checkWrite.sh

   1 # Check WRITE
   2 #-----------
   3 #
   4 # We rewrite DICOM Files
   5 # and AFFIMDCM them to be sure the writting was OK
   6 #
   7
   8 # WARNING : DO NOT use right now; some image names changed :-(
   9
  10
  11 #No Swap Info
  12 #------------
  13 affim filein=mr176621.dcm
  14 affimdcm filein=mr176621.dcm
  15 testWrite mr176621.dcm r
  16 affimdcm filein=mr176621.raw dim=512 nbit=16
  17 testWrite mr176621.dcm d
  18 affimdcm filein=mr176621.dcm.DCM  # xmedcon OK
  19
  20 # No Transfert Syntax
  21 #--------------------
  22 testWrite cr172241.dcm d;
  23 affimdcm filein=cr172241.dcm.DCM zoom=-4; #xmedcon OK
  24                                           #Incorrect sequence length
  25
  26 testWrite cr_45031.dcm d ;
  27 affimdcm filein=cr_45031.dcm.DCM zoom=-4 #OK
  28
  29 testWrite CR-MONO1-10-chest.dcm d;
  30 affimdcm filein=CR-MONO1-10-chest.dcm.DCM  #OK
  31
  32 testWrite CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2 d;
  33 affimdcm filein=CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.DCM  #OK
  34
  35 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1 d;
  36 affimdcm filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.DCM  #OK
  37
  38 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2 d;
  39 affimdcm filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.DCM  #OK
  40
  41 testWrite MR-MONO2-12-an2.acr2 d;
  42 affimdcm filein=MR-MONO2-12-an2.acr2.DCM;  #OK
  43
  44 testWrite MR-MONO2-12-angio-an1.acr1 d;
  45 affimdcm filein=MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.DCM
  46 echo " --- >12 bits stored, try AFFIM"
  47 affimdcm filein=MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.DCM bypassacr=1 dim=256 nbit=16 offset=820
  48
  49 testWrite newACR1000.nema d;
  50 affimdcm filein=newACR1000.nema.DCM #OK
  51
  52 testWrite oldACR00001.ima d;
  53 affimdcm filein=oldACR00001.ima.DCM #OK
  54
  55 testWrite OT-MONO2-8-a7.dcm d;
  56 affimdcm filein=OT-MONO2-8-a7.dcm.DCM #OK, xmedcon OK
  57
  58 #RGB
  59 testWrite US.3405.1.dcm d
  60 affimdcm filein=US.3405.1.dcm.DCM # Nothing displayed
  61 affimdcm filein=US.3405.1.dcm.DCM bypassacr=1 offset=1592 nbit=24 dimx=768 dimy=576                                          # seg fault
  62 echo "expected : wrong color"
  63          # breaks xmedcon
  64          # Incorrect PixelData length
  65          # Incorrect sequence length
  66          # seg fault
  67
  68 testWrite OT-PAL-8-face.dcm d
  69 affimdcm filein=OT-PAL-8-face.dcm.DCM # nothing displayed
  70 affimdcm filein=OT-PAL-8-face.dcm.DCM dimx=640 dimy=480 nbit=24 offset=1814 bypassacr=1
  71   # breaks xmedcom
  72   # Incorrect PixelData Length
  73   # Unexpected end of file
  74   # wrong image
  75
  76 testWrite 8BitsUncompressedColor.dcm d;
  77 affimdcm filein=8BitsUncompressedColor.dcm.DCM
  78 #xmedcom : OK
  79 # Incorrect OW value representation (fixed)
  80 # awfull stuff after pixels
  81
  82 # Implicit VR - Little Endian
  83 #-----------------------------
  84 testWrite gdcm-US-ALOKA-16.dcm  d;
  85 echo "expected : Gray image since 'Segmented xxx Palette Color LUT Data' not yet taken into account"
  86 echo "neither e-film nor DicomWorks deals with the color"
  87 affimdcm filein=gdcm-US-ALOKA-16.dcm.DCM
  88 #breaks xmedcon
  89 # warning: Incorrect sequence length
  90 # error: Missing CLUT
  91 # error: No images found
  92
  93 testWrite CT-MONO2-16-ankle.dcm d;
  94 affimdcm filein=CT-MONO2-16-ankle.dcm.DCM  #OK
  95
  96 testWrite CT-MONO2-16-ort.dcm d;
  97 affimdcm filein=CT-MONO2-16-ort.dcm.DCM  #OK
  98
  99 testWrite CT-MONO2-8-abdo.dcm d;
 100 affimdcm filein=CT-MONO2-8-abdo.dcm.DCM  #OK
 101
 102 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm d;
 103 affimdcm filein=gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.DCM  #OK
 104
 105 testWrite irmPhlipsNew1.dcm d;
 106 affimdcm filein=irmPhlipsNew1.dcm.DCM   #OK
 107
 108 testWrite MR.6799.1.dcm d;
 109 affimdcm filein=MR.6799.1.dcm.DCM   #OK
 110
 111 testWrite MR-MONO2-16-head.dcm d;
 112 affimdcm filein=MR-MONO2-16-head.dcm   #OK
 113
 114 testWrite multiframe1Integris.dcm d;
 115 affimdcm filein=multiframe1Integris.dcm.DCM
 116 affim filein=multiframe1.dcm.DCM dim=1024 nbit=16 offset=31457280 bypassacr=1
 117 testWrite multiframe2.dcm d;
 118 affimdcm filein=multiframe2.dcm.DCM
 119 testWrite test.acr d; #OK
 120
 121 affimdcm filein=test.acr.DCM
