lib/src1/bruker2dicom2.h

   1 #ifndef BRUKER2DICOM2_H
   2 #define BRUKER2DICOM2_H
   3
   4 #include <gdcmReader.h>
   5 #include "gdcmDirectory.h"
   6 #include <vtkGDCMImageReader.h>
   7 #include <gdcmScanner.h>
   8
   9 #include "gdcmByteSwap.h"
  10 #include "gdcmSwapCode.h"
  11 #include "gdcmFilename.h"
  12 #include "gdcmDataSet.h"
  13
  14 #include "gdcmImageWriter.h"
  15 #include "gdcmImage.h"
  16 #include "gdcmWriter.h"
  17 #include "gdcmReader.h"
  18 #include "gdcmUIDGenerator.h"
  19 //
  20 //#include "gdcmFile.h"
  21 //#include "gdcmFileHelper.h"
  22 //#include "gdcmCommon.h"
  23 //#include "gdcmDebug.h"
  24 //#include "gdcmUtil.h"
  25 //#include "gdcmDirList.h"
  26 //
  27 //#include "gdcmArgMgr.h"
  28 #include "brukerSystem.h"
  29 #include "brukerdataset.h"
  30 #include "brukerkspaceobject.h"
  31 #include "brukerimage.h"
  32 #include <string>
  33 #include <iostream>
  34 #include <sstream>
  35
  36   // file separator
  37 #if defined(_WIN32)
  38 #define VALID_FILE_SEPARATOR "\\"
  39 #define INVALID_FILE_SEPARATOR "/"
  40 #else
  41 #define INVALID_FILE_SEPARATOR "\\"
  42 #define VALID_FILE_SEPARATOR "/"
  43 #endif
  44
  45 //class __declspec( dllexport ) Bruker2Dicom {
  46 class creaBruker_EXPORT  Bruker2Dicom {
  47
  48 public:
  49  /*! \brief Constructor
  50 */
  51   Bruker2Dicom () /* : verbose(0), mhd(0), dicom(0), day(O)*/ {};
  52 /*! \brief Destructor
  53 */
  54   ~Bruker2Dicom (){};
  55
  56   void SetInputDirectory (const std::string &i) { InputDirName   = i;}
  57   void SetOutputDirectory(const std::string &o) { OutputDirName  = o;}
  58   void SetConvertModeToDicom()                  { dicom = 1; mhd = 0;}
  59   void SetConvertModeToMhd()                    { dicom = 0; mhd = 1;}
  60   bool Execute();
  61
  62   /*
  63   // For debugging pupose only.
  64   //Don't need accessors : Attributes are 'public'
  65
  66   void SetVerbose(int v) { verbose = v;}
  67   void SetMhd(int m)     { mhd = m;    }
  68   void SetDicom(int d)   { dicom = d;  }
  69   */
  70
  71 private :
  72
  73 void MakeDicomImage(unsigned char *tabPixels,
  74               int X,
  75               int Y,
  76               int nbFrames,
  77               int pixelSize,
  78               double spacingX, double spacingY, double sliceDistance,
  79               std::string dcmImageName,
  80               const std::string &patientName,
  81               const char *day,
  82               std::string &studyUID,
  83               std::string &serieUID,
  84               std::string &studyDescr,
  85               std::string &serieDescr,
  86               std::string &strStudyTimeDate,
  87               int imgNum, int  imagecontenttype//gdcm2 dont have such things, I think, as ImageContentTYpe
  88       );
  89
  90 std::vector<BrukerImage> CreateImageSet ( );
  91
  92 void getImhDataType(BrukerFieldData &bDPT,
  93                     std::string &mhdDataPixelType,
  94                     int &pixelSize);
  95
  96 void cleanString(std::string &s);
  97
  98 bool CreateDirectory(const std::string &dirNameout);
  99
 100 int CheckUserDirectory(std::string &userDirName);
 101 void DealWithMultiStudyDirectory(gdcm::Directory::FilenamesType &fileNames, const std::string &currentOutputDirName);
 102 void DealWithSingleStudyDirectory (const std::string dirname,               const std::string currentOutputDirName) ;
 103
 104 void DealWithNiveau1(std::string level1Directory, std::string currentOutputDirName);
 105 void DealWithNiveau2(std::string level2Directory, std::string currentOutputDirName);
 106 void DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &currentOutputDirName);
 107
 108 void dealWithCarto(gdcm::Directory::FilenamesType &fileNames, int NX, int NY, int nbSlices,
 109                    double fovX, double fovY, double sliceDistance,
 110                    char *copyFile, std::string &currentOutputDirName,
 111                    char *outputMhdFileName, char *output2dseqCartoName);
 112
 113 const std::string createDirectory(const std::string &i_name,const std::string &i_dir);
 114  std::string findFile(const std::string &i_dir, const std::string i_name);
 115 public:
 116
 117 // these ones are for debugging only
 118 // don't bbfy the accessors.
 119
 120    int verbose;
 121    const char *day;
 122
 123 private :
 124    std::string InputDirName;
 125    std::string OutputDirName;
 126
 127    bool subjectFound;
 128    bool acqpFound;
 129
 130    std::string subject_entry;
 131    std::string subject_position;
 132    std::string subject_date;
 133    std::string subject_study_name;
 134
 135    int mhd;
 136    int dicom;
 137
 138    int nbSlices;
 139    BrukerDataSet br_subject;
 140    BrukerDataSet br_acqp;
 141    BrukerDataSet br_method;
 142    BrukerDataSet br_d3proc;
 143    BrukerDataSet br_isa;
 144    BrukerDataSet br_reco;
 145
 146    std::vector<BrukerImage> imageSet;
 147
 148 // For DICOM images.
 149
 150    std::string strStudyUID;
 151    std::string strSerieUID;
 152    std::string strStudyDescr;
 153    std::string strSerieDescr;
 154    std::string strStudyTimeDate;
 155    std::string strPatientName;
 156    std::string subject_name; // cleaned strPatientName
 157
 158    int serieNumber;
 159    int instanceNumber;
 160 };
 161
 162 #endif