory(GDCM_NAME_SPACE::DirListType &fileNames, int dimension);
+void DealWithNiveau1(std::string &level1Directory, std::string &currentOutputDirName, int dimension);
+void DealWithNiveau2(std::string &level2Directory, std::string &currentOutputDirName, int dimension);
+void DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &currentOutputDirName, int dimension);
                    
 void dealWithCarto(GDCM_NAME_SPACE::DirListType &fileNames, int NX, int NY, int nbSlices, 
                    double fovX, double fovY, double sliceDistance,
index ee9dab446d7c9d83798e8112fa97b63cae6141af..29da638669abc9712d57afeaea4d90c4f1298cc9 100644 (file)
@@ -1,3 +1,29 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+       # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+       # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+       #
+       #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
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+       #
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+       #
+       #  The fact that you are presently reading this means that you have had
+       #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/     
 #include "bruker2dicom2.h"
 #include "brukerexception.h"
 
index 390ae1f9b35add93261bf33303fc2418d0176b59..8ae972c8e9decd7e6c86dcb3ff0772e1fb2f0df5 100644 (file)
@@ -1,3 +1,29 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
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+*/
 #ifndef BRUKER2DICOM2_H
 #define BRUKER2DICOM2_H
 
index a4fdc05893dbdb18cb8e6ab4857dadb622ee5620..42fc26c62e56c0467f7e5bac007a79cc721013dc 100644 (file)
@@ -1,3 +1,29 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
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+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/
 #include "brukerFieldData.h"
 #include <stdio.h>
 #include <stdlib.h>
index c773e10ba3e74771ed5e686ed9d554c0199b843f..6a2ac6441fb4de8c0f7cd470bf45897e8c5f35ce 100644 (file)
@@ -1,3 +1,29 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
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+       #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/
 #ifndef BRUKERFIELDDATA_H
 #define BRUKERFIELDDATA_H
 /*! \file brukerFieldData.h
index 768179253c90f762f80eefdc3e38a639d4a9cfa2..d993ebd48232f073fd0afba46af5c5d8a012094f 100644 (file)
@@ -1,4 +1,29 @@
-
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
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+       #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+       #  liability. 
+       #
+       #  The fact that you are presently reading this means that you have had
+       #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/
 #ifndef _BRUKERSYSTEM_H_
 #define _BRUKERSYSTEM_H_
 
index 936696ee87ea3074d14e42dfbf0a44fc54f260fe..f4cdc7087cd48bc8da4ac2b28be61cfbde9342c2 100644 (file)
@@ -1,3 +1,30 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+       # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+       # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
+       #
+       #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and 
+       #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use, 
+       #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B 
+       #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL 
+       #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
+       #  or in the file LICENSE.txt.
+       #
+       #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+       #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
+       #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
+       #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
+       #  liability. 
+       #
+       #  The fact that you are presently reading this means that you have had
+       #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/
+       
 //
 // C++ Implementation: brukerdataset
 //
@@ -571,10 +598,10 @@ NR                               (Nbre de repetitions)
  * @return bool
    @todo  implement multicoil version
  */
-bool BrukerDataSet::SetLoopStructure ()
+bool BrukerDataSet::SetLoopStructure (int dimension)
 {
-   if (! SetInnerObjectLoopStructure()) return false;
-   if (! SetOuterObjectLoopStructure()) return false;
+   if (! SetInnerObjectLoopStructure(dimension)) return false;
+   if (! SetOuterObjectLoopStructure(dimension)) return false;
    std::vector<int> Inner=GetInnerObjectLoopStructure();
    std::vector<int> Outer=GetOuterObjectLoopStructure();
    std::vector<int> TmpVect;
@@ -681,7 +708,7 @@ std::map<std::string, BrukerFieldData> BrukerDataSet::GetBrukerHeaderMap() const
 //}
 