 122 #avec imagette
 123 testWrite icone.dcm d
 124 echo "Hopeless till we stop considering the Tag as an identifier"
 125 affimdcm filein=icone.dcm.DCM
 126
 127 #Explicit VR - Little Endian
 128 #----------------------------
 129 testWrite CT-MONO2-16-brain.dcm d;
 130 affimdcm filein=CT-MONO2-16-brain.dcm.DCM  #OK
 131
 132 testWrite gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm d
 133 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm d
 134 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm d
 135 testWrite MR-MONO2-8-16x-heart.dcm d
 136 testWrite NM-MONO2-16-13x-heart.dcm d
 137 testWrite sonataMonaco.dcm d
 138
 139 #MultiFrame
 140 testWrite US-MONO2-8-8x-execho.dcm d
 141 affimdcm filein=US-MONO2-8-8x-execho.dcm.DCM
 142
 143 #RGB
 144 testWrite US-RGB-8-epicard.dcm d;
 145 affimdcm filein=US-RGB-8-epicard.dcm.DCM  #OK xmedcon OK
 146
 147 testWrite US-RGB-8-esopecho.dcm d;
 148 affimdcm filein=US-RGB-8-esopecho.dcm.DCM  #OK xmedcon OK
 149
 150 # Non-Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14 [Selection Value 1])
 151 #--------------------------------------------------------------------------
 152 testWrite CT-MONO2-16-chest.dcm d;
 153 affimdcm filein=CT-MONO2-16-chest.dcm.DCM #OK
 154 # breaks xmedcom : black image
 155 #warning: Incorrect PixelData length
 156 #warning: Tag with uneven length
 157 #error: Unexpected end of file
 158
 159 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm d;
 160 affimdcm filein=gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.DCM
 161
 162 testWrite XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm d
 163 ls -l XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm*   #wrong images with xmedcon
 164 affimdcm filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.DCM
 165 affimdcm filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.DCM dim=512 num=6  bypassacr=1
 166 affimdcm filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.DCM dim=512 num=11 bypassacr=1
 167
 168 #JPEG Extended (Process 2 & 4) // 16 bits
 169 #-----------------------------
 170 testWrite gdcm-JPEG-Extended.dcm d
 171 affimdcm filein=gdcm-JPEG-Extended.dcm.DCM #OK
 172 #breaks xmedcon warning: Incorrect sequence length
 173 #               warning: Incorrect PixelData length
 174 #               error: Unexpected end of file
 175
 176
 177 testWrite jpeglossy1.dcm d
 178 affimdcm filein=jpeglossy1.dcm.DCM #OK
 179 #breaks xmedcon warning: Incorrect sequence length
 180 #               warning: Incorrect PixelData length
 181 #               seg fault
 182
 183 testWrite philipsMR-lossy.ima d
 184 affimdcm filein=philipsMR-lossy.ima.DCM #OK
 185 # breaks xmedcom :
 186 # Incorrect sequence length
 187 # Incorrect PixelData length
 188
 189 #JPEG Baseline (Process 14)
 190 #--------------------------
 191 testWrite MR-MONO2-12-shoulder.dcm d
 192 echo "expected : 'Unsupported JPEG process: SOF type 0xc3' on MR-MONO2-12-shoulder.dcm"
 193 affimdcm filein=MR-MONO2-12-shoulder.dcm.DCM #OK
 194 #breaks xmedcon warning: Incorrect PixelData length
 195 #               warning: ITag with uneven length
 196 #               error: Unexpected end of file
 197
 198
 199 #fichier format ecat.
 200 #testWrite imageEcat.ecat d
 201
 202 #JPEG Lossy 8 bits (to be checked with the right lib : modify jmorecfg.h, gdcmFile.cxx)
 203 #=================
 204 #JPEG Baseline (Process 1)
 205 #--------------------------
 206 # Bracco Files
 207 testWrite US.1.2.dcm d;
 208 affimdcm filein=US.1.2.dcm.DCM
 209 affimdcm filein=US.1.2.dcm.DCM  DIMX=768 DIMY=576 nbit=24 bypassacr=1 num=3 offset=1592
 210    # breaks xmedcon : Incorrect sequence length,
 211    #                  Unknown PhotometricInterpretation,
 212    #                  Incorrect PixelData length
 213 testWrite US.1.3.dcm d
 214 affimdcm filein=US.1.2.dcm.DCM
 215 #
 216 testWrite CLIP0001.dcm d
 217 affimdcm filein=CLIP0001.dcm.DCM
 218 affimdcm filein=CLIP0001.dcm.DCM  DIMX=768 DIMY=576 nbit=24 bypassacr=1 num=2
 219 affimdcm filein=CLIP0001.dcm.DCM  DIMX=768 DIMY=576 nbit=24 bypassacr=1 num=15
 220 affimdcm filein=CLIP0001.dcm.DCM  DIMX=768 DIMY=576 nbit=24 bypassacr=1 num=31
 221 affimdcm filein=CLIP0001.dcm.DCM  DIMX=768 DIMY=576 nbit=24 bypassacr=1 num=32
 222
 223
 224 #RLE Lossless
 225 #-------------
 226 testWrite US-PAL-8-10x-echo.dcm d
 227 testWrite canada.dcm d
 228 testWrite FMAG0002.dcm d
 229 testWrite QMAG0001.dcm d