 
-bool BrukerDataSet::SetInnerObjectLoopStructure()
+bool BrukerDataSet::SetInnerObjectLoopStructure(int dimension)
 {
 /*
  *
@@ -712,11 +739,15 @@ bool BrukerDataSet::SetInnerObjectLoopStructure()
 //std::cout<<"BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  ACQ_ns_list_size].IntValue[0]" << BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  "ACQ_ns_list_size"].IntValue[0] << std::endl;
    TempIntVect.push_back(BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  "ACQ_phase_factor"].IntValue[0]);
 //std::cout<<"BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  ACQ_phase_factor].IntValue[0]" <<  BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  "ACQ_phase_factor"].IntValue[0]<< std::endl;
+   if(dimension > 1)
    TempIntVect.push_back(BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  "NSLICES"].IntValue[0]);
 //std::cout << "BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  NSLICES].IntValue[0]" << BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  "NSLICES"].IntValue[0] << std::endl;
    if (1<=BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "ACQ_size" ].DimensionNumber )
    {
-      TempIntVect.push_back(BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "ACQ_size" ].IntValue[1]/BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  "ACQ_phase_factor"].IntValue[0]);
+          if(dimension == 1)
+                  TempIntVect.push_back(BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "ACQ_size" ].IntValue[0]/BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  "ACQ_phase_factor"].IntValue[0]);
+          else
+                       TempIntVect.push_back(BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "ACQ_size" ].IntValue[1]/BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  "ACQ_phase_factor"].IntValue[0]);
 //std::cout << "BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  ACQ_size ].IntValue[1]/BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  ACQ_phase_factor].IntValue[0]" << BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "ACQ_size"
 //].IntValue[1]/BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[(std::string)  "ACQ_phase_factor"].IntValue[0] << std::endl;
       if (2<=BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "ACQ_size" ].DimensionNumber )
@@ -744,7 +775,7 @@ std::vector< int > BrukerDataSet::GetOuterObjectLoopStructure() const
 }
 
 
-bool BrukerDataSet::SetOuterObjectLoopStructure ()
+bool BrukerDataSet::SetOuterObjectLoopStructure (int dimension)
 {
    OuterObjectLoopStructure.clear();
    /*
@@ -759,6 +790,9 @@ bool BrukerDataSet::SetOuterObjectLoopStructure ()
    if (! CheckExistKeyword("NI"))  return false;
 // Ici, boucles additionnelles si elles existent regroupees en une seule
 //temp=GetIntValueN(NIStr,1)/(GetIntValueN(NSLICESStr,1)*GetIntValueN(NECHOESStr,1));
+   if(dimension ==1)
+          temp=BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "NI" ].IntValue[0]/(BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "ACQ_ns_list_size" ].IntValue[0]);
+   else
    temp=BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "NI" ].IntValue[0]/(BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "NSLICES" ].IntValue[0]*BrukerDataSet::BrukerHeaderMap[ (std::string)  "ACQ_ns_list_size" ].IntValue[0]);
    if (1 < temp) 
       TempIntVect.push_back(temp);
index e9cdacbe438744c04b201150573a194b7cdde5e3..aeb75e4fc6bcaaa1c09c5d26c0be471e94737cf9 100644 (file)
@@ -1,3 +1,29 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
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+*/
 //
 // C++ Interface: brukerdataset
 //
@@ -60,7 +86,7 @@ public:
        bool                   Getkspace (std::string &);
        const BrukerFieldData& GetFieldData(std::string &);
        const BrukerFieldData& GetFieldData(const char *);
-       bool                   SetLoopStructure ( );
+       bool                   SetLoopStructure ( int dimension);
        bool                   SetLoopStructureOld ( );
        bool                   SetLoopStructure (const std::vector<int >& theValue);
        std::vector<int >      GetLoopStructure ( ) const;
@@ -71,9 +97,9 @@ public:
        std::vector<std::vector <int > >        GetBrukerImageList() const;
        std::map<std::string, BrukerFieldData > GetBrukerHeaderMap() const;
 
-       bool              SetInnerObjectLoopStructure ();
+       bool              SetInnerObjectLoopStructure (int dimension);
        std::vector<int > GetInnerObjectLoopStructure() const;
-       bool              SetOuterObjectLoopStructure ();
+       bool              SetOuterObjectLoopStructure (int dimension);
        std::vector<int > GetOuterObjectLoopStructure() const;
        bool              SetImageLoopStructure ();
        std::vector<int > GetImageLoopStructure() const;
index 9929942a8ec2a4c4a867c95390578cf12a36faef..ca964d100bc16c045155fc8ddca69a18f0bddddf 100644 (file)
@@ -1 +1,27 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
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+       #  or in the file LICENSE.txt.
+       #
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+       #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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+       #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
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+       #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/
 #include "brukerexception.h"
index 27a107a2a5130e0e32c5a3177e59fffa5e0a95d6..7034360ba49b82302c31ffe70b6da9b130728a97 100644 (file)
@@ -1,3 +1,29 @@
+/*
+       # ---------------------------------------------------------------------
+       #
+       # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image 
+       #                        pour la Santé)
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+       #
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+       # ------------------------------------------------------------------------
+*/
 //
 #ifndef BRUKEREXCEPTION_H
 #define BRUKEREXCEPTION_H
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+       #                        pour la Santé)
+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
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+       #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html 
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+       #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
+       #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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+       #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
+       # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+       # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
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+# CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
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 MACRO(CREA_BUILD_DOXYGEN_DOC NAME INPUT DOC_RELATIVE_INSTALL_PATH PREDEFINED)
 
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+       # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
